水稻RSSG8基因启动子与GUS融合基因的构建及在烟草中的瞬间表达

使用染色体步移(Genome walking)法，从籼稻(Oryza sativa subsp．indica)桂朝2号基因组中克隆到长度为471bp的水稻精细胞优势表达基因RSSG8的启动子片段R8PN，并进行了全序列测定和分析．该段序列中含有3个CAAT-box，6个Gobox和多种植物顺式作用元件，但没有发现典型的TATA-box，推测为一种特殊的启动子结构，为了鉴定RSSG8基因的基本启动子元件，将二条长度不同的5’端侧翼区缺失体(分别长471bp，260bp)定向插入载体pBI121中，取代原有的CaMV 35S启动子，构了驱动报告基因GUS的植物表达载体pRGUS1，pRGUS2，通过农杆菌介导的瞬时表达法转化烟草叶片和花粉，快速鉴定启动子片段中起关键作用的区域，结果显示两个缺失片段都能启动GUS的表达，可以初步判定这两个片段具有启动子功能。     

地衣芽孢杆菌A13重组表达黑曲霉植酸酶phyA基因的研究

将黑曲霉Z6植酸酶phyA基因置于芽孢杆菌强启动子F1下,与大肠-芽孢杆菌穿梭表达载体pHY300PLK连接,重组质粒pHY300-F1-phyA电击转化地衣芽孢杆菌A13。筛选阳性克隆,获得重组菌株A13-F1-phyA,PCR扩增及酶切验证表明植酸酶基因已转入地衣芽孢杆菌。SDS-PAGE分析和表达产物的酶活性研究证明,重组菌株中植酸酶得到了有效分泌和表达。     

三叶青两个肌动蛋白基因片段的克隆及其分析

根据GenBank中登录的植物肌动蛋白保守序列设计1对引物,对三叶青的块根进行RT‐PCR ,在1次扩增中得到2个不同的肌动蛋白基因片段,分别命名为 ThAct1和 ThAct2．测序结果显示：ThAct1基因片段长度为867 bp ,编码252个氨基酸;ThAct2基因片段长度为1079 bp ,编码152个氨基酸．经Blast分析,ThAct1和ThAct2基因均属于NBD＿sugar‐kinase＿HSP70＿actin superfamily家族,与其它物种Actin基因序列和编码的蛋白质均具有同源性．RT‐PCR结果初步表明：在茎、普通根和块根中 ThAct1和 ThAct2基因的表达未见差异;但在叶中,ThAct1的表达稍强,而 ThAct2的表达稍弱．另外,在茎、普通根和块根中,ThAct1表达比ThAct2强;但在叶中 ThAct1表达比ThAct2弱．结果为分析肌动蛋白基因在三叶青块根发育中的功能奠定了基础;获得的肌动蛋白也可以作为内参基因,在三叶青功能基因组的研究中用于其它基因的定量表达分析．     

F3重组毒素的克隆表达及纯化

以pEKH-F3质粒为模板,PCR扩增F3片段,将F3插入克隆质粒PQE80L,转化大肠杆菌,筛选,获得含有F3的PQE80L重组载体的克隆.提取绿脓杆菌菌株染色体DNA为模板,PCR扩增绿脓杆菌外毒素A催化区,PE40.然后将PQE80-F3和PE40重组,得到表达PQE80L-F3-PE40载体.转化至大肠杆菌DH5a,BL21,表达融合蛋白F3-PE40.结果显示,大肠杆菌表达了融合蛋白F3-PE40,表达的融合蛋白量大概占菌体总体蛋白量的20%.通过质粒提取、PCR扩增构建F3-PE40表达载体转化大肠杆菌,成功地表达了融合蛋白F3-PE40,为大规模表达、纯化F3-PE40的进一步功能奠定了基础.     

Multifunctions of histone H1 proteins

Among various histones, histone H1 proteins have been appreciated for their multiple functions in diverse biological processes. In addition to being a structural protein in chromatin, H1 proteins also play critical roles in cell cycle, gene expression, and development. Recent studies reveal the possible effects of H1 in some diseases, such as cancer and neurodegenerative diseases. Here, we review different variants of HI, the functions, and post translational modifications of ill variants are also discussed.     

用GEP实现复杂函数的自动建模

GEP是一种新颖的遗传算法,在函数建模的应用中取得良好的结果.给出计算有效基因长度的伪代码,结合GRCM方法阅读基因,快速计算出染色体的适应值.在算法中增加了参数估计模块,用GEP得到较好模型后,用参数估计模块进行参数优化,试验显示这种混合的GEP方法比传统的最小二乘法、神经网络以及遗传程序设计等方法具有更好的性能.     

肿瘤特征基因筛选与调控网络构建

提出了一种肿瘤特征基因筛选和基因调控网络的构建方法.首先提取在肿瘤组织和正常组织中表达差别明显的277个基因,通过P-tree决策树方法找出多组肿瘤特征基因,然后结合现有文献中已被实验验证参与了肿瘤形成过程的基因,利用相关系数方法在肿瘤特征基因集中选出与之共通路的基因子集,并用贝叶斯网络方法建立基因间的调控关系,从而建立对肿瘤特征基因间调控关系的预测模型.     

融合PPI网络和基因表达的复合物识别算法

从大规模相互作用网络中识别蛋白质复合物,对解释特定的生物进程和预测蛋白质功能具有重要作用,同时也是后基因组时代一 个最重要的研究课题. 考虑到传统仅基于蛋白质相互作用网络（PPI网络）的蛋白质复合物识别算法可靠性不高,本文提出 了一种新的融合PPI网络和基因表达数据的蛋白质复合物识别算法IPCIPG. 区别于之前用基因表达数据评估PPI网络可靠性的做法,本文提出在蛋白质复合物的识别过程中将PPI网络和基因表达数据有机地结合起来. 算法IPCIPG首先根据边聚集系数（ECC）与蛋 白质间共表达的相关性（PCC）计算PPI网络中每个节点的权重,权重最大的节点作为种子,然后从种子节点开始扩充生成稠密子图. 基于酵母数据集的实验结果表明,算法IPCIPG较其他算法HUNTER,HC-PIN,CMC,SPICI,MOCDE,MCL能够更准确,更有效地 识别出具有特定生物意义的蛋白质复合物.     

实时定量PCR检测B细胞恶性肿瘤中BCL11A基因的表达水平

目的:建立B细胞淋巴瘤/白血病BCL11A基因的定量检测方法,并分析其在B细胞恶性肿瘤中的表达水平。方法:利用实时定量RT-PCR分析B细胞淋巴瘤(18例)、B细胞性慢性淋巴细胞白血病(B-CLL,8例)、T细胞性急性淋巴细胞白血病(T-ALL,8例)和正常对照(15例)外周血单个核细胞(PBMC)中BCL11A基因的表达水平,以甘油醛-3-磷酸脱氢酶(GAPDH)基因作为内对照。结果:B-CLL组和B细胞淋巴瘤组患者PBMC中BCL11A表达水平均明显高于正常对照(P=0.000)和T-ALL组(P=0.000);T-ALL组和正常对照组BCL11A表达水平无显著差别(P=0.084);B-CLL组和B细胞淋巴瘤组BCL11A表达水平无显著差别(P=0.776)。在B细胞淋巴瘤不同的病例中,BCL11A表达水平有较大差异,其中最小值为0.04,最大值为9.70,中位值为1.00。结论:成功建立BCL11A基因的定量检测方法。