中华鳖dct基因克隆及表达分析

为了阐明中华鳖酪氨酸酶家族成员dct基因的结构与表达特征,根据Ensembl数据库的中华鳖dct基因序列设计引物,运用RT-PCR技术进行开放阅读框(opening reading frame,ORF)克隆,并进行生物信息学分析,进而采用实时荧光定量PCR(quantitative real-time PCR,q-PCR)技术检测正常体色和黄色中华鳖肺、肾脏、裙边和肌肉组织的mRNA表达水平.结果显示中华鳖dct基因ORF区全长1 578 bp,编码525个氨基酸,2种体色鳖dct基因序列完全一致;氨基酸序列分析得C末端无L-亮氨酸基序;N末端含有1个信号肽结构域;预测蛋白(成熟肽)分子质量为56.449 ku,理论等电点为6.67,不稳定指数为38.71,表明DCT蛋白是酸性稳定蛋白;预测DCT蛋白为亲水性蛋白;含有跨膜结构域、类表皮生长因子结构域、层粘连蛋白型类表皮生长因子结构域和2个铜离子结合结构域.系统发育树分析显示,在dct基因进化过程中,中华鳖与绿海龟和锦龟的亲缘关系较近.q-PCR结果表明:dct基因在同一个体各组织中均有表达,肺组织中相对表达量最高,且极显著高于其他3种组织;黄色中华鳖肺、肾脏和裙边组织dct 表达水平与正常体色鳖的相应组织均存在显著性差异.结果表明,中华鳖体色变异与dct基因突变无关,但dct基因表达改变可能对体色变异起了一定的作用.     

颜色协调的鲁棒式图像克隆

图像克隆一直是图像编辑中的重要组成部分,概括来说有基于透明度分量的、基于梯度域的、基于坐标的3种图像克隆方法,但图像克隆领域中存在的颜色不协调和边界失真问题一直没有得到很好的解决。为了缓解基于均值坐标克隆方法中的颜色不协调问题,提出一种基于局部亲和力传播的图像克隆方法,亲和力综合考虑了像素点与边界的坐标距离、颜色距离以及该点颜色在边界颜色分布中的概率,以此来缓解失色,达到颜色协调。亲和力还可以检测出真正感兴趣对象的边界,用它来约束边界插值,可以有效缓解边界失真,使得克隆更加鲁棒,最后的实验结果表明该方法能得到令人满意的结果。     

水稻过敏原基因cDNA原核表达产物的功能分析

在大多数的禾谷类植物中,如小麦、高梁、玉米等,广泛存在着抑制α淀粉酶的蛋白,它们属于禾谷类植物α淀粉酶/胰蛋白酶抑制剂家族.长期以来人们认为在水稻中没有α淀粉酶抑制剂.近年来有人从水稻胚乳中分离到一类称为水稻过敏原(ＲｉｃｅＡｌｌｅｒｇｅｎ)的蛋白,分子量约14～16ｋｕ[1],由一个多基因家族编码[2].根据基因序列比较的结果人们把水稻过敏原归入α淀粉酶/胰蛋白酶抑制剂家族,但对它们是抑制α淀粉酶还是抑制胰蛋白酶尚不清楚.我们通过ＲＴＰＣＲ从水稻未成熟种子中扩增并克隆了一个水稻过敏原基因ＲＡ17[3],并将其转到原核表达载…     

野蚕DHPBAN基因启动子的克隆及序列分析

为研究昆虫滞育激素性信息素合成激活肽基因在进化过程中的变化以及基因表达调控的异同,用ＰＣＲ方法克隆了野蚕的ＤＨＰＢＡＮ基因的启动子并测序,这是第二个被克隆的昆虫ＤＨＰＢＡＮ基因启动子．与家蚕相比,在核苷酸水平上同源性达９４％．野蚕ＤＨＰＢＡＮ基因启动子的ＴＡＴＡ框的保守序列为ＴＡＴＡＴＡＡＡ,位于－４７—－４０处;ＣＡＡＴ框是ＧＧＣＣＣＡＴＣＴ,位于－８３—－７５处;野蚕与家蚕一样具有ＴＡＡＴ保守序列,这段序列是一类调控蛋白的结合核心位点,家蚕的位于－１８５—－１７６,野蚕的位于－１７６—－１６７．在－６４—－５６部位,核苷酸序列表现出较大的不同．     

基于克隆选择算法和马尔可夫链蒙特卡尔方法融合隐马尔可夫随机场的脑部核磁共振自动分割研究

针对脑部磁共振(MR)图像分割问题,提出了一种基于克隆选择算法(CSA)和隐马尔可夫随机场(HMRF)的融合方法。首先,采用马尔可夫链蒙特卡尔(MCMC)算法对类标签进行估计,进行体素分类;然后,对分割结果进行偏场校正;最后,利用CSA的统计学进行HMRF模型参数估计,并利用迭代优化算法获得最终的分割结果。由于MCMC和CSA都是全局优化技术,所以HMRF-CSA算法能够克服传统HMRF方法的局部收敛以及较低分割精度的缺点。在仿真脑部MR图像集BrainWeb上的实验结果表明,对于主要脑部结构,算法的分割精度高于其他几种算法;且对图像伪影具有鲁棒性。     

稻纵卷叶螟一个DELTA家族谷胱甘肽S-转移酶基因的克隆、序列分析与表达模式

谷胱甘肽S-转移酶（glutathione S-transferases ,GSTs）在昆虫代谢各种内源和外源性有害化合物的过程中起关键作用。重要水稻害虫稻纵卷叶螟（Cnaphalocrocis medinalis）的GST基因目前尚无研究。本实验克隆了一个稻纵卷叶螟delta家族GST基因的全长cDNA序列,命名为CmGSTd3（Genbank登录号KM433686）。CmGSTd3包含681 bp的开放阅读框,编码一个由226个氨基酸组成的蛋白。CmGSTd3蛋白是一个胞质GST ,与已知的昆虫delta家族GST 具有较高的同源性。在系统进化分析中,CmGSTd3与家蚕的delta家族GST聚在同一进化分支上。实时荧光定量PCR结果显示,CmGSTd3基因在稻纵卷叶螟幼虫阶段表达量最高,且主要表达于幼虫的中肠和脂肪体,由此推测其可能参与了体内异源毒物的代谢。本研究为探索CmGSTd3的生理功能奠定了前期基础。     

美国弗吉尼亚州入侵植物入侵性、克隆性和分布生境研究

为了探讨入侵克隆植物入侵性与其克隆性之间的相关性,对美国弗吉尼亚州109种外来入侵植物进行了相关研究,结果表明:克隆植物有59种,占入侵植物总数的54.1%,且多数可通过根茎、分蘖等方式进行繁殖。入侵性最强的物种、较强的物种、较弱的物种分别占入侵植物总数的30.3%、44%、25.7%,其中克隆植物所占比例依次为:48.5%、56.3%和57.1%。上述入侵植物多为1~2年生草本、多年生草本、灌木和藤本类入侵植物,禾本科、豆科和菊科等科植物占据多数,多生长分布在光照充足、水分适宜的生境。上述结果表明,弗吉尼亚州入侵植物的克隆性可能促进了其入侵性,多数入侵植物具有较强的生境占据能力。     

扇形游仆虫谷胱甘肽过氧化物酶基因克隆和序列特征分析

采用cDNA末端快速扩增(rapid amplification of cDNA ends,RACE)技术,对纤毛虫原生动物扇形游仆虫(Euplotes vannus)谷胱甘肽过氧化物酶(GPx)cDNA特征进行分析.获得扇形游仆虫GPx cDNA全长序列,为672 bp,编码182个氨基酸,属硫氧还蛋白超家族,含有3个催化残基和3个特征性基序.氨基酸序列与其他纤毛虫物种同源性较高,亲缘关系较近.     

克隆

正~~     

大黄鱼cyclin B1和cdc2 cDNA序列特征及组织表达分析

成熟促进因子(MPF)是诱导细胞从G2期转入M期的关键因子,在配子成熟过程中具有重要作用.MPF由周期蛋白B(cyclin B,CB)和周期蛋白依赖性蛋白激酶(CDK1,由cdc2基因编码)2个亚基组成.本研究克隆了大黄鱼(Larimichthys crocea)cyclin B1(Lc-cb1)和cdc2(Lc-cdc2)基因的cDNA序列,并分析了这2个基因mRNA的组织表达特征,为解析MPF在大黄鱼性腺发育和配子成熟的作用机理奠定基础.Lc-cb1基因全长cDNA 1 882bp,可编码397个氨基酸的蛋白;Lc-cdc2基因全长cDNA序列1 151bp,可编码303个氨基酸的蛋白.基于Lc-cb1 cDNA序列推导的氨基酸序列与6种脊椎动物的CB1氨基酸序列有较高相似性(67%~84%),并具有周期蛋白盒、毁坏盒、以及蛋白酶K位点(RRxSK)等CB预期特征.基于Lc-cdc2的cDNA序列推导的氨基酸序列也与其他6种鱼类的CDK1氨酸酸序列有较高相似性(88%~97%),并具有丝氨酸/苏氨酸激酶催化结构域、ATP结合相关的保守序列(GxGxxGxV)、周期蛋白结合相关的PSTAIRE序列等CDK1的预期特征.可见,本研究克隆获得的2条序列是Lc-cb1和Lc-cdc2 cDNA全长.实时荧光定量PCR结果显示,Lc-cb1和Lc-cdc2的2个基因mRNA表达具有相似的组织特异性,在性腺中mRNA水平均远远高于其他组织,表明Lc-cb1和Lc-cdc2是大黄鱼性腺发育相关的重要基因.