Burkholderia cepacia XYU-6脂肪酶的克隆及其细胞表面展示

通过分析GenBank中Burkholderia cepacia脂肪酶的序列,设计简并引物,采用同源克隆的策略,成功地从B. cepacia XYU-6菌株中克隆到脂肪酶基因bcl,其大小为1095 bp,编码364个氨基酸（ GenBank登陆号KR233260）.将bcl基因与质粒pET-28b（＋）连接并转化大肠杆菌,使脂肪酶BCL的大肠杆菌胞内过表达,其活力是野生菌的12.9倍.通过将bcl基因克隆到细胞表面展示载体pZXL中,构建脂肪酶BCL的细胞表面展示工程菌,使BCL在Lpp-OmpA引导下定位于大肠杆菌细胞表面,其活力是野生菌的3.9倍.研究结果为脂肪酶BCL后续的分子改造和应用奠定基础.     

树鼩VEGF全长编码序列的克隆及分子特征分析

树鼩作为研究人类疾病的良好动物模型,近年来引起广泛关注.研究采用RT-PCR技术,从树鼩的肺组织中克隆到血管内皮生长因子（vascular endothelial growth factor,VEGF）的编码序列,并对其三级结构进行了预测.结果显示该基因开放阅读框全长645 bp,编码214个氨基酸.序列比对及三级结构预测显示,树鼩VEGF与人的VEGF有较高的相似性,预示树鼩可能会是研究人类血管相关疾病的良好模型.     

构建T载体用于PCR克隆

通过克隆甘露聚糖酶基因到pMD-18T载体构建了质粒pMD-18Tman2XcmI,克隆的甘露聚糖酶基因两侧各引进了一个特定的XcmI酶切位点;用XcmI酶切质粒pMD-18Tman2XcmI可以制备T载体．因为甘露聚糖酶基因作为填充片段和筛选标记受半乳糖苷酶基因启动子的控制,甘露聚糖酶能够表达,从而水解甘露聚糖产生水解圈,指示转化了部分酶切质粒的背景菌落．此外,在甘露聚糖酶基因中存在第3个不同序列的XcmI酶切位点,因此残余的甘露聚糖酶基因引起的背景可以进一步降低．抽提大量质粒贮存,随时制备T载体使用,增加了克隆的稳定性．该T载体克服了一般T载体质量不稳定,费钱,克隆效率低,假阳性高的缺点．使用构建的T载体完成了10个基因的克隆,结果表明重组效率达到了90％～100％．     

Cloning and analysis of [NiFe]-hydrogenase genes from Arthrospira platensis FACHB341

0IntroductionHydrogenase(H2ase)has beeninvestigatedin a va-riety of bacterial groups since it was firstly reported in1931[1-3].Cyanobacteria contain two different types ofH2ase,uptake H2ase(EC1.12.7.2)and bidirectional orreversible H2ase(EC1.12.1.12).Uptake H2ase is in-duced under N2-fixing situation,mainly confinedin hete-rocysts.Bidirectional H2ase is constitutively synthesized,active in both heterocysts and vegetative cells present inboth N2-fixing and non-N2-fixing conditions.This en…     

小鼠胰岛素样生长因子1(IGF1)基因启动子的生物信息学分析

生物信息学的发展为在线分析软件预测基因启动子的相关信息提供了众多有重要价值的参考信息.采用进化足迹法,结合生物信息学工具,运用在线软件进行分析,分析了小鼠IGF1基因的启动子结构.分析结果表明,在小鼠IGF1基因的启动子保守区内预测出6个转录因子结合部位,为探讨该基因的表达调控机制提供了重要参考.     

何首乌中一种Ⅲ型PKS基因的克隆及生物信息学分析

Ⅲ型聚酮合酶即查耳酮合酶超家族,能催化生成一系列结构各异、具有不同生理活性、含有查耳酮合酶基本骨架的植物次生代谢产物。根据不同植物Ⅲ型PKSs基因的保守序列,设计简并引物,采用RT - PCR和RACE技术,首次从传统中药材何首乌(Polygonum multiflorum Thunb.)中克隆到一种Ⅲ型PKS基因,其cDNA全长1228bp, 编码379个氨基酸,命名为FmPKS (GenBank登录号: GQ411431)。该基因含有三个内含子, 与迄今报道的绝大部分Ⅲ型PKS含有一个内含子不同,而与最近报道的虎杖中克隆的PcPKS2基因相同。通过生物信息学方法对其编码蛋白的序列进行同源性分析,构建了系统进化树,并对其等电点、疏水性及二级结构、跨膜区域等理化性质进行了初步预测,为进一步研究其功能奠定了基础。     

苦瓜McAG2启动子的克隆与表达研究

文中从苦瓜基因组中克隆得到长为1417 bp的McAG2基因5′上游片段并进行了DNA序列分析.通过PCR得到了其缺失片段,将其插入pBI121载体替换CaMV35S启动子,得到了McAG2基因5′侧翼缺失表达载体.并利用农杆菌介导转化烟草,建立了相应的转基因烟草植株,以研究其在不同器官组织中的表达特性. β-glucuronidase(GUS)染色结果显示该启动子在转基因烟草叶片和根组织中没有表达活性.     

编码真核启动因子4E的毛尖紫萼藓基因GH425电子克隆及验证分析

GH425基因(genebank EST#:GPE204)来自毛尖紫萼藓干旱胁迫cDNA文库。本实验在小立碗藓核酸数据库中,以GH425基因为基因探针进行电子克隆,最终得到全长序列GH425NO.1。经ORFfinder分析,以最长ORF设计引物,对毛尖紫萼藓进行RT-PCR验证,得到了与之对应的条带,证明了毛尖紫萼藓中含有电子克隆的片段,即电子克隆结果正确。经Blastx分析,确定该序列编码真核启动因子4E。     

棉花半胱氨酸蛋白酶抑制剂基因的克隆、表达与活性研究

通过从已构建好的突变体湘棉-18的cDNA文库中筛选分离出一个半胱氨酸蛋白酶抑制剂基因的全长cDNA序列,经测序和序列分析,发现该片段包含一个完整的开放阅读框,长378个碱基,编码125个氨基酸,氨基酸序列中包含了一个半胱氨酸蛋白酶抑制剂家族的保守区段Gln-Val-Val-Ala-Gly;信号肽预测发现该序列包含一个N端信号肽,保守区分析该基因编码的氨基酸包含一个半胱氨酸蛋白酶抑制剂相似区域.半胱氨酸蛋白酶抑制剂在大肠杆菌中表达重组蛋白,在条件为30℃,IPTG 5mmol/L,时间24～36h时,CPI实现最优表达,Western Blotting分析表明表达的蛋白正确.通过木瓜蛋白酶活性抑制实验,结果表明该重组CPI具有一定的酶活抑制作用.     

基于半监督聚类的真核启动子识别

首先将待测试的DNA序列片段利用词项-序列矩阵进行表示,然后通过奇异值分解进行降维,最后采用全局一致性和局部一致性兼顾的半监督聚类算法对长的DNA序列片段进行测试,并与现有的几种启动子识别算法的结果进行对比。