稀疏对数回归及其在基因选择中的应用

针对微阵列分类中涌现出的小样本、超高维问题,提出了一种同时进行基因选择和分类的稀疏对数回归学习机.结合部分自适应弹性网络惩罚与对数似然损失函数,提出了稀疏对数回归学习机,证明了该学习机能激励自适应群体基因选择效应.     

基因视角的中国画研究

在生物学上,遗传是生物的一种属性,基因是生命的密码,是基因决定了中国画、油画的＂物种＂特质。＂生命的密码＂互相制约、相互提携共同打造了东方艺术的＂中国＂品牌。＂中国＂基因的变异与消失正是中国画的＂中国＂性逐步消解、中国画面临被逐步异化危险的关键所在。诸多的忧思与呼吁正是我们系统研究中国画基因问题、加固中国画本体精神的必要性之所在。     

水稻OsGASR4基因及其启动子的克隆与表达分析

对前期克隆的水稻GAST基因家族新成员OsGASR4开展研究,利用DNAMAN软件分析水稻OsGASR4进化树;检测GA处理野生型和d 18水稻突变体后OsGASR4表达变化;利用RT PCR方法分析该基因的时空表达特性;克隆了该基因上游长约2 082 bp调控序列,并利用网络工具预测启动子顺式作用元件,构建OsGASR4启动子GUS融合表达载体,通过农杆菌介导的水稻遗传转化.结果表明:OsGASR4蛋白具有典型的GASA保守结构域,启动子里含有多个与激素响应元件、光诱导相关元件以及逆境胁迫响应元件;GA_3处理降低了OsGASR4转录水平;RT PCR检测和GUS染色的结果表明,OsGASR4在水稻茎和幼穗的表达量相对较高.表明OsGASR4可能作为GA信号途径的抑制因子参与水稻茎和穗的早期发育.     

文化算法框架下混合群智能算法的肿瘤信息基因选择

为了消除与分类无关和冗余基因,以提高基因的分类精度和效率,提出一种文化算法框架下混合群智能算法的肿瘤信息基因选择方法.首先采用ReliefF算法初选基因子集,然后利用文化算法框架下混合群智能算法选择最优的信息基因,最后在3个标准肿瘤信息基因数据集对其性能进行测试.仿真结果表明,文化算法框架下混合群智能算法可以有效去掉无用的噪声基因,降低计算复杂度,分类精度均可以达到100%,具有较好的实际应用价值.     

草鱼原肌球蛋白基因的克隆及其组织表达

为揭示原肌球蛋白基因在草鱼肌肉中的作用,利用RT-PCR和RACE技术克隆获得了草鱼原肌球蛋白基因c DNA,并对该基因在普通草鱼和脆肉鲩不同组织中的表达情况进行研究分析。结果表明原肌球蛋白基因c DNA全长序列为1 705 bp,包含387 bp的5′UTR序列,1 307 bp的3′UTR序列和855 bp开放阅读框(ORF)。其ORF编码284个氨基酸。系统进化分析表明普通草鱼与斑马鱼、墨西哥脂鲤的原肌球蛋白基因核苷酸同源性分别是93%和87%,氨基酸同源性分别是96%和93%。在聚类上普通草鱼原肌球蛋白基因与其他鲤科鱼类同源性较高,表明亲缘关系最近,与传统分类相一致。Real time-PCR结果表明原肌球蛋白基因在所检测的普通草鱼和脆肉鲩7个组织中均有表达,原肌球蛋白基因在普通草鱼腹肌中表达最高,其次为前肠。原肌球蛋白基因在脆肉鲩腹肌中的表达低于普通草鱼,而脆肉鲩中肌肉、肝脏、肾脏、前肠、后肠中原肌球蛋白基因表达量大于普通草鱼相对应组织,但差异不显著。     

NS特异性干扰载体pGenesil-1-NS的构建及鉴定

目的核干细胞因子(nucleostemin,NS)是维持干细胞和癌细胞增殖所必需的蛋白质,可能成为肿瘤基因治疗的潜在靶点.本文旨在构建靶向NS干扰载体p Genesil-1-NS,为后续实验奠定基础.方法基于已发布的NS mRNA序列(NM_206825),选取5'-AAGCCTA GGAAAGACCCAGG-3'(397-416)作为候选靶序列,按shRNA载体设计原则,设计合成两条互补DNA链,退火后插入载体,并以酶切和测序鉴定重组转化子.结果经酶切及测序鉴定证实合成序列正确插入载体.结论成功构建NS特异性干扰载体p Genesil-1-NS,可用于NS在肿瘤中的功能研究.     

甘肃地区女性宫颈HPV感染的现状研究

目的:了解甘肃地区女性人乳头瘤病毒(HPV)感染的基因亚型、年龄及地区分布等.方法:采用凯普医用核酸分子快速导流杂交基因芯片技术,对7318名兰州女性进行生殖道21种HPV感染基因亚型筛查.结果:甘肃地区女性HPV感染率为19.9%(1 452/7 318),其中高危型HPV感染率14.78%(1 082/7 318),低危型HPV感染率3.38%(247/7 318),高危型中HPV16为主要致病亚型,占28.59%(415/1 452),低危型中HPV6占6.30%(98/1 452).1452例感染HPV的标本中,单一感染1 188例,占81.82%(1 188/1 452),多重感染264例,占18.18%(264/1 452).按年龄分组中≥50岁组HPV感染率最高,占24.24%.按地区分析,陇南地区HPV感染率最高,达到30.97%(83/268).结论:甘肃地区为宫颈癌高发区,其中HPV16是感染最多的型别,对该地区女性进行子宫颈癌的筛查和防治已成为当务之急.     

5种克罗诺杆菌鞭毛蛋白fliC基因的克隆和序列分析

根据C.sakazakii BAA 894全基因组序列中fliC基因(Gene ID:CP000783.1),设计特异性引物,通过PCR方法扩增了5种克罗诺杆菌fliC基因的全长序列,并通过生物信息学方法对fliC基因进行了序列分析.序列分析结果表明:fliC基因的全长为837bp,编码279个氨基酸.同源性分析表明:5种克罗诺杆菌fliC基因的序列相似性为92.11%~99.40%;与其它细菌的fliC序列进行比较,其核酸序列同源性为51.73%~82.57%.这表明克罗诺杆菌fliC基因具有较高的保守性,可作为制备克罗诺杆菌多克隆抗体或单克隆抗体的一种候选抗原.     

接合转座子Tn916的水平基因转移

水平基因转移（HGT）极大地提高了细菌物种对环境的适应性,促进了细菌的进化.原核生物通过水平基因转移获得的基因片段为基因岛（GEIs）.接合转座子（CTns）则是一种常见的可移动基因岛,通过接合进行水平基因转移,并主要传播抗生素抗性.该文介绍与讨论了一种发现较早,且被广泛研究的接合转座子Tn916的重组、接合转移和调控模块,阐述了这类接合转座子的一般结构、转移机制和影响.