2015精彩点评:从基因组医学到精准医学

正对于基因组医学界来说,2015年是激动人心的一年。《基因组医学(Genome Medicine)》杂志专栏编辑们对他们各自专业领域内的突破性事件进行了讨论,并指出这些事件对未来的影响和意义。在过去多年中,外显子和全基因组测序作为主流方法,带领我们对疾病机理及其诊断和治疗进行新的认识,在新技术进展的驱动下,关于基因组的蛋白质产物的信息也在增长之中。精准医学作为公     

内蒙古草地土壤细菌区域分布与局域多度的关系

物种间区域分布与局域多度之间的正相关关系是宏生态学的经典模式之一,即局域高密度的物种地理分布范围广,而局域低密度的物种地理分布范围较窄.这种模式在不同的大型生物类群中得到了广泛的证实.但是微生物群落的相关研究还比较薄弱,并且已有工作主要集中在水体环境中.本文以内蒙古草地土壤细菌为研究对象,在3个不同的空间尺度上采集土壤样品,探讨土壤细菌区域分布与局域多度之间的关系.结果表明,在不同的地理尺度上,土壤细菌区域分布与局域多度之间均呈现显著的正相关关系,二者之间的相关性随分类阶元的降低而有所减弱.该结果暗示细菌群落中常见种和稀有种的多样性维持机制可能存在差异,生态位和中性过程可能同时在起作用.     

油菜次生休眠种子转录组的RNA-seq分析

油菜种子次生休眠特性是油菜产区自生苗长期留存并持续危害的主要原因,也是转基因油菜环境安全评估的重要性状.为探讨该性状的分子生态学特征,本研究以强次生休眠油菜品种的成熟种子为材料,对次生休眠前种子(CK)和次生休眠后种子(SD)的转录组进行了RNA-seq分析.2份样本测序所得的有效数据均超过了4 Gb,并从头拼接出序列长度?100 bp的转录本314261个,其中29740个转录本的序列长度?500 bp.根据功能注释信息,在?500 bp的长序列转录本中有1641个成员被分类到24种COG类群,有16515个成员被GO分类到2648个功能节点.在P?0.001显著性水平和2倍以上RPKM变化条件下,鉴别出452个代表性的长序列差异表达转录本,其中343个成员有序列高度相似的拟南芥同源基因对应.数据显示,绝大多数ABA,GA合成代谢和信号转导基因能从休眠种子转录组中找到同源转录本,但它们的表达水平在样本间多无显著差异.综合GO富集、KEGG富集以及种子休眠调控基因同源转录本的差异表达信息,脂肪酸代谢信号有可能参与到油菜种子次生休眠的诱导发生.本研究结果对于认识油菜自生苗发生规律和评估转基因油菜环境安全性具有重要意义.     

迎接春天 拥抱科学

要说这两个月来科学界最抢眼的大事,无疑非科学家首次发现早期宇宙急剧膨胀的直接证据莫属。这一突破性的重大发现有望帮助弄清宇宙诞生之谜。一些物理学家甚至认为,这是一项诺贝尔奖级别的发现,可以跻身过去25年最重要的宇宙学发现之列。当然与此同时,还有一些科学进展也让我们无法平静。受控核聚变研究获得新进展,首次实现能量总增益,标志着核聚变能源迈向新时代;基因疗法首次降伏HIV,或可促“功能性治愈”艾滋病;个人基因组测序即将进入千美元费用时代……只想说,这个春天来得正是时候。     

狗癌症起缘1.1万年前

<正>一个国际科研小组称,目前在世界各地的家犬中传播的一种癌症,可能起源于一条生活在1.1万年前的狗。这种癌症没有随着它的第一个宿主的死亡而消失,反而通过交配把癌细胞传给了其他的狗,并延续至今。世界上已知的可传染性癌症只有两种,一种是在澳大利亚袋獾中传播的面部肿瘤,另一种就是在狗之间主要通过交配传播的犬传染性生殖道肿瘤。     

用5′加尾长引物进行AFLP片段的直接测序

现有的AFLP标记片段测序方法比较费时,成本也较高.设计一个包括EcoRI接头引物和5′端加36个额外核苷酸的长引物AF2SC,用该引物再扩增时可AFLP片段末端增加36个碱基.再利用这36个碱基的末端序列进行测序,只需一次反应就能获得AFLP标记片段的全序列.该方法缩短了AFLP片段测序所需时间,也降低了实验成本.     

基因组学和生命科学新世纪

正2013年是全球纪念人类基因组计划正式完成10周年和DNA双螺旋结构的发现60周年。由人类基因组计划完成作为标志的新世纪不仅是生命科学世纪,而且开创了基因组学研究的新时代。20多年前,人类基因组计划(Human Genome Project,HGP)被认为是"不可能完成的任务"。有人称:"我们永远不可能知道人类基因组序列……我可以保证,300年内不可能知道!"但是经过包括中国在内的全世界科学家十多年的工作,我们现在可以自豪地说,我们共同努力完成了这     

Chinese scientist led the first international pear genome sequencing project to decipher the genetic code

Led by Prof. Zhang Shaoling of Nanjing Agricultural University, the International Pear Genome Pro- ject supported by NSFC completed the first fine mapping of pear genome in May, 2012. The results were recently published in the international authoritative journal of Genome Research （2013, 23：396--408）, en- titled ＂The genome of pear＂.     

新生儿基因测序的双重考验

通过一项耗资2500万美元的项目,数百个美国婴儿将成为基因组医学领域的“先锋者”。科学家们会在这些婴儿出生后不久立刻为他们测序基因。基因组测序和新生儿疾病筛查研究项目的支持者公开表示,对于那些在孩子一出生便想了解其全面基因构成以及整个童年时期情况的父母而言,相关项目将测试它到底多有用以及是否合乎伦殚。     

科学需要创新

这一次,美国人又创新了一把。首次把商业飞船引入了空间发射的新时代;无独有偶,把全球最大射电望远镜分别建在两个国家尽管是一种妥协,但从某种意义上而言,也不失为一种创新,一项尝试。[JP3]在科学研究的道路上,一旦遇到此路不通,不妨动动脑筋,给科学也做个“搭桥手术”,或许一切就会迎刃而解,达到“柳暗花明又一村”的效果。