蜘蛛拖牵丝蛋白基因转家蚕表达质粒的构建

利用DNA重组技术对络新妇蛛(Nephila clavipes)拖牵丝蛋白基因MaSp1高度重复序列进行多次重组,人工构建成1.6 kb的蜘蛛拖牵丝蛋白人工基因Sil-E,DNA序列分析证明了人工基因序列的正确性.将家蚕L链基因启动子片段、L链cDNA、L链基因终止子融合在一起,构建成丝腺特异性表达单元.再与Sil-E融合构建成蜘蛛拖牵丝蛋白基因家蚕丝腺特异表达单元.将该表达单元克隆到转座子piggyBac的转基因载体中,获得了蜘蛛拖牵丝蛋白转基因表达载体.采用显微注射法将其与辅助质粒共导入到家蚕蚕卵中.筛选转基因阳性个体,经PCR和Southern杂交鉴定,结果表明目的基因整合到家蚕基因组中,为进一步研究家蚕作为生物反应器表达蜘蛛拖牵丝蛋白基因奠定了基础.     

BioStarM-140s芯片基因信息查询系统的构建及应用

应用生物信息学数据库查询的方法,对B ioS tarM-140s小鼠基因表达芯片上的14 112个基因进行相应注释信息的查询和所对应蛋白质功能的分类.首先参照人类综合型芯片上基因的功能分类,设定了14个蛋白质类别,然后采用V isual C 编程语言,构建了基因信息查询系统.应用该查询系统,进行了网络生物学数据库信息资源的自动直接查询,共搜索到有注释信息的基因12 070个;进一步按照所设定的14个蛋白质类别对12 070个基因进行分类查询,搜索到了与这14个分类相符合的、具有详细蛋白质功能注释信息的基因共1 606个.     

枯草芽孢杆菌的ade基因在大肠杆菌中的MBP融合表达及活性鉴定

扩增了枯草芽孢杆菌的ade基因, 重组入载体pMal-c2x中, 构建了麦芽糖结合蛋白（MBP）融合蛋白的表达体系. 通过IPTG诱导表达, 用MBP亲和层析法, 纯化该融合蛋白（104 700）, 并通过SDS-PAGE对表达及纯化结果进行检验, 对其酶学性质进行了初步研 究. 分析结果表明: 该融合酶蛋白具有显著的腺嘌呤脱氨酶活性, 证明了ade基因是枯草芽孢杆菌中编码腺嘌呤脱氨酶的基因.     

一种Web信息抽取规则的优化方法

提出一种Web信息抽取规则的优化方法,用于提高信息抽取的效率.采用分级制的思想,将原有规则中的限制条件分为粗规则和细规则两部分.粗规则面向网页中所有的信息片断,用于信息的初步过滤;细规则面向过滤后的信息片断,用于抽取最终的信息.由此,避免了将规则中的限制条件应用于网页中的所有信息片断,达到了减少计算量、提高抽取速度的目的.     

全长人PPAR-γ的表达、纯化与结构确证

目的建立表达、纯化结构完整的全长人PPAR-γ的方法。方法构建pReceiver-B01-PPAR-γ质粒并转化E．coliBL21（DE3）细胞,诱导表达重组蛋白,优化细胞生长条件;利用亲和色谱和尺寸排阻色谱纯化重组蛋白;胶内酶解重组蛋白,用离子阱质谱仪分析二维AgilentHPLC-Chip纯化的酶解片段;基于MS／MS搜索IPI、Swiss．Prot、NCBInr和MSDB数据库,鉴定重组蛋白。结果在优化的细胞生长条件（TB介质、37℃、0．8mMIPTG、诱导3h）,从每升TB中可获得280mg重组蛋白;两步纯化后,获得176mg、纯度为95％的均质重组PPAR-γ蛋白;经质谱分析和搜索蛋白质数据库,获得均匀地分布在整个PPAR-γ多肽链中的33个阳性肽段,覆盖率为60％,表明重组蛋白为结构完整的全长人PPAR-γ。配体结合活性位点S289、H323、H449和Y473无突变,保证全长人PPAR-γ与配体结合的生物学活性。结论本文所建立的方法能成功用于大量表达结构完整的全长人PPAR-γ,有利于进一步的结构、功能研究和活性配体的筛选。     

Histone methylation and ubiquitination with their cross-talk and roles in gene expression and stability

Methylation of lysine residues of histones is associated with functionally distinct regions of chromatin, and, therefore, is an important epigenetic mark. Over the past few years, several enzymes that catalyze this covalent modification on different lysine residues of histones have been discovered. Intriguingly, histone lysine methylation has also been shown to be cross-regulated by histone ubiquitination or the enzymes that catalyze this modification. These covalent modifications and their cross-talks play important roles in regulation of gene expression, heterochromatin formation, genome stability, and cancer. Thus, there has been a very rapid progress within past several years towards elucidating the molecular basis of histone lysine methylation and ubiquitination, and their aberrations in human diseases. Here, we discuss these covalent modifications with their cross-regulation and roles in controlling gene expression and stability. Received 24 September 2008; received after revision 21 November 2008; accepted 28 November 2008     

用GEP实现复杂函数的自动建模

GEP是一种新颖的遗传算法,在函数建模的应用中取得良好的结果.给出计算有效基因长度的伪代码,结合GRCM方法阅读基因,快速计算出染色体的适应值.在算法中增加了参数估计模块,用GEP得到较好模型后,用参数估计模块进行参数优化,试验显示这种混合的GEP方法比传统的最小二乘法、神经网络以及遗传程序设计等方法具有更好的性能.