LOD score exclusion analyses for candidate disease susceptibility genes using case-parents design

The focus of almost all the association studies of candidate genes is to test for their importance. We recently developed a LOD score approach that can be used to test against the importance of candidate genes for complex diseases and quantitative traits in random samples. As a complementary method to regular association analyses, our LOD score approach is powerful but still affected by the population admixture, though it is more conservative. To control the confounding effect of population heterogeneity, we develop here a LOD score exclusion analysis using case?parents design, the basic design of the transmission disequilibrium test (TDT) approach that is immune to population admixture. In the analysis, specific genetic effects and inheritance models at candidate genes can be analyzed and if a LOD score is ≤-2.0, the locus can be excluded from having an effect larger than that specified. Simulations show that this approach has reasonable power to exclude a candidate gene having small genetic effects if it is not a disease susceptibility locus (DSL) with sample size often employed in TDT studies. Similar to association analyses with the TDT in nuclear families, our exclusion analyses are generally not affected by population admixture. The exclusion analyses may be implemented to rule out candidate genes with no or minor genetic effects as supplemental analyses for the TDT. The utility of the approach is illustrated with an application to test the importance of vitamin D receptor (VDR) gene underlying the differential risk to osteoporosis.     

现代生物技术与作物病虫害防治

阐述了现代生物技术与作物病虫害防治的新进展,包括用抑制雌性玉米螟产卵的化学物质杀灭欧洲玉米螟、植入苍蝇抗菌基因使作物抗病虫害、不杀益虫的人工生物大分子灭虫法以及既灭虫又环保的绿色杀虫剂等。     

基于GIS的黑龙江省洪水灾害的空间地域组合分析

本文利用地理信息系统(GIS)技术的空间定位功能和属性分析功能,将洪灾的主要孕灾因子复合叠加,结果表示.黑龙江省洪水灾害的空间地域组合的基本特征是森林覆盖率<20％;地貌形态多为平原、沼泽地或平原沼泽地;夏季降水>400mm;暴雨日>0.5日;夏季气温>17C.     

蓝细菌光系统Ⅱ的组成相关基因和遗传修饰

蓝细菌是研究光合作用的理想实验系统，在光系统Ⅱ组成，相关基因及遗传修饰等分子水平上的探索已取得重大进展，主要介绍了光系统Ⅱ反应中心蛋白复合物，天线色素蛋白复合物，细胞色素蛋白复合物，锰稳定蛋白复合物等主在蛋白成份，相关基因，以及利用分子生物学操作对蛋白组分功能的研究工作。     

广西北部湾局部海域海洋沉积物细菌多样性及生物活性评估

为有效探究海洋新型天然微生物资源,本研究以广西北部湾局部海域海洋沉积物样品为研究对象,采用高通量测序技术和纯培养分离方法分析海洋沉积物样品中细菌群落组成及多样性,利用双层琼脂扩散法检测纯培养菌株的抗菌活性,通过PCR扩增法筛选基因组中含有7种功能基因的阳性菌株。高通量测序结果显示：海洋沉积物中检测到1407个操作分类单元（Operational Taxonomic Units,OTUs）;在门水平上,变形菌门（Proteobacteria）的物种丰度最高,其次是厚壁菌门（Firmicutes）和酸杆菌门（Acidobacteria）。纯培养分离纯化鉴定出278株菌,分布在3门5纲16目24科31属,其中YIM 150853为1个潜在新分离单元。生物活性评估实验表明,76.34%的纯培养菌株至少对1种指示菌有抑制作用,其中链霉菌YIM 150601、YIM 150634抑菌谱广、抑菌活性强,放线菌的功能基因检出率高于非放线菌。广西北部湾局部海域海洋沉积物中蕴藏着丰富的细菌资源,纯培养菌株具有抗菌及合成生物活性产物的潜力,是开发新型天然产物的新菌源。     

NaCl胁迫下红砂种子萌动期差异表达基因的转录组分析

【目的】筛选NaCl胁迫下红砂萌发期的差异表达基因,为耐盐碱树种选育提供基因资源。【方法】以前期拟合的萌发阈值浓度(273 mmol/L,记为M)、最适萌发浓度(43 mmol/L,记为L)、蒸馏水(记为C)处理红砂种子,每个处理3次重复,待胚根突破种皮,不超过2 mm时取出,进行转录组测序。【结果】分别在L与C对比组(记为LvsC)、M与C对比组(记为MvsC)、M与L对比组(记为MvsL)中筛选出210、2 273、2 888个差异表达基因,其中LvsC中116个上调表达,94个下调表达; MvsC中1 781个上调表达,492个下调表达; MvsL中2 165个上调表达,723个下调表达; 上调表达基因在KEGG富集中主要集中在核糖体、碳代谢、细胞色素P450代谢、谷胱甘肽代谢等途径,下调表达基因主要富集在蔗糖淀粉代谢、内质网蛋白质加工等过程。【结论】盐胁迫条件下,差异基因诱导相关反应协同发挥作用,最终使胚轴细胞伸长,突破种皮完成萌发。     

Description of the aberrant Leptopilina lasallei n. sp., with an updated phylogeny of Leptopilina Förster (Hymenoptera: Figitidae: Eucoilinae)

ABSTRACT

In the search for native Asian parasitoids of Drosophila suzukii, the notorious spotted-wing Drosophila (SWD), an odd new species of Eucoilinae was discovered. Leptopilina lasallei sp. nov. is herein described and diagnosed relative to other eucoilines associated with drosophilid hosts. Morphologically, L. lasallei is somewhat aberrant within Leptopilina; phylogenetically, L. lasallei is sister group to the core Leptopilina. In the process of investigating L. lasallei, a de novo molecular phylogeny of Leptopilina was generated and is included here. The integrated approach used for the characterisation of L. lasallei, and the resulting phylogeny of Leptopilina, produced data useful to select parasitoid species for SWD biological control.http://www.zoobank.org/urn:lsid:zoobank.org:act:402D504A-4616-4524-85D7-1C13A6276F06 http://www.zoobank.org/urn:lsid:zoobank.org:act:402D504A-4616-4524-85D7-1C13A6276F06     

南水北调中线工程水源区抗生素抗性基因多样性研究

为了研究丹江口水库和汉江抗生素抗性基因(Antibiotic Resistance Genes, ARGs)的污染现状与分布规律, 采用高通量测序的方法, 于2014年春季和秋季分别对丹江口水库及汉江沿程的ARGs多样性进行检测。分别在春秋两季样本中检测出21和19类ARGs, 其中9类ARGs是水体ARGs的主要组成部分。杆菌肽类ARGs是水体中最主要的ARGs, 而β-内酰胺类ARGs在春季丹江口水库陶岔采样点中占比最高。秋季水体各采样点的ARGs组成结构差异比春季小, 通过NMDS和ANOSIM分析发现ARGs的组成存在显著的季节差异, 甲氧苄氨嘧啶类、多粘菌素类和多重耐药类ARGs是具有显著季节差异的ARGs种类。由相关性分析发现13类具有互相显著强相关关系的ARGs, 其中相关性最强的ARGs很可能共存于一种微生物中。此外, 四环素类和氨基糖苷类ARGs可能作为预测水源区中与其共存ARGs相对丰度的指示种类。研究结果可为饮用水源区的水质保护和ARGs 污染防治与管理提供科学依据。     

谈自然选择的局限性

自然选择保留对生物有利的基因,淘汰有害的基因,但这种选择只对幼年个体起作用.如果这种基因表达的时间比较晚,或在个体完成繁殖任务之后才表达,即使这种基因对该种生物有害,自然选择也不能够淘汰这种有害基因.可见自然选择在淘汰有害基因和保留有利基因等方面具有局限性.