基于网络拓扑和多种生物信息融合的关键蛋白质识别算法

关键蛋白质的识别有助于了解细胞存活的基本需求,并为疾病治疗找到新方法,但是蛋白质自身携带着复杂的生物特性,仅依赖网络拓扑特性不能精准地判断其关键性.因此,提出一种新方法来提高识别关键蛋白质的准确率.首先,考虑网络拓扑特性以及蛋白质在不同亚细胞中的重要程度,定义了SNC方法;其次,利用蛋白质在亚细胞与复合物信息中的特性定义了SIDC方法;最后,通过融合网络拓扑结构和多源生物信息,提出了关键蛋白质识别算法CTB.在YDIP、YMIPS和Krogan数据集上利用精准率-查全率等多种评估方法进行实验,结果表明CTB算法提高了识别关键蛋白质的性能.     

基于热处理的鲈鱼肌原纤维蛋白结构和功能关联性研究

以鲈鱼肌原纤维蛋白为原料,以巯基质量摩尔浓度、紫外吸收强度、内源性荧光、浊度、二级结构等为指标,研究热处理对肌原纤维蛋白结构及功能特性的影响.结果显示,30～90℃下,肌原纤维蛋白的巯基质量摩尔浓度减小、紫外吸光度增大、荧光强度下降、 Ca²⁺-ATPase活性下降.随着加热温度升高,肌原纤维蛋白的表面疏水性先增大后减小.热处理使肌原纤维蛋白的α-螺旋含量减少,β-折叠和无规卷曲的含量增加.热处理后的肌原纤维蛋白浊度增加、乳化性和起泡性先增加后减小.主成分分析表明,α-螺旋、β-折叠、无规卷曲和乳化性被主成分介绍的程度高.     

基于蛋白质相互作用网络的蛋白质复合物和功能模块预测算法研究进展

蛋白质相互作用网络中的模块化结构通常对应于蛋白质复合物或者蛋白质功能模块。基于蛋白质相互作用网络预测蛋白质复合物和功能模块不仅有助于理解生命有机体的细胞生物过程,而且可为探讨疾病的发生、发展和治疗以及合理的药物开发提供重要的基础。本文通过回顾近二十年来基于蛋白质相互作用网络的蛋白质复合物和功能模块预测算法研究的发展历程,按照静态蛋白质相互作用网络(SPIN)和动态蛋白质相互作用网络(DPIN)两个方向分别梳理预测算法所涉及的方法和技术,同时归纳常用的数据集并分析所面临的问题,为进一步研究提供有价值的参考。     

基于rbcL蛋白质序列的石斛属植物系统发育研究

以生物分类的数学模型和生物演化的数学模型为基础,探讨25种石斛属植物rbcL蛋白质序列的系统发育关系．用MATLAB7．1构建NJ系统树和UPGMA系统树,用MEGA4．1构建MP系统树,并进行系统发育分析,为研究石斛属植物的系统发育提供蛋白质序列方面的证据．     

天然抗氧化剂麦角硫因保护铜所致DNA和蛋白质氧化损伤的作用机理

麦角硫因是一种天然的氨基酸类似物, 在生物组织和体液中通常以毫摩尔级的浓度存在. 尽管如此, 麦角硫因的生物学功能及作用并不完全清楚. 我们对麦角硫因对铜所致的DNA 和蛋白质氧化损伤的影响及其可能扮演的角色进行了深入探讨. 在研究中采用了两种含铜的反应体系: Cu(II)/抗坏血酸体系以及Cu(II)/H₂O₂ 体系. DNA 和牛血清蛋白的氧化损伤分别通过DNA 链断裂和蛋白质羰基化这两项指标来检测. 研究结果表明, 在两种含铜的反应体系中, 麦角硫因都能显著保护DNA 和蛋白质免于氧化损伤, 并且这种保护作用具有剂量依赖效应. 与此相对照, 经典的羟基自由基清除剂(如DMSO 和甘露醇)尽管浓度高达100 mmol/L, 也只能提供很微弱的保护作用. 此外, 研究中通过紫外-可见以及低温电子自旋共振等分析手段发现, 麦角硫因能明显抑制铜催化的抗坏血酸的氧化过程, 并且还能与组氨酸以及1,10-邻菲罗啉有效地竞争络合一价而非二价铜离子. 从上述研究结果我们得知, 麦角硫因是一种天然的含硫抗氧化剂, 可以通过形成不具有氧化还原活性的麦角硫因-铜的络合物形式, 从而达到有效抑制金属铜离子所致的对生物大分子的氧化损伤.     

重组酵母Saccharom yces cerevisiae蛋白激酶Sch9的分泌表达与活性鉴定

为了深入研究蛋白激酶Sch9的生物化学特性,在Pichia pastoris酵母KM71H菌种中分泌表达并纯化了重组Sch9蛋白.进一步通过体外磷酸化实验分析了重组Sch9蛋白的蛋白激酶活性.通过重组蛋白质工程的手段初步研究了Sch9蛋白的生物化学和酶学特性.     

HBV基因型分析及B/C型共感染的血清病毒种群分析

 为了解HBV大三阳青年妇女的HBV基因型及体内病毒种群特征,从19~35岁青年妇女HBV感染者血清样本中筛选出24例HBV血清学标志物检测结果为大三阳的样本进行HBV基因分型检测,14例为B型,9例为C型,1例为B/C基因型共感染。对14例大S蛋白基因通过特异性扩增、序列克隆和测序确认的分型结果与分型检测一致。发现的1例B/C共感染样本来自阿德福韦酯抗病毒治疗35周患者,大S蛋白基因序列分析显示10条序列中4条为B型,准种分散值为2.8;其6条为C型,准种分散值为0.6。α决定簇分析该患者体内病毒种群包含3种血清型。病毒种群分析结果提示本地区青年妇女HBV感染的基因型主要为B型和C型,B/C基因型共感染患者体内HBV病毒种群呈复杂的多基因型分布,不同基因型内部以准种形式存在。     

采食量影响绵羊瘤胃微生物蛋白质产量机理的研究

四只安有永久瘘管，体重约４５ｋｇ的去势杂种绵羊（Ｂｌａｃｋｆａｃｅ×Ｓｕｆｆｏｌｋ），在四个试验期根据４×４拉丁方设计，分别饲喂１００、８００、１２００和１６００ｇ／头／日ＣＰ配合伺料，用聚乙二醇（ＰＥＧ，分子量４０００）和三氧化二铬浸润麦桔作液相和固相指示剂，后两个试验期，用尼龙袋法测定干物质在瘤胃中的降解率。结果表明：瘤胃容积和排空速度随采食量上升而提高；当采食量升高到２１．１８ｇＤＭ／ｋｇＢＷ时，瘤胃固相容积似乎达到极限，固相排空速度的提高开始加快。瘤胃微生物蛋白质产量与瘤胃固相和液相排空速度之间都呈直线相关，其相关系数分别为０．９８７（Ｐ＜０．０１）和０．９４２（Ｐ＜０．０５）。     

鸡对非蛋白含氮有机物的利用

鸡可利用饲料中的非蛋白含氮有机物（Non-proteinnitrogen-NPN），盲肠内的微生物完成NPN的转换利用功能．     

花生蛋白奶稳定性的研究

从植物蛋白奶不稳定现象出发，系统地介绍了花生蛋白奶的乳化剂和增稠剂的作用原理，以及应用方法，并从工艺改进的角度来论述提高花生蛋白奶稳定性的措施。