基于Attention Bi-LSTM模型构建蛋白质诱饵序列库

利用计算机技术在海量质谱数据中鉴定蛋白质序列是蛋白质组学研究最基本且重要的任务之一,诱饵序列库构建的好坏是蛋白质鉴定质量控制成功的关键之一。发展了基于注意力机制-双向长短期记忆神经网络(Attention Bi-LSTM)的诱饵序列构建方法,整体研究基于编码-解码框架,采用双向长短期记忆神经网络在解决传统循环神经网络梯度消失问题的同时,可以捕获前向后向更多依赖信息对处理序列数据更加有优势;引入注意力机制提高模型对目标序列库和诱饵序列库相关程度的关注度;并与目前常用的随机和反转算法进行比较。结果显示,基于Attention Bi-LSTM模型构建的诱饵序列库能满足理想诱饵序列库的各项特征要求;在不同大小实验数据集以及谱图、肽段、蛋白3个层面对比分析,显示构建的诱饵序列库与其他方法比具有更好的灵敏性。因此,Attention Bi-LSTM是一种很有潜力的诱饵序列库构建方法。     

一条强大数律的注记

本文主要结果为鞅差序列{X_i,J_i,i≥1}服从强大数律的充分条件为(1) sum from i=1 to ∞(E[|X_i|~p/a~p_i+|X_i|~p|J_(i-1)]<∞,0相似文献   

成都麻羊与四川各地黑山羊品种(群体)mtDNA D-1oop序列多态性研究

采用mtDNA多态性标记对成都麻羊与四川各地黑山羊品种(群体)D-loop序列多态性进行分析.结果表明,供试山羊品种(群体)mtDNA片段长度为16kb左右,mtDNA D-loop片段长度为1210～1212bp,共检测到10种单倍型,群体间共有多态座位83个,单一多态座位23个,简约信息座位24个,平均核苷酸歧异度为0.001510,D-loop序列多态性较贫乏.经聚类,成都麻羊与四川各地黑山羊品种(群体)分为两大类,成都麻羊首先与金堂黑山羊(D=0.203)聚在一起后,再依次与乐至黑山羊(D=0.223)、建昌黑山羊(D=0.477)、白玉黑山羊(D=0.593)形成一大类;合江黑山羊与江安黑山羊(D=0.231)先聚在一起后,再与自贡黑山羊(D=0.337)聚为1类,营山黑山羊与嘉陵黑山羊(D=0.242)聚为1类,2类形成另一大类.最后两个大类聚在一起.聚类结果与供试山羊品种(群体)来源和生态地理分布相一致.     

兽疫链球菌磷脂酰甘油磷酸合成酶基因的分离

根据化脓链球菌(Streptococcus pyogenes)磷脂酰甘油磷酸合成酶（phosphatidylglycerophosphate synthase, PGPS）基因序列设计引物,通过PCR从兽疫链球菌（Streptococcus zooepidemicus）基因组中克隆得到开读框为531bp的同源序列pgsa-sz。pgsa-sz的预测编码蛋白含有176个氨基酸残基,分子量19400,等电点8.8,其中含有63个疏水氨基酸,预示其可能的膜结合特性。二级结构预测发现该蛋白含3个跨膜域。此外,该蛋白与S. pyogenes的PGPS具有85％的氨基酸序列相似性。将该蛋白与金黄色葡萄球菌(Staphylococcus aureus)、枯草芽孢杆菌(Bacillus subtilis)、大肠杆菌(Escherichia coli)和酿酒酵母(Saccharomyces cerevisiae)的PGPS进行序列比对,发现该蛋白包含PGPS中保守的活性位点区域。上述结果表明,pgsa-sz为S. zooepidemicus细胞膜中PGPS的编码基因。     

求解MSA问题的新型遗传算法

为了克服传统遗传算法求解MSA问题速度慢的缺点,提出了一种新型自适应遗传算法,不使用交叉算子,只使用变异和选择算子,提出了在算法初始化时引入种子的策略,用星比对算法生成一个种子,保证了解的质量,使用灾变算子来确保算法的搜索能力,该算法模拟了自然界进化的周期性,较好地解决了群体多样性和收敛深度的矛盾。     

排爆机器人视频图像系统的研究与实现

为了辅助公安人员更好地完成排爆工作,设计和开发了一个带双目立体视觉系统的排爆机器人。给出了一个切实可行的视频图像处理系统,包括设计原理、系统结构、硬件选型、视频捕获的软件实现等。该机器人视觉系统成功地通过抓取实验,表明了它在精度上能够满足排爆机器人的项目要求。     

蛋白质偶联分析似然算法的实现

为构建基于MATLAB语言的蛋白质统计偶联分析系统,利用子集共变显式似然(Explicit Likelihood of Subset Covaria-tion,ELSC)算法并进行实验。所实现的分析系统对GPCR多序列比对(Multiple Sequences Alignment,MSA)中的Leu-152位点进行统计偶联分析的结果和已有生物学实验结果吻合,验证了系统的正确性和实用性。     

脉冲无线电技术在军事通信中的应用

衡量一种军事通信技术优劣的重要指标是其抗干扰性能和隐蔽性,而具备这些优良特性的脉冲无线电技术当前的研究热点是在短距离宽带无线接入中的应用。针对典型的超宽带实现方案脉冲无线电技术进行研究,首先分析了它与传统的直接序列扩频技术的差别,然后着重研究了它的抗干扰性能和抗检测/截获性能,并与DSSS技术进行对比,结果表明脉冲无线电超宽带技术比传统的DSSS技术具有更好的抗干扰性能和隐蔽性,更加适于军事通信应用。     

基于混合神经网络的序列推荐算法

为了提高推荐算法的推荐性能,在序列建模过程中,针对循环神经网络(recurrent neural network,RNN)无法并行运算导致建模速度与准确度较低,以及在偏好预测过程中对用户不同阶段偏好没有动态融合的问题,提出了一种基于混合神经网络的序列推荐算法.在算法模型的用户交互序列建模阶段,考虑到用户近期偏好变化频繁...     

蜡状芽孢杆菌Bc-05菌株纤溶酶的酶学性质

对蜡状芽孢杆菌Bc-05茵株的发酵上清液经硫酸铵分级沉淀、DEAE Sepharose Fast Flow阴离子交换层析所获得的纤溶酶进行性质研究.结果表明:经纤维蛋白平板法检测该酶有直接水解纤维蛋白和激活纤溶酶原的双重作用,最适作用温度37℃,最适pH=8.0,在pH=8.0条件下25℃和37℃放置24 h酶活力仍保持77.52%和78.96%,该酶体外对兔血凝块有明显的溶解作用;Ca2+,Mn2+离子对该酶具有激活作用,而Cu2+,Fe3+完全抑制其纤溶活性,PMSF,EDTA和DTT对该酶有抑制作用,说明活性中心含有二硫键、金属离子和丝氨酸;测其N端10个氨基酸序列为NH2-Val-Thr-Pro-Thr-Asn-Ala-Val-Asn-Thr-Gly,与其他生物来源的纤溶酶相比较没有同源性.