基于流形学习的DNA序列数据挖掘方法研究

由于人类DNA序列上单核苷酸具有多态性,DNA序列异常挖掘是后基因组时代的一个重要研究课题。文章在分析现有DNA序列数据挖掘方法的基础上,利用流形学习中不同低维嵌入向量之间向量距离不同的特点,提出了基于流形学习的DNA序列数据挖掘方法(5Dlocally linear embedding,简称5DLLE)。实验结果表明,与隐马尔可夫模型(HMM)和支持向量机(SVM)相比,文中所提出的5DLLE方法在DNA序列数据挖掘方面具有一定优势,不但平均识别率高,而且计算时间相对较少。     

一种PCR快速鉴定重组体DNA阳性克隆及插入方向的方法

当外源DNA以非定向的方式插入克隆载体时,需用测序或酶切的方法确定插入方向,上述两种方法或昂贵或费力。描述了一种快速、简便的PCR法,即利用载体的通用引物和目的片段的两个特异性引物直接扩增重组菌落,从而达到鉴别DNA插入方向的目的。     

草鱼基因组随机扩增多态性引物及多态性位点的筛选

为了建立草鱼基因组DNA多态性分析的指标体系,应用RAPD技术,从180条10碱基随机引物中筛选出了31条能扩增出多态性DNA片段的引物。用这31条多态性引物共扩增出了327条重复性好、带型清晰、分辨率高的谱带。扩增产物的片段大小范围在400—2000bp之间。单一引物扩增条带为5—14条。用这些多态性引物在草鱼基因组DNA中检测到了93个多态性位点,并对这些多态性位点上的等位基因频率进行了统计分析。这31条多态性引物和所检测到的93个多态性位点初步为草鱼基因组的多态性分析提供了可靠的分析指标体系。     

Nature杂志审稿发稿机制研究

本文考察了"水的记忆"和著名的DNA双螺旋发现等七个科学论文案例,结合发表过程中出现的反常现象的背景和缘由,对Nature杂志的审稿发稿机制做了系统的深入研究.得出结论:Nature作为顶级科学杂志,创刊至今从不设编委会,也不实行通常意义上的同行评议,它无意传统意义上的"学术公器".而且多年来Nature从不隐瞒它的办...     

海洋异形榜（上）

＂异形＂是20世纪70年代的经典科幻形象,它是一种极端危险的外太空生命体,可以寄生在其他生物身上（包括人类）,通过吸收宿主DNA中的优秀成分,进行对自身的改造。它的最大特点是善于学习,因此拥有很强的适应性。海洋中也有许多长得与众不同的生物,有的硕大无比,有的把自己化为周围环境的一部分,还有的成千上万的个体生活在一起。它们进化出的这些怪异,甚至恐怖的形态或行为特征,只有一个目的——提高适应性,让自己更好地活下去。     

一种检测DNA单链断裂的新方法——缺口转译

在生物学研究中,经常需要检测DNA单链断裂。目前常用的方法有四种:碱性洗脱法、碱性梯度沉降法、羟基磷灰石色谱法和类核沉淀法。它们操作复杂,实验条件不易控制,而且定量分析困难。本文介绍一种检测DNA单链断裂的新方法——缺口转译。这是分子生物学研究中常用的标记方法,将此方法试用于研究抗癌药物10-羟基喜树碱对DNA单链断裂及其修复的影响,得到了有意义的结果。     

DNA的CD谱和ORD谱的变换

本文介绍了用ＫｒｏｎｉｇＫｒａｍｅｒｓ变换公式将ＤＮＡ的ＣＤ谱变换成ＯＲＤ谱的方法，并将实验结果作了变换计算     

紫外辐射诱导牡蛎细胞DNA损伤的单细胞凝胶电泳检测

以牡蛎为研究对象,建立了水产动物DNA损伤的单细胞凝胶电泳检测方法.分别以20W紫外灯距离30 cm照射牡蛎血液细胞30、60和120 s,然后用单细胞凝胶电泳技术检测细胞DNA的损伤.结果表明:未照射的细胞未受损伤,在电场中核DNA几乎不泳动,染色后呈圆形的荧光团,无拖尾现象.紫外照射后细胞核DNA均不同程度受损,且拖尾率、尾长、尾矩、Olive尾矩等指标值均随着照射时间加长而增加,DNA损伤程度与紫外照射时间之间存在明显的时间效应关系.研究结果为我国海洋环境中辐射防护研究和辐射毒理学检测提供新的研究方法和思路.     

单核苷酸多态性研究进展及其在法庭科学中的应用

单核苷酸多态性(Singlenucleotidepolymorphism,SNP)是人类基因组中单个碱基的变异,其最低基因频率不低于1%,是倍受关注的第三代多态性遗传标记,为法医物证检验提供了新的方向,本文就其研究最新进展、应用及检测手段作一综述.     

苯并[a]芘代谢物与DNA互补碱对交联产物几何构型的PM3计算

自从双区理论提出以来,多种有机致癌剂的结构和致癌活性的关系(QSCAN)得到了成功的理论解释和定量表征.据双区理论的原则设计开发的几种顺铂类似物也显示出具有高于顺铂和碳铂的抗癌活性.根据双区理论,化学致癌作用的关键步骤是具有双官能亲电活性中心的最终致癌剂与DNA互补碱基对的横向交联.这种交联产物及其结构特征对于深入探讨致癌机理具有重要意义,也是引人关注的问题.但因DNA横向交联的量很少,以致难以进行实验观察.本文采用半经验分子轨道法 PM3对强力致癌剂苯并[a]芘(BaP)经代谢活化产生的最终致癌剂与DNA互补碱基对的横向交联产物进行了全几