Strategy for the mapping of interactive genes using bulked segregant analysis method and Mapmaker/Exp software

A qualitative trait is usually controlled by a single gene, but it may be sometimes controlled by two or even more genes. This phenomenon is called gene interaction. Rapidly searching for linked mo- lecular markers via bulked segregant analysis (BSA) and then constructing regional linkage map with Mapmaker/Exp has become a common approach to mapping single major genes. However, methods and computer programs developed for mapping single major genes cannot be simply applied to interactive genes because the genetic patterns of gene interac- tions are quite different from that of single-gene in- heritance. Up to now, experimental methods for quickly screening molecular markers linked to inter- active genes and statistical methods and corre- sponding computer softwares for simultaneously analyzing the linkage relationships of multiple mo- lecular markers to an interactive gene have not been available. To solve this problem, in this paper, we propose a strategy for mapping interactive genes using BSA and Mapmaker/Exp. We demonstrate that all interactive genes can be mapped by the 'BSA Mapmaker/Exp' strategy using F2 generation (in a few cases, F3 generation is also needed). As BSA and Mapmaker/Exp have been broadly used in gene mapping studies and are well known by many re- searchers, the strategies proposed in this paper will be useful for practical researches.     

Genetic analysis and molecular mapping of a presenescing leaf gene psll in rice （Oryza sativa L.）

A rice psl1 （presenescing leaf） mutant was obtained from a japonica variety Zhonghua 11 via radiation of ^60Co-γ in M2 generation. Every leaf of the mutant began to wither after it reached the biggest length, while the leaves of the wild variety could keep green for 25--35 d. In this study, genetic analysis and gene mapping were carried out for the mutant identified. The SSR marker analysis showed that the mutant was controlled by a single recessive gene （psl1） located on chromosome 2. Fine mapping of the psl1 locus was conducted with 34 new STS markers developed around psl1 anchored region based on the sequence diversity between Nipponbare and 93-11. The psl1 was further mapped between two STS markers, STS2-19 and STS2-26, with genetic distances of 0.43 and 0.11 cM, respectively, while cosegregated with STS2-25. A BAC contig was found to span the psl1 locus, the region being delimited to 48 kb. This result was very useful for cloning of the psl1 gene.     

幼虫的起源

长期以来，幼虫和成虫是由同一基因物种进化而来这一假设与许多生物学现象有着难以调和的矛盾。本书的作者提出了一个大胆的猜想——决定幼虫形态的相关基因可能是由不同种类动物交互移植而来，并通过举例论证了这一幼虫基因移植论的可行性。     

利用病例-父母设计的候选疾病易感基因的LOD值排除分析

已有的一种LOD值排除方法,可在随机群体样本中反过来检测引起复杂疾病和数量特征的候选基因的重要性.LOD值排除方法是常规关联分析的有效补充.虽然与传统的关联分析相比,方法更加保守,但是仍然受到群体分层的影响.为了控制群体异质性所带来的混杂影响,文中通过病例-父母设计,发展了一种LOD值排除分析方法.这种方法与连锁分析中的排除分析是相似的.观测到的核心家系数据的似然函数可以构建多项分布式:L=n!/Ⅱi,j nij! Ⅱi,j(pij)nij.其中nij是父母配对类型为i而受累子代的基因型为j的家庭个数,pij为有一个受累子代的核心家庭中父母配对类型是i而受累子代的基因型为j的核心家庭的条件概率.这个似然值是基因频率和被检测遗传标记的相对风险的函数.在这种方法中,能够分析候选基因的特定遗传效应和遗传模型.如果LOD值≤-2.0,检测位点没有含有比特定位点更大的效应而被排除.我们进行了模拟研究来检测排除分析中遗传效应和遗传模型的功效.模拟表明,这种方法有一定的合理功效来排除一个具很小遗传效应的候选基因.与核心家系中传递不平衡检验(TDT)关联分析相似的是,该排除分析一般不受群体混层的影响.排除分析可以作为排除不含有或者含很小遗传效应的候选基因的TDT分析方法的补充.这种方法已经被用来检测维生素D受体对骨质疏松症的重要性.     

牦牛肥胖基因和肿瘤坏死因子α基因的序列分析

肥胖基因(ob gene)是近年来刚被克隆的新基因，该基因的表达产物瘦蛋白(Leptin)具有调节体重、影响动物生长和繁殖率等一系列生物学功能．肿瘤坏死因子-α(Tumor Necrosis Factor-α，TNF-α)是一种主要由活化单核巨噬细胞和T淋巴细胞产生的多效性细胞因子，时TNF-α基因的基础及应用研究已成为近年来动物抗病育种的研究热点之一，本文克隆及测序分析了牦牛上述两个基因的部分片段。结果表明：ob基因大小为1773bp，TNF-α基因为1160bp，通过genebank中的blastn比较分析牦牛ob基因和TNF—α基因与普通牛种的相应基因同源性都高达98％。     

以mRNA差异显示法分离牙鲆白化相关基因的初步研究

以正常和白化牙鲆表皮组织总RNA为模板,用Oligo d(T)13M(M分别为A、C、G)3种锚定引物和26种差异显示随机引物组合进行差异显示,PAGE凝胶电泳后,用新型高灵敏度核酸荧光染料SYBR GREEN I显示差异DNA条带,得到区分度较好的差异表达图谱,共分离49条牙鲆白化相关DNA片段,片段长度260～800bp左右,经克隆测序后将可作为新的ESTs进行同源序列比较.     

葡萄的随机扩增多态性DNA研究

采用随机扩增多态性DNA(RAPD)对11个样品进行了研究．这11个品种包含1个欧美杂交种，一个中国野生种(Vitis．piasezkii Var．pagnucii)，9个欧亚种(Vitis．vinifera L)．选择了多态性好的7个10碱基寡聚糖核苷酸作为随机扩增的引物，在琼脂糖凝胶电泳上产生了76条带，其中63条具有多态性．各引物产生的条带从6到13不等，平均为10．86条／模板，其中9条具有多态性，表明葡萄基因的多态性十分丰富．通过遗传相似性分析表明11个葡萄基因的Nei氏相似性系数分布为0．1027-1．1787，平均相似系数为0．459．通过非加权算术平均数聚类法，获得了11个葡萄品种之间的遗传关系树图，欧亚种群，东亚种群和欧美杂种在遗传关系树图上被成功地聚为3组．本实验发现欧亚种和欧美杂种亲缘关系较近，而和中国野生种亲缘关系远．在欧亚种中，520A和S04的遗传距离最近，其次是井川1010和美人指，最大的遗传距离发生在桑无核和其他欧亚种之间．     

云南怒族八种红细胞血型抗原调查分析

目的 :了解云南怒族ABO、Rh、MN、P、GPC、GPA、KeLL、Wrb血型系统抗原分布情况 ,为解决临床输血及人类学、遗传学、分子生物学提供理论依据。方法 :在怒族自然村采用随机抽样调查128人 ,进行血清学检测定型的方法。结果 :云南怒族ABO血型系统中表现型A>O>B>AB ;基因频率r>p>q。Rh血型系统中Rh( -D)阴性率占4 69 % ,d基因频率为0 2165 ,分布较高于我国各民族(除新疆维吾尔族外) ,该民族表现型CCDee居多 ,占31 25% ,其分布特征为CCDee>CcDee>CcDE>ccDE>ccdee>ccDee。MN血型系统中表现型M>MN>N ;基因频率m>n,该系统中的Mur抗原阳性率特别高为22 65%(29/128) ,与上海汉族阳性率为0 66%(6/900)相比 ,怒族Mur抗原分布明显高于汉族Mur抗原。P血型系统中基因频率P2(0 7552)>P1(0 2448) ;GPC、GPA、KeLL、Wrb血型皆为阳性。结论 :不同民族的血型抗原存在一定的差异性 ,怒族的血型分布有自己的特点。     

5-HTR2A基因 102T/C多态性与精神分裂症的相关性研究

目的 :探讨5 -羟色胺2A受体(5 -HTR2A)基因102T/C的多态性与精神分裂症的关系。方法 :应用PCR -RFLP技术 ,在90名无亲缘关系的大理地区正常汉族人和80名精神分裂症患者中对5 -羟色胺受体基因102T/C多态性进行分析。结果 :在正常对照组和精神分裂症组之间 ,等位基因频率 ( χ2=0.01,P>0.05)和各种基因型 (P值均大于0.05)分布无显著性差异。结论 :5 -羟色胺受体基因102C/T的多态性与汉族人群精神分裂症不相关。     

锚定PCR(Anchored PCR): 一种新的染色体步行方法

基于PCR的技术是克隆已知DNA片段侧翼序列的最常用方法．到目前为止，这些方法大致可以分为3种类型：反向PCR(inverse PCR)、连接介导的PCR(1igation-mediated PCR)和随机引物PCR(randomly primed PCR)．反向PCR是使用最早的方法，其原理是用限制性内切酶消化基因组总