超高压处理对大肠杆菌DH5α质粒DNA的影响

文章研究了超高压处理对大肠杆菌DH5α菌株质粒pMD-18DNA的影响.大肠杆菌DH5α在不同的压力下于25 ℃处理15 min后,提取其质粒pMD-18DNA,检测质粒在260 nm和280 nm处的吸光度得到其纯度,并进行了琼脂糖凝胶电泳.实验发现:大肠杆菌DH5α质粒pMD-18DNA经100 MPa、200 MPa处理后其A260、A280与未经高压处理样相比吸光度下降;而经300 MPa、400 MPa和500 MPa处理后其吸光度与未经高压处理样相比吸光度上升.通过琼脂糖凝胶电泳分析,大肠杆菌DH5α质粒DNA经高压(300 MPa、400 MPa和500 MPa)后条带增多.实验结果表明超高压处理影响了质粒DNA的结构.     

双核钌配合物与c-myc G-四链体DNA的键合性能

通过紫外可见吸收光谱和荧光光谱滴定、Job plot、圆二色光谱、聚合酶链式扩增反应(PCR)、显色反应以及FRET实验,研究了苯酚基双核钌配合物与c-myc G-四链体DNA (c-myc Pu27和c-myc Pu22)之间的相互作用.结果表明,配合物对c-myc Pu27和c-myc Pu22 DNA都有较强结合,键合常数分别为6.21×10⁷ L/mol和2.33×10⁶ L/mol,键和模式为沟槽结合,键合物质的量比为2∶1;配合物在浓度为4μmol/L (c-myc Pu27)、6μmol/L (c-myc Pu22)时,可完全抑制PCR扩增产物生成,表明其能够诱导c-myc DNA形成G-四链体结构.此外,配合物可使F27T和F22T的熔解温度分别升高13℃和12℃,且在双链DNA存在时F27T和F22T的熔解温度几乎没有变化,表明其对c-myc G-四链体DNA具有显著的稳定性及选择性.     

基于DNA计算的指派问题

给出了推广的闭环DNA计算模型及其生化实验.用闭环DNA计算模型设计出了指派问题的DNA算法.对决策变量进行4组DNA编码来存放决策变量和效益值;通过有目的的终止技术和删除实验得到指派问题的全部可行解;通过批接入实验、电泳实验和检测实验获得最优指派问题的最优解.举例说明了算法的可行性.最后讨论了推广的闭环DNA计算模型的应用前景和不足之处.     

一种三维DNA构象的交互式参数化模拟方法

提出一种适用于移动平台的交互式参数化DNA三维动态模拟方法.依据不同的DNA模式参数,利用基于自然特征的AR识别技术和曲线,直观形象地展示DNA的多种三维构象,动态模拟碱基互补配对、碱基对边堆叠边螺旋、 DNA复制的边解旋边半保留半不连续复制等微观过程.研发DNA三维动态模拟原型系统,实验结果表明,通过视、听、触、实物等多通道交互,有利于用户随时随地自主使用,增强用户对DNA知识的理解、掌握,引导用户进行更深层次的思考,提高知识的传递效率.     

最大团问题的可编程的DNA分子系统计算模型

DNA计算求解NP完全问题,可编程性、自主、高并行性,是十分重要的追求。文中主要借助可编程的DNA分子系统求解最大团问题。DNA自组装是通过起始双链体的诱发,由化学发夹和指令发夹杂交反应交错排列构成线性双链体,它的两条链一条由化学发夹组成,一条由指令发夹组成。通过DNA链置换反应,发生链的迁移,将可增长的低聚物转移到每个发夹上,组装顺序是通过成对的互补脚趾之间相互作用进行编程。最终检测线性双链体上低聚物的个数来读取图的最大团及其顶点。     

BLAST序列比对脱机移植研究

BLAST序列比对算法是NCBI综合性生物信息平台整合的众多重要功能之一。研究建立BLAST算法的脱机环境移植,可使生物信息学研究人员在构建自己专有序列数据库的同时,对DNA序列进行脱机环境比对,以期更高的序列数据安全性,避免联网状态下造成的数据丢失和泄露等严重问题。通过研究BLAST序列比对过程中涉及的标准数据格式与调用细节,实现了脱机环境下的BLAST序列比对,为建立安全序列比对提供了一种可行参考。     

组氨酸对DNA电荷逆转和凝聚的影响

以组氨酸为研究对象，通过动态光散射观察到当组氨酸浓度为1 mg/mL时，电泳迁移率由负变为正，DNA发生电荷逆转。同时通过原子力显微镜可以观察到，随着组氨酸浓度的升高，DNA分子逐渐堆积折叠，直至在组氨酸浓度为1 mg/mL时凝聚成球，说明了组氨酸可以导致DNA凝聚和电荷逆转。由于组氨酸的等电位点为7.59，相信组氨酸侧链的质子化和去质子化对其带电状态起调节作用。作为生物体内的基本遗传物质，DNA影响着生物的生长发育，与细胞癌变、突变等异常活动也息息相关。在细胞中，组蛋白是DNA染色体的重要组成部分，在DNA的转录和复制等过程中调节DNA的凝聚状态。组氨酸是组蛋白的主要成分，研究组氨酸对DNA凝聚以及相关的电荷逆转过程的影响，对于理解组蛋白的调控作用有重要的基础意义。     

人参DNA限制片段在酵母菌中的转化

用YRp7质粒作载体,AH_(22)作受体株,将YRp7质粒和人参DNA限制片段构成的重组体转入AH_(22)中,并由大量培养的AH_(22)细胞中回收到YR_(p7)质粒和人参DNA限制片段,表明人参DNA限制片段可转入酵母菌中。     

抗—DNA免疫复合物性质的研究

用聚乙二醇和硫酸铵从系统性红斑狼疮患血清中分离出免疫复合物和血浆核酸。分析结果表明，ＰＮＡ的主要成分是ＲＮＡ，仅有少量ＤＮＡ存在，并且ＰＮＡ中ＤＮＡ的ｄＧ＋ｄＣ含量（５５％）明显高于正常值（４２％）。一旦经过ＲＮａｓｅ处理，ＰＮＡ抑制抗－ＤＮＡ抗体结合ＤＮＡ的能力降低，说明抗－ＤＮＡ抗体和ＲＮＡ有交叉反应。动力学研究观察到，抗－ＤＮＡ免疫复合物中抗原抗体的分子比是１：１结合能为３７ｋＪ／ｍｏｌ．