硼酸缓冲液应用于电泳实验的效果分析

血清蛋白醋酸纤维薄膜电泳是医学院校生物化学实验中的重要实验,传统巴比妥缓冲液具有毒性且不经济,该文旨在研究硼酸缓冲液的效果。采用DY—l型电泳仪配套水平电泳槽进行醋酸纤维薄膜电泳,控制电流时间和室内温度。显示硼酸缓冲液电泳可以分离出5条清晰的蛋白区带,并且电泳10次后仍然效果良好。由此得出离子强度为0.08的硼酸缓冲液完全可以替代巴比妥,无毒且经济,值得推广应用。     

基于Attention Bi-LSTM模型构建蛋白质诱饵序列库

利用计算机技术在海量质谱数据中鉴定蛋白质序列是蛋白质组学研究最基本且重要的任务之一,诱饵序列库构建的好坏是蛋白质鉴定质量控制成功的关键之一。发展了基于注意力机制-双向长短期记忆神经网络(Attention Bi-LSTM)的诱饵序列构建方法,整体研究基于编码-解码框架,采用双向长短期记忆神经网络在解决传统循环神经网络梯度消失问题的同时,可以捕获前向后向更多依赖信息对处理序列数据更加有优势;引入注意力机制提高模型对目标序列库和诱饵序列库相关程度的关注度;并与目前常用的随机和反转算法进行比较。结果显示,基于Attention Bi-LSTM模型构建的诱饵序列库能满足理想诱饵序列库的各项特征要求;在不同大小实验数据集以及谱图、肽段、蛋白3个层面对比分析,显示构建的诱饵序列库与其他方法比具有更好的灵敏性。因此,Attention Bi-LSTM是一种很有潜力的诱饵序列库构建方法。     

芜菁皱缩病毒P38蛋白的原核表达及抗血清的制备

从感染芜菁皱缩病毒(TCV)的拟南芥中提取总RNA,通过反转录PCR(RT-PCR)扩增得到TCV的外壳蛋白基因P38.在目的基因ORF框两边引入酶切位点BamHⅠ和SacⅠ,并连接到表达载体pET30-a上,导入大肠杆菌BL21(DE3)中,37℃经0.5mM/L IPTG诱导6h后获得了分子量约为48kD的融合蛋白.经Ni-NTA纯化目的蛋白,注射大白兔制备抗血清.Western blot结果表明制备好的抗血清能成功检测感染TCV的拟南芥.     

近红外光谱技术对液态奶制品中乳糖、脂肪及蛋白质的定量检测

用InfraXact多功能近红外分析仪和正交实验设计,研究了不同预处理和校正方法对建模效果的影响,建立了液态奶制嘉中脂肪、乳糖和蛋白质质量含量的定标模型。利用目标函数法对模型进行评定,并对选出的最优模型的适用性进行验证．结果表明,最优模型对糖、脂肪和蛋白质的相对标准偏差分别为4．12％,7．04％,9．61％,相对误差分别为2．82,6．28,2．72．正交实验方法能综合考虑不同预处理方法和校正方法对模型建立的影响．近红外光谱分析法能够实现对牛奶中脂肪、乳糖和蛋白质质量含量进行快速、无损的定量检测．     

蛋白质拓扑结构Alignment与相似性打分的算法

蛋白质结构分类是当今“后基因组”研究的热点 ,是探索蛋白质折叠 /功能关系的有效方法 .创立一种新型的分类体系就意味着对复杂的蛋白质结构的有了进一步的理解 .本文基于蛋白质结构域的拓扑结构 ,将拓扑量化 ,以Alignment矩阵方法对结构域进行比较 ,并按拓扑结构相似性对任意 2个蛋白质进行打分 .上述算法已经实现了程序化 .依此算法可将一组蛋白质进行新的分类 ,并可望将结构分类与生物功能的关系进行分析 .     

重组人骨形态发生蛋白-2和-6对人骨肉瘤细胞株MG63和U2OS的作用

为研究重组人骨形态发生蛋白rhBMP-2和rhBMP-6对人骨肉瘤细胞株MG63和U20S的作用,分别用含rhBMP-2和rhBMP-6及重组绿色荧光蛋白的条件培养液干预人骨肉瘤细胞MG63和U2OS,利用台盼蓝拒染法、TUNEL法、吖啶橙/溴乙啶(AO/EB)荧光双染法、Transwell小窒和碱性磷酸酶活性测定法分别检测细胞增殖、凋亡、迁移以及成骨分化能力的变化.结果显示与未实施任何千预的空白对照组和用rGFP干预实验对照组相比.rhBMP-2和rhBMP-6的干预致两种骨肉瘤细胞株:细胞存活率均随时间逐渐降低;凋亡率呈时间依赖性增加;穿膜数明显减低;碱性磷酸酶(ALP)活性逐渐增加.以上差异均有统计学意义(P＜0.01).表明rhBMP-2和rhBMP-6可抑制人骨肉瘤细胞株MG63和U2OS的增殖和迁移、诱导其凋亡和向成骨细胞分化.     

适于双向电泳分析的银杏叶绿体蛋白质提取方法

【目的】获得银杏叶绿体蛋白质的提取方法,在蛋白质水平探讨银杏光合作用对环境的响应机制。【方法】建立一种适合银杏叶绿体蛋白双向电泳分离的实验体系,采用Tris-平衡酚抽提法对银杏叶绿体蛋白质进行提取,并与三氯乙酸(TCA)-丙酮沉降法进行对比分析。【结果】Percoll密度梯度离心法适用于银杏叶绿体的提取,提取的叶绿体平均完整率在85%左右。单向电泳结果显示,与TCA-丙酮沉降法相比,在用Tris-平衡酚抽提法分离的叶绿体蛋白质泳道中,低分子质量蛋白质条带更多、更清晰。进一步的双向电泳结果表明,用Tris-平衡酚抽提法对银杏叶绿体蛋白质进行提取,蛋白质产量更高,图谱清晰,所分离的蛋白点更多,形态更好,条纹影响相对较小。【结论】Tris-平衡酚抽提法可有效地提取高质量的叶绿体蛋白质并进行双向电泳,可用于银杏叶绿体的蛋白质组学分析。     

小麦幼叶中小G蛋白的粗分离

对小麦幼苗叶片中的蛋白进行了粗提,聚丙烯酰胺凝胶电泳(SDS-PAGE)检测在20.1 KDa～31 KDa间呈现一条蛋白条带,经分析其分子量约为23.1 KDa,占所提取总蛋白的2.93%,推测其为小G蛋白家族中的成员.采用传统的硫酸铵盐析法对此目的蛋白进行粗分离.结果显示,30%的硫酸铵饱和度可将该蛋白分离,且所含杂蛋白量最少,其纯度和得率分别是22.96%和47.3%,是进一步细分离纯化的较好选择.     

酵母双杂交系统筛选与HCMV pUL23蛋白相互作用的蛋白质

将UL23基因的ORF序列克隆到酵母表达载体pGBKT7构建诱饵质粒pGBKT7-UL23,用酵母双杂交技术筛选人胚肾cDNA文库中与人巨细胞病毒pUL23相互作用的宿主蛋白分子,再通过回复酵母双杂交再次确认两者之间的相互作用.结果表明:酵母双杂交,回复酵母双杂交试验证明宿主蛋白分子elF3e(eukaryotic trans-lation initiation factor 3,subunit E interacting protein)能够与人巨细胞病毒UL23蛋白相互作用.宿主蛋白分子elF3e能够与人巨细胞病毒UL23蛋白相互作用,这为进一步研究pUL23蛋白在HCMV生活周期中的作用机制提供依据.     

利用有机溶剂法快速纯化绿色荧光蛋白

介绍非色谱GFP纯化方法——有机溶剂纯化法．该方法在短时间内（30min）即可获得大量较高纯度（91．7％）,且荧光光谱特征不改变的GFP蛋白．纯化过程简单,无需昂贵的仪器和设备,适合绝大多数中小实验室使用．