对细菌中2-氧化戊二酸依赖型加氧酶系存在性的分析

2-酮戊二酸,铁离子和维生素C是氧化戊二酸依赖型加氧酶辅助因子.有的细菌缺少维生素C,因此可能不含维生素C独立体酶,为了确定细菌中是否含有这种酶系,本文首先利用生物学软件ClustalX, PHYLIP, MEME/MAST 和 HMMER在植物和动物体内验证这个酶系的系统发育关系和保守序列,然后利用那些保守序列可以用来检测细菌是否含有这种酶.分析表明细菌中确实含有2-氧化戊二酸依赖型加氧酶酶系.     

含笑亚族及其近缘植物matK基因序列分析

测定了木兰科等１４种植物的叶绿体ｍａｔＫ基因的一段长１０３９碱基对的序列．最大同源性分析构建的系统树图建议：①与一般的分类系统的结果一致,含笑属的３个种间具有极高的同源性;②合果木属、观光木属与含笑属之间的同源性也很高,建议它们有可能可以归为同一亚族,甚至归为同一属;③与一般分类系统相反,长蕊木兰属与木兰属的关系较远而与含笑属极接近,故有可能归入含笑亚族．     

降解柴油的耐盐酵母菌的鉴定及性质研究

从胜利油田被石油污染的土壤中分离到一株能降解柴油的酵母菌YH—41。根据形态学特征、生理生化特征和分子生物学方法对其进行了鉴定。利用紫外分光光度法测定了该菌对柴油的降解率。通过单因素试验及正交试验确定了该菌对柴油的最适降解条件为pH6、温度30℃、通气量(锥形瓶容积)500 mL、接种量(OD600)3 mL。克隆了该菌的18S rDNA序列并进行测序,以18S rDNA序列同源性为基础构建了相关属种的系统发育树。结果表明YH—41与假丝酵母属(Candida)的奥默毕赤酵母(Pichia ohmen)的单倍体极接近。经优化菌体对柴油的降解率达到46.8%。经GC-MS分析可知,该菌种对柴油有很好的降解能力。     

鱼类线粒体基因组研究进展

线粒体基因组(mitochondrial genome DNA,mtDNA)具有严格的母系遗传且能进行自我复制,并且在世代传递过程中不易发生重组、进化速率较快等优点.因此mtDNA广泛应用于系统进化、种群遗传、适应性进化等领域中.本文对鱼类mtDNA研究做了详细阐述,系统总结了近年来鱼类mtDNA结构与特征、线粒体的起源与演化、种群遗传、适应性进化、鱼类条形码物种识别等研究进展,以期对相关研究有一定参考价值.     

西藏胡黄连根状茎差异表达基因的筛选及分析

 西藏胡黄连是著名的濒危西藏药材, 其粗壮的根茎部是重要的合成和储存药用萜类物质器官,萜类含量显著高于叶部。为克隆西藏胡黄连根状茎和叶的差异表达基因,利用抑制消减杂交技术,构建了根状茎特定的抑制消减文库。从该SSH文库中随机挑取片段不一的阳性克隆测序,采用Blastx进行同源比对,获得了27个表达序列标签（EST）,并获登录号。序列统计分析结果表明,其中有11个EST在GenBank中无同源性序列,推测可能是新基因片断。蛋白质功能分类结果表明,这些蛋白质与翻译、能量代谢、转运与结合、细胞膜合成、氨基酸生物合成及中间代谢6大类蛋白功能有关。为深入研究与萜类生物合成直接或间接相关基因,选择了长595 bp的差异表达EST序列EX172715进行了同源比对和蛋白系统进化分析。结果表明,EX172715具有细胞色素P450单加氧酶的特征结构,与拟南芥的细胞色素P450单加氧酶蛋白的同源性高于水稻和小麦。提供了一组与西藏胡黄连次生代谢相关的新基因库。     

棉花黄萎病菌VdSge1基因的克隆与序列分析

为了探索棉花黄萎病菌(Verticillium dahliae Kleb)是否存在转录调节因子Vd Sge1,本研究以新疆棉花黄萎病菌强致病力菌株V592为材料,通过设计引物,对棉花黄萎病菌进行了Vd Sge1基因的克隆和测序。获得Vd Sge1基因全序列为1533 bp,不含内含子,只编码1个含510个氨基酸的蛋白(Vd Sge1)。Vd Sge1的N端含有真菌特异的TOS9结构域(COG5037)和Gti1_Pac2基因家族结构域(Pfam09729)。此外N端还含有一个推测的蛋白激酶磷酸化位点(66KRWTDG71)及一个核定位信号(94PPGEKKR100)。系统进化分析结果表明,Vd Sge1与番茄枯萎菌、荚膜组织胞浆菌、小麦赤霉菌和葡萄孢菌的同源调节因子进化关系较近。本研究为进一步研究Vd Sge1的功能奠定了基础。     

中华拟德氏吸虫分子系统发生初步研究

对中华拟德氏吸虫核糖体基因进行扩增、克隆和测定,研究其系统发生.测得ITS-2 rDNA和18SrDNA部分序列分别为537 bp和1 819 bp,GenBank上登录号分别为EU082007、EU081899.序列分析表明:中华拟德氏吸虫与寄生于琥珀鱼的5种拟德氏吸虫ITS-2 rDNA序列相似性很低,为49.0%~54.2%,可初步判断中华拟德氏吸虫是拟德氏属的一个独立种;基于18S rDNA序列分别与海水未定名血居吸虫(AY157184)、淡水血居吸虫Plethorchis acanthus(AY222096)的亲缘最近,同源性高达99.4%和95.1%;与旋睾科吸虫Unicaecum sp.(AY604719)及5种裂体吸虫的同源性则分别为92.7%和91.5%~92.5%.可见血居科与旋睾科和裂体科吸虫的亲缘关系密切.     

灰黄霉素高产变株与出发菌株18S rRNA基因序列的比较分析

根据真菌18S rDNA的保守序列设计引物,对灰黄霉素高产突变菌Penicillium griseofulvum F208与出发菌株Penicillium griseofulvum 3.5190的18S rRNA进行克隆测序及对比分析,并登录GenBank(序列号为EF608151和EF607282).依据18S rDNA建立的系统进化树表明突变株F208与出发菌株3.5190的遗传距离较远,而与Penicillium urticae亲缘关系最近.出发菌株3.5190与Penicillium commune亲缘关系最近.18SrDNA作为分子标记可有效地鉴别灰黄霉素产生菌(Penicillium griseofulvum)高产与低产菌株.     

Phylogenetic identification and microbial diversity in snow of the summit （8201 m） of Cho Oyu Mountain,Tibet

The bacterial diversity and abundance in snow of the summit （8201 m） of Cho Oyu mountain, Tibet, were analyzed by 16S rRNA gene sequencing followed by scanning electronic microscopy analysis. Most of bacteria were found to be of spherical or oval shape （〉95%）. Bacterial 16S rDNA sequences were classified into 5 genera （Caulobacter, Ralstonia, Cupriavidus, Pelomonas and Pseudomonas）. Gammaproteobacteria were the most abundant （91.25%） among the library that consists of 594 clones. The sequences found in this study are highly similar to those previously retrieved from other cold environments, such as ice core, sea ice, permafrost and snow. The results showed that the cold and barren environments strongly influence the survival of bacteria. The high similarity among sequences retrieved from snow sample and other places, such as ocean, soil and water, suggested that the bacteria in snow, soil and water environments have the same origin.