The optimization of DNA encodings based on GA/SA algorithms

The design of DNA sequence plays an important role in improving the reliability of DNA computation. Proper constrained terms that DNA sequence should satisfy are selected, and then the evaluation formulas of each DNA individual corresponding to the selected constrained terms are proposed. The heuristic improved genetic algorithm (GA)/simulated annealing (SA) algorithm is presented to solve the multi-objective optimize problem, and the DNA sequence design system is developed. Furthermore, an example is illustrated to show the efficiency of our method given here.     

基于模型的基因表达聚类分析技术研究进展

基因表达数据聚类分析能将功能相关的基因按表达谱的相似程度归纳成类,有助于对未知功能基因进行研究.基于判别的基因表达数据聚类方法具有无法准确确定类别的局限性,研究工作已转向具有更好聚类效果的基于模型的聚类方法.文中介绍了常见的基于模型的聚类方法及其特点,并就如何开发新的适合基因表达数据分析的基于模型的聚类算法进行了讨论.     

油桐尺蠖核型和木(木尞)尺蠖核型多角体病毒的限制性内切酶分析

油桐尺蠖核型多角体病毒(BsNPV)、木(木尞)尺蠖核型多角体病毒(CpNPV)和用CpNPV感染油桐尺蠖幼虫面得到的病毒CpNPV-Bs,三者经HaeⅢ酶解后的电泳图谱均一致,经HindⅢ酶解后,均获得11条片段。各病毒DNA的总分子量约为57.5×10~6D。本文初步认为BsNPV和CpNPV为同一种病毒。     

最大权匹配问题的闭环DNA算法

给出并证明了在DNA计算中处理实数问题的策略,即首先在误差限范围内用有理数集合代替实数集合;再取出与有理数集合一一对应的最小的整数集合.针对赋权匹配问题,给出了基于闭环DNA计算模型的赋权匹配问题算法.该算法首先按边进行三组编码并合成初始闭环DNA;再以相邻两条边为约束条件用删除实验获得所有匹配,并用电泳实验得到所有最大权匹配,最后用检测实验输出最优解.证明了算法的正确性,讨论了算法复杂度,并以一个例子说明了算法的有效性.     

棉纤维成熟度的图象分析

棉纤维成熟度的图象分析包括输入图象的预处理,纤维轮廓的抽取及参数检测。在图象预处理中,首先用中值滤波消除图象中的噪声,然后再二值化。轮廓通过直接跟踪纤维外边界来获得。本文提出了转折点定义,根据轮廓方向链码判别出转折点,再利用奇偶检测测量纤维参数.根据这些参数计算纤维的成熟度。     

DNA damage stress induces the dissociation of Smurf1/2 from MDM2 in a slow manner

The tumor suppressor p53 locates at the key point of cell growth or apoptosis balance, and the expression level of p53 is tightly controlled by ubiquitin ligases including MDM2. Upon DNA damage stresses, p53 was accumulated and activated, leading to cell cycle arrest or apoptosis. We previously showed that Smad ubiquitylation regulatory factor 1/2 (Smurf1/2) promotes p53 degradation by interacting with and stabilizing MDM2, and consequently enhancing MDM2-mediated ubiquitylation of p53. However, it is unclear how the Smurf1-MDM2 interaction is regulated in response to DNA damage stress. Here, we show that in response to etoposide treatment Smurf1 dissociates from MDM2, resulting in MDM2 destabilization and p53 accumulation. The negative regulation of Smurf1 on apoptosis is released. Notably, this dissociation is a slow process rather than a rapid response, implicating high expression of Smurf1 might confer the resistance against p53 activation. Consistent with this notion, we observed that Smurf1/2 ligases are highly expressed in colon cancer, esophageal squamous cell carcinoma and pancreatic cancer tissues, suggesting the oncogenic tendency of Smurf1/2.     

基于ASIFT的低空遥感影像拼接技术

对ASIFT算法原理进行了深入的分析,并在此基础上提出了基于ASIFT的低空遥感影像拼接的新算法.新算法首先利用ASIFT提取图像对应的特征点,通过最小二乘法计算仿射变换矩阵,最后根据仿射矩阵实现图像的变换与拼接.实验结果表明,由于ASIFT算法具有仿射不变性,相比SIFT算法更加符合低空遥感影像的特点,能很好地解决平移、旋转、仿射变换情况下的图像拼接问题.     

新疆野生啤酒花DNA提取及RAPD反应体系的建立

采用2种方法提取啤酒花的基因组DNA,并分析了样品的不同状况和是否纯化对所提DNA质量及其RAPD扩增效果的影响。结果表明：采用改进的高盐低pH法优于CTAB法。以此法所提DNA为模板进行随机扩增多态DNA(RAPD)试验,分别测试了Mg2 ,dNTP、Taq酶、模板DNA浓度和退火温度对反应结果的影响,最终确定了野生啤酒花RAPD反应的最佳体系。     

单细胞凝胶电泳技术检测甲醛对人肝癌细胞HepG2的遗传毒性效应

为了探讨甲醛对人肝癌细胞HepG2的遗传毒性效应,该实验以体外培养的HepG2细胞作为实验材料,运用单细胞凝胶电泳（SCGE）技术分析不同浓度甲醛处理2 h后HepG2细胞DNA损伤效应.结果显示,低浓度（5,25μmol/L）甲醛处理后HepG2细胞尾部DNA百分率（tail DNA%）及彗星状拖尾（comet tail）尾长显著增加,并呈剂量-效应依赖性关系,说明低浓度甲醛具有致HepG2细胞DNA链断裂（DNA strand breakages）作用;而较高浓度（125,625μmol/L）甲醛处理后HepG2细胞尾部DNA百分率及彗星状拖尾尾长则以剂量依赖性方式显著降低,提示较高浓度甲醛具有致HepG2细胞DNA-蛋白质交联物（DNA-protein cross-links,DPXs）形成作用.     

天然产物中化学成分提取的新方法--微波萃取法

自1986年Ganzler首先报道了微波用于天然产物中化学成分的提取后,微波萃取技术已成为近年来发展较快的一种新型提取技术,因它具有速度快、效率高、耗能少、时间短以及有利于环保等优点,目前广泛应用于食品、生物、制药、环境样品及天然产物提取等各领域中.文章从微波萃取的原理、特点、条件入手,对微波萃取技术在天然产物化学成分提取中的应用进行讨论.