邻单胞菌邻苯二酚1,2-双加氧酶基因(tfdC)在拟南芥中表达的初步研究

将从一株邻单胞菌中克隆到的一个新的邻苯二酚1，2－双加氧酶基因（tfd C)的起始密码子由GTG突变成ATG，并克隆到农杆菌双元载体pPZPY122中，利用农杆菌介导转化模式植物拟南芥，获得了转化植株，经过PCR，PCR－Southern和Southern dot blot方法检测证实，ftd C基因已经整合到拟南芥基因组中，邻苯二酚1，2－双加氧酶酶活性检测表明，转基因植株具有一定的酶活性，而未转化的植株则不具有酶活性。     

慢性粒细胞性白血病不同病期bcr-abl基因 P53基因突变研究

探讨 bcr- abl融合基因、P53 基因对 CML不同病期演变的作用 .采取 CML2 6例不同分期共30份标本 ,应用逆转录—聚合酶链反应 (RT- PCR)技术检测 bcr- abl融合基因 ,应用多聚酶变 .结果显示 2 4例 CML慢性期中 2 2例 bcr- abl基因 ( ) ,6例急变期中 5例 bcr- abl基因 ( ) ;CML慢性期未发现 P53 基因突变 (0 / 2 4 ) ,急变期发现 2例突变 (2 / 6 ) .2例 P53 基因突变中 ,1例 bcr- abl基因( ) ,1例 bcr- abl基因 (- ) .由此可得 P53 基因突变在 CML慢性期少见 ;P53 基因突变对部分 CML急变有一定作用     

平滑l0范数约束的β NMF及其在聚类中的应用

针对基因表达数据噪声大、冗余性较高,传统的NMF算法在基因表达数据聚类中的低效性问题,提出了一种平滑的l_0范数约束的β散度的矩阵分解与K-means相结合的聚类算法,应用到基因表达数据当中;将平滑的l_0范数约束引入到基于β散度的矩阵分解的目标函数中,从而提取有用特征信息用于聚类;最后通过实验比较,改进的算法平均聚类精度达到70%,比传统的NMF聚类算法精度提高了11%,聚类效果相较其他方法显著。     

基于基因表达谱芯片杂交分析Lamprey-PHB2转染前后Chang liver细胞的基因表达差异

选取了10个物种与本课题组前期克隆得到的东北七鳃鳗抗增殖蛋白2(Lm-PHB2)进行氨基酸序列相似性对比,检测PHB2基因进化水平,结果表明各物种的PHB2氨基酸序列在PHB结构域处高度保守,但在N-端和C-端氨基酸序列保守性较低.将重组质粒pEGFP-N1-Lm-PHB2瞬时转染入张氏肝(CHL)细胞后,利用基因表达谱芯片技术分析基因的表达差异.结果显示CHL细胞中共有270条显著差异表达基因,其中显著上调基因共141条,显著下调基因共129条,涉及细胞信号转导、细胞周期调节、细胞增殖、细胞代谢和细胞凋亡等多个方面.通过实时荧光定量聚合酶链式反应(PCR)对基因表达谱芯片分析结果进行验证,结果显示转染pEGFP-N1-Lm-PHB2质粒后,细胞周期基因CDC25C、氧化应激相关基因(CAT,SOD,GST)和抗细胞凋亡基因HAX1均有显著性差异.     

基于改进核模糊粗糙集的特征基因混合选择方法

针对基因表达谱高维、小样本、高冗余和高噪声等特点,提出了一种特征基因混合选择方法.采用Relief F方法对原始基因进行排序,过滤无效基因,获得初选基因子集,给出了基于差分进化算法优化的核模糊粗糙集模型,进行了特征基因终选.仿真实验结果表明:所提算法比Relief F、Kruskal Wallis、Gini Index等算法在分类精度和基因数量等方面有明显优势.     

F-box基因FOF2在拟南芥盐和冷胁迫响应中的功能分析

FOF2为F-box蛋白家族成员,其生物学功能尚不清楚.采用实时荧光定量PCR和生理学实验相结合的方法,对FOF2基因的表达模式及其在拟南芥抗盐和冷胁迫响应中的作用进行了分析.研究发现,FOF2在拟南芥根、茎生叶和果荚中表达较高,并且其表达受盐和冷胁迫诱导.FOF2过表达株系对盐胁迫敏感,与野生型相比种子萌发率低、幼苗主根较短;相反,fof2突变体对盐胁迫的敏感性则减弱.FOF2过表达和缺失突变体种子萌发对冷胁迫无响应,但其主根在冷处理中分别比野生型短或者长.盐处理下,FOF2过表达株系中盐胁迫反应相关基因的表达量显著降低,fof2突变体中则升高;冷处理下,FOF2过表达株系中冷胁迫反应相关基因的表达量显著升高,fof2突变体中则降低.结果表明,FOF2在植物抗盐胁迫响应中起负调控作用,在抗冷胁迫响应中则可能起正调控作用.     

猪繁殖与呼吸综合征病毒N基因原核表达产物的检测应用

利用猪繁殖与呼吸综合征病毒核衣壳蛋白基因的原核表达产物,分别建立了检测猪繁殖与呼吸综合征抗体的间接ELISA方法及乳胶凝集试验．对200份血清样品分别应用建立的间接ELISA方法和乳胶凝集试验,及由IDEXX公司生产的EUSA检测试剂盒进行抗体检测,结果显示,乳胶凝集试验及间接ELISA方法与IDEXX公司试剂盒相比,检出符合率分别达78％和91％．建立的乳胶凝集试验还需改进,而N蛋白-ELISA方法具有良好的特异性和敏感性,是一种有应用前景的检测方法．     

基于数据挖掘分析GABPA基因在肾上腺皮质癌的表达及预后意义

利用Oncomine数据库、cBioportal数据库、GEPIA数据库探索GABPA基因在肾上腺皮质癌（Adrenocortical carcinoma,ACC）及正常肾组织中的表达情况、GABPA基因突变情况及其对肾上腺皮质癌患者预后的影响。结果显示,与正常肾组织相比,GABPA mRNA在ACC组织中呈高表达。该基因编码的蛋白质在ACC组织中没有发生突变。预后分析表明,GABPA mRNA高表达组患者的无疾病进展生存时间显著低于GABPA mRNA低表达组。利用String-DB数据库分析与GABPA基因相互作用的蛋白质,包括NRF1、TFAM、TFB1M、TFB2M、GABPB1、GABPB2、PPRC1、PPARGC1A、HCFC1、SSBP1。本研究通过数据挖掘迅速获取分析肾上腺皮质癌组织GABPA基因表达的相关信息,为深入研究GABPA基因在肾上腺皮质癌发生发展中的作用机制奠定基础。     

RNA干涉方法在拟南芥钙调蛋白类基因研究中的应用

以拟南芥芯片杂交分析中发现的一个低磷条件下诱导的钙调蛋白类基因AtPsiCaM为研究对象,通过RNA干涉使该基因沉默,获得AtPsiCaM基因的转基因干涉植株,以期对该基因进行进一步的功能研究。