Real-time PCR的研究进展及其应用

本文综述了real-time PCR的原理、定量方法及其在各领域的应用。     

MGB probe assay for rapid detection of mtDNAl1778 mutation in the Chinese LHON patients by real-time PCR

Objective： Leber＇s hereditary optic neuropathy （LHON） is a maternally inherited degeneration of the optic nerve caused by point mutations of mitochondrial DNA （mtDNA）. Many unsolved questions regarding the penetrance and pathophysiological mechanism of LHON demand efficient and reliable mutation testing. This study aims to develop a minor groove binder （MGB） probe assay for rapid detection of mtDNA11778 mutation and heteroplasmy in Chinese LHON patients by real-time polymerase chain reaction （PCR）. Methods： Forty-eight patients suspected of having LHON and their maternal relatives underwent a molecular genetic evaluation, with 20 normal individuals as a control group at the same time. A real-time PCR involving two MGB probes was used to detect the mtDNA 1 1778 mutation and heteroplasmy. A linear standard curve was obtained by pUCmLHONG and pUCmLHONA clones. Results： All 48 LHON patients and their maternal relatives were positive for rntDNA11778 mutation in our assay, 27 heteroplasmic and 21 homoplasmic. Eighteen cases did not show an occurrence of the disease, while 9 developed the disease among the 27 heteroplasmic mutation cases. Eleven did not show an occurrence of the disease, while 10 cases developed the disease among 21 homoplasmic mutation cases. There was a significant difference in the incidence between the heteroplasmic and the homoplasmic mutation types. The time needed for running a real-time PCR assay was only 80 min. Conclusion： This real-time PCR assay is a rapid, reliable method for mtDNA mutation detection as well as heteroplasmy quantification. Detecting this ratio is very important for predicting phenotypic expression of unaffected carriers.     

Detection of genetically modified ingredients in seed samples from Heilongjiang soybean field

A total of 210 soybean samples collected from different areas of Heilongjiang Province were analyzed by PCR to detect the presence of RR (Roundup Ready) soybean ingredient. Results showed that CaMV35S promoter was not detected in all samples. CP4-EPSPS gene was amplified in 13 samples, but all of them were proved to be false positives in restriction endonuclease digestion analysis of PCR products. Further analysis by nested PCR indicated that there were no RR soybean ingredients in the samples. Besides, the amplified fragments of 0xl by CP4-EPSPS primers were sequenced, and the results confirmed again the fact that this fragment was not from CP4-EPSPS gene.     

在单细胞水平建立原位PCR基因鉴别技术平台——以精子基因型鉴别为例

目的精子发生是一个包括有丝分裂和减数分裂的精细调控过程,这一过程是从精原干细胞开始在雄性睾丸的曲细精管中完成的,由哺乳动物雌雄性比例接近1∶1这一现象可以推知:受精时带X基因的精子和带Y基因的精子比率应该是1∶1,但事实上精子发生的过程中,分化出来的X、Y精子的比例是否也为1∶1并不清楚,因为精子发生过程中并不是所有细胞都能最终形成精子,然而要研究雌雄出生比率就需要先研究精子本身是否严格地按照1∶1形成,因此本实验通过建立快速可靠原位PCR技术平台为进一步研究精子发生的调控过程提供支持。步骤用HSL基因优化荧光原位PCR实验方案,包括蛋白酶K作用时间和浓度,原位PCR前先对精子进行解聚,再用SRY基因对精子进行原位PCR鉴定。结果在荧光显微镜下可清楚地看到精子头部的荧光信号,头部有绿色荧光信号的精子为带有SRY基因的Y染色体精子(Y精子),实验检测到昆明小鼠精子共493个,有信号的共273个,X∶Y=55.37%,经卡方检验,X精子与Y精子的实验结果趋近于1∶1。结论可利用荧光原位PCR技术在单细胞水平快速鉴定精子"性别",理论上可用于任何细胞的任何基因的鉴定。     

传送流的软实时复用

MPEG2是由运动图像专家组织提出的图像及其伴音的通用编码标准,该标准在广电网络获得大量应用,MPEG2标准的研究是本论文的基础,论文对与本课题相关的MPEG2标准进行了说明,给出了软件实现传送流实时复用的方法,并详细介绍了其协议处理和时钟处理的原理和实现.最后对算法的性能和可行性进行了分析,得出实验结论.     

蝴蝶兰查尔酮合酶基因cDNA的克隆、鉴定及其原核表达

利用逆转录．聚合酶链式反应(RT-PCR)得到在蝴蝶兰花瓣中特异性表达的查尔酮合酶cDNA(pchs-1)．DNA序列分析表明,该序列与已发表的查尔酮合酶基因有很高的同源性．将此cDNA序列不改变阅读框架克隆到pET-24α( )原核表达载体上,经IPTG诱导后,SDS-PAGE的结果表明有预测大小的蛋白受诱导表达,该基因在植物中的功能验证工作正在进行中．     

乙型肝炎病毒聚合酶基因在重组腺病毒系统中的表达

乙型肝炎病毒是一种重要的人类病原,乙肝病毒聚合酶在病毒的复制中具有关键作用．拼接了HBV56的聚合酶全长基因,利用重组腺病毒系统,在HEK293细胞中表达乙肝病毒聚合酶．通过一种半定量PCR方法,检测到所表达的蛋白具有逆转录酶活性．这一研究对深入认识该酶结构与功能的关系,研制抑制病毒复制的药物,有一定的意义．     

雏鹅新型病毒性肠炎病原快速检测技术的建立及应用

根据小鹅瘟病毒(GPV)和鹅源禽腺病毒(FAV)基因组序列特征分别设计了各自的PCR引物,经对反应条件的优化建立了能同时检测两种病毒的二重PCR方法．该法能从雏鹅新型病毒性肠炎和小鹅瘟疫苗株以及分离的鹅源腺病毒蚀斑克隆株分别扩增出相应的特异性产物,而对其它常见鹅病的病原及正常鹅胚肝组织的扩增结果均为阴性;对来自广西不同地方的36份临床病例样品的检测发现,其中具有雏鹅新型病毒性肠炎典型病变的22份样品均可检出GPV和FAV两种病毒．其它的有4份只检出GPV,3份只检出FAV;12份健康雏鹅肝组织中仅有一份检测到GPV;健康成鹅泄殖腔中GPV和FAV的检出率分别达44．29％、37．14％二者都有的占1．43％．结果表明,雏鹅新型病毒性肠炎的病原可能包括GPV和FAV两种病毒;建立的PCR诊断技术具有快速、敏感、特异的特点,可用于该病征的临床快速鉴别诊断以及流行病学的调查研究．     

RT-qPCR检测Wistar大鼠黄嘌呤脱氢酶/氧化酶基因 转录水平方法的建立

目的 建立实时荧光定量(RT-qPCR)检测Wistar大鼠黄嘌呤脱氢酶/氧化酶(XDH/XO)基因转录水平的方法,以在转录水平上对XDH/XO基因进行定量检测。方法 提取Wistar大鼠肝脏组织中总RNA,经逆转录得到cDNA, 以10倍为稀释因子稀释为5个浓度梯度,使用设计的引物序列和内参基因进行RT-qPCR检测,得到XDH/XO基因表达的标准曲线。进而检测Wistar大鼠高尿酸血症动物模型中XDH/XO基因转录水平的变化。结果 RT-qPCR法检测得到的XDH/XO基因标准曲线溶解峰单一,R2接近1,能检测出高尿酸动物模型中XDH/XO基因转录水平的变化。结论 RT-qPCR检测Wistar大鼠XDH/XO基因转录水平的方法具有定量准确,重复性好的特点,可应用于高尿酸血症的发病机理、新药研究等方面。     

六种核酸提取试剂盒对粪样中小鼠肝炎病毒核酸 提取效率的比较

目的 比较六种商品化试剂盒在小鼠粪便中提取小鼠肝炎病毒(MHV)RNA的效率,筛选出效率高、耗时短的核酸提取方法。方法 采集感染MHV小鼠的新鲜粪便样本,分别用液氮研磨法、磁珠匀浆法以及PBS溶解离心法进行处理,通过同一核酸提取试剂盒比较病毒核酸提取效率,明确最佳样本前处理方法;之后,用6种试剂盒进行RNA提取,经反转录后进行TaqMan实时定量PCR检测,以Ct值评价6种试剂盒的提取效率,结合产物测序和血清抗体ELISA结果,筛选MHV的最佳核酸提取方法。结果 对于粪便样本的前处理,液氮研磨法的RNA提取效率显著高于磁珠匀浆法。对于6种试剂盒的提取效果,TIANGEN DP422[总RNA浓度：(549.70±52.38) ng/μL,Ct值：(24.51±0.10)]核酸提取效率最高;TIANGEN SD101[总RNA浓度：(274.13±6.87) ng/μL,Ct值：(2.39±0.017)]和QIAGEN 52904[总RNA浓度：(288.13±15.11) ng/μL,Ct值：(2.40±0.012)]用时最短;XS VRL[总RNA浓度：(348.80±15.85) ng/μL,Ct值：(24.70±0.13)]操作最为方便。结论 粪便样本前处理建议采用液氮研磨法。针对粪便中MHV RNA的提取,TIANGEN DP422提取效率最高,推荐用于小鼠肝炎病毒的分子生物学检测。