基于基因表达谱芯片杂交分析Lamprey-PHB2转染前后Chang liver细胞的基因表达差异

选取了10个物种与本课题组前期克隆得到的东北七鳃鳗抗增殖蛋白2(Lm-PHB2)进行氨基酸序列相似性对比,检测PHB2基因进化水平,结果表明各物种的PHB2氨基酸序列在PHB结构域处高度保守,但在N-端和C-端氨基酸序列保守性较低.将重组质粒pEGFP-N1-Lm-PHB2瞬时转染入张氏肝(CHL)细胞后,利用基因表达谱芯片技术分析基因的表达差异.结果显示CHL细胞中共有270条显著差异表达基因,其中显著上调基因共141条,显著下调基因共129条,涉及细胞信号转导、细胞周期调节、细胞增殖、细胞代谢和细胞凋亡等多个方面.通过实时荧光定量聚合酶链式反应(PCR)对基因表达谱芯片分析结果进行验证,结果显示转染pEGFP-N1-Lm-PHB2质粒后,细胞周期基因CDC25C、氧化应激相关基因(CAT,SOD,GST)和抗细胞凋亡基因HAX1均有显著性差异.     

基于改进核模糊粗糙集的特征基因混合选择方法

针对基因表达谱高维、小样本、高冗余和高噪声等特点,提出了一种特征基因混合选择方法.采用Relief F方法对原始基因进行排序,过滤无效基因,获得初选基因子集,给出了基于差分进化算法优化的核模糊粗糙集模型,进行了特征基因终选.仿真实验结果表明:所提算法比Relief F、Kruskal Wallis、Gini Index等算法在分类精度和基因数量等方面有明显优势.     

猪繁殖与呼吸综合征病毒N基因原核表达产物的检测应用

利用猪繁殖与呼吸综合征病毒核衣壳蛋白基因的原核表达产物,分别建立了检测猪繁殖与呼吸综合征抗体的间接ELISA方法及乳胶凝集试验．对200份血清样品分别应用建立的间接ELISA方法和乳胶凝集试验,及由IDEXX公司生产的EUSA检测试剂盒进行抗体检测,结果显示,乳胶凝集试验及间接ELISA方法与IDEXX公司试剂盒相比,检出符合率分别达78％和91％．建立的乳胶凝集试验还需改进,而N蛋白-ELISA方法具有良好的特异性和敏感性,是一种有应用前景的检测方法．     

基于数据挖掘分析GABPA基因在肾上腺皮质癌的表达及预后意义

利用Oncomine数据库、cBioportal数据库、GEPIA数据库探索GABPA基因在肾上腺皮质癌（Adrenocortical carcinoma,ACC）及正常肾组织中的表达情况、GABPA基因突变情况及其对肾上腺皮质癌患者预后的影响。结果显示,与正常肾组织相比,GABPA mRNA在ACC组织中呈高表达。该基因编码的蛋白质在ACC组织中没有发生突变。预后分析表明,GABPA mRNA高表达组患者的无疾病进展生存时间显著低于GABPA mRNA低表达组。利用String-DB数据库分析与GABPA基因相互作用的蛋白质,包括NRF1、TFAM、TFB1M、TFB2M、GABPB1、GABPB2、PPRC1、PPARGC1A、HCFC1、SSBP1。本研究通过数据挖掘迅速获取分析肾上腺皮质癌组织GABPA基因表达的相关信息,为深入研究GABPA基因在肾上腺皮质癌发生发展中的作用机制奠定基础。     

RNA干涉方法在拟南芥钙调蛋白类基因研究中的应用

以拟南芥芯片杂交分析中发现的一个低磷条件下诱导的钙调蛋白类基因AtPsiCaM为研究对象,通过RNA干涉使该基因沉默,获得AtPsiCaM基因的转基因干涉植株,以期对该基因进行进一步的功能研究。     

用于基因疫苗接种的气动式基因枪

为解决现有各种基因枪在微弹制备方面存在的问题并减小冲击波影响,提出一种基因枪结构。将裹着基因疫苗的微弹吸附在不锈钢网上,并将不锈钢网放置在加速通道中加速微弹。在数值模拟的基础上,研制了实验装置,测试了装置的性能,并利用该装置将pEGFG质粒导入H e la细胞。实验结果表明:这种结构的基因枪在0.3M Pa的气压下就可以把微弹加速到300m/s以上,且微弹在靶面分布均匀;射入H e la细胞的pEGFG质粒也得到了表达,能满足基因疫苗接种的要求。     

两种超嗜热菌基因组中同义密码子使用的分析

对两种超嗜热菌敏捷气热菌(Aeropyrum pernix)和风产液菌(Aqui fex aeolicus)的密码子使用进行分析．相对密码子使用值(RSCU)的计算表明,它们在密码子使用上具有一定的相似性,但也有不同的使用模式,导致这一现象的机制可能存在差异．密码子RSCU值对应分析表明,两种菌中高表达基因均具有相对较高的GC含量,但基因表达水平对密码子使用偏好的影响程度却不一样．在A．pernix中,它是造成整个基因组密码子使用偏好的最主要因素,而在A．aeolicus中却不是．     

求解非线性约束优化问题改进的粒子群算法

采用粒子群算法处理约束优化问题时,由于约束条件使得解空间成为非凸集合,粒子容易陷入局部最优,因此在搜索过程的不同阶段,提出变步长因子的粒子群算法,实验证明改进的算法是可行的,且在精度与稳定性上明显优于采用罚函数的粒子群算法和遗传算法等其它一些算法.