Pseudomonas koreensis JDM-2株ACC脱氨酶基因的克隆和表达

应用PCR从杜仲内生Pseudomonas koreensis JDM-2株基因组中扩增出ACC脱氨酶基因acdS,将其克隆到pMD18-T载体并段进行DNA测序,通过BamHⅠ和HindⅢ酶切从重组质粒pMD18ACDS中切下acdS基因序列,将其连接到pQE30质粒的BamHⅠ和HindⅢ位点,构建表达质粒pQE30ACDS,转化大肠杆菌BL21,利用比色法测定ACC脱氨酶活力.测序结果表明,JDM-2菌株acdS基因大小为1 017 bp,与已报道不同菌种acdS基因的同源性在86％～99％之间.SDS-PAGE结果显示在大肠杆菌BL21中表达了分子量为38 kDa的ACC脱氨酶.酶活性检测结果显示重组菌ACC脱氨酶的酶活力为0.214 U/mg.     

Salsolinol合成酶的克隆和表达

 Salsolinol 合成酶是一种催化多巴胺和乙醛生成Salsolinol 的酶,与帕金森病发病机制密切相关。研究发现Salsolinol 合成酶与泛素的氨基酸序列高度相似,只有4 个氨基酸位点有差异。本研究以泛素基因为模板,采用聚合酶链式反应技术对4 个位点进行定点突变,将突变基因片段克隆到载体pET30a-GST 上,构建pET30a-GST-Sal synthase 重组载体,转化BL21 后,IPTG 诱导重组菌表达融合蛋白,经亲和层析柱纯化。结果表明,实现目的位点的定点突变,获得Sal 合成酶基因,成功构建了GST-Sal synthase 原核表达质粒,在大肠杆菌中表达纯化后得到较高纯度的GST-Sal synthase 融合蛋白。     

人胰岛素原基因在大肠杆菌中的表达和纯化

将人胰岛素原基因序列(human proinsulin, PI)经密码子优化后与TrxA蛋白融合表达,构建原核表达载体TrxA-PI转入不同大肠杆菌表达菌株BL21(DE3)、TransB(DE3)和Rosetta-gami(DE3)中。SDS-PAGE显示融合蛋白在3种表达菌株中均有表达,在Rosetta-gami(DE3)中表达量最高,是普通大肠杆菌BL21(DE3)表达量的10倍。通过优化诱导温度等发酵条件,可溶性重组融合蛋白TrxA-PI在Rosetta-gami(DE3)菌株中表达量为3.5 g/L,比未优化时提高约10倍。TrxA-PI用肠激酶酶切后,利用HisTrap FF柱分离纯化PI,经Western-blot检测重组PI具有免疫原性。     

基于小波的肿瘤基因表达数据聚类分析模型

运用小波的降噪性建立一种基于肿瘤基因表达谱的聚类分析模型,采用小波变换、信息抽取、双向聚类的方法对基因表达谱进行有效的分析.通过这种模型,可以降低基因表达谱的噪音以及样本错聚率.最后,将该方法应用于结肠癌基因表达谱的分析.     

人脂联素在大肠杆菌中的可溶性表达

为了提高重组人脂联素在大肠杆菌中的可溶性,构建和表达了增溶标签与人脂联素的融合表达栽体.这些标签包括大肠杆茵硫氧还蛋白和NusA蛋白、酿酒酵母SUMO蛋白和噬热海洋茵Thermotoga maritime 的红素氧还蛋白.结果显示,所有的人脂联素融合蛋白在大肠杆茵中都获得了高水平的表达,但可溶性存在很大差异,说明不同融合标签对人脂联素可溶性表达的促进作用不同.其中,红素氧还蛋白与SUMO蛋白组合一起对人脂联素可溶性的增强作用最为显著,其相应的融合蛋白几乎全部可溶.另外,通过酵母SUMO/Ulp1反应,经His标签亲和层析纯化得到的人脂联素融合蛋白能被有效酶切,加工为人脂联素成熟肽产物.     

一种改进的基因表达数据双聚类算法

对基因表达数据进行双聚类分析是生物信息学领域的一种重要技术方法,但双聚类问题已被证明属于NP难问题.目前针对基因表达数据的双聚类算法都存在时间效率较低的问题.为此,采用遗传算法与粒子群优化算法相结合的混合进化算法来求解基因表达数据的双聚类问题.实验结果表明,所提算法在明显减少运行时间的同时,仍能保证良好的聚类效果.     

滑桃树种子提取物对其内生菌蛋白表达的影响

Streptomyces sp.WXC菌株是从滑桃树(Trewia nudiflora L.)种子中分离到的一株内生菌,滑桃树种子提取物对Streptomyces sp.WXC菌株的生长有促进作用.运用蛋白质组学方法,研究Streptomyces sp.WXC菌株在加入滑桃树种子提取物和不加入滑桃树种子提取物的两种条件下,其蛋白表达的差异,结果发现44个差异蛋白.经数据库比对分析,表明这些蛋白主要与菌株的运输、氧化还原、水解和生物合成有关.该结果为进一步研究植物与其内生菌的相互作用奠定基础.