抗体高通量体外筛选技术及规模制备的构建

医用人源抗体是当今新药研究的重点。科学研究已证明，患者含有抗疾病抗体基因。因此，从患者外周血中构建抗体基因库，筛选抗体是开发人源抗体新药的一条有效途径。     

石墨烯纳米孔设备可探测单个DNA分子 有望实现高通量低成本快速DNA电子测序

[科技日报]据物理学家组织网报道,美国宾夕法尼亚大学的研究人员近日开发出一个纳米级的碳基平台,可用于电子探测单个DNA（脱氧核糖核酸）分子。该技术最终有望在快速DNA电子测序方面发挥＂用武之地＂。相关研究论文发表于最新一期的《纳米快报》。     

角鲨烯合成酶抑制剂的高通量虚拟筛选

以SQS抑制剂CP 320473为先导物, 在60%结构相似性的基础上, 先通过AutoDock Vina软件进行分子对接, 再选取结合能量最低的新化合物进行分
子对接研究. 结果表明： zinc_8442249比先导化合物CP 320473的抑制效果更好; SQS活性位点的Lys52通过与氢键与抑制剂结合, 在抑制过程中具有重要作用.     

以开放激励科研 用管理增值技术

亚申科技研究中心(上海)有限公司,致力于研发高通量实验技术并运用于能源、环保等领域新材料开发。自2004年落户上海张江以来,亚中科技已成功研制出了一系列世界首创的高通量系统开发平台、不断刷新着全球新高通量实验技术的发展水平,并成功与包括世界500强排名前十的全球能源巨头在内的“重量级”企业建立合作关系,其强大的科研人员阵容更使其总体规模居业内全球第二。作为“知识创造财富、技术引导未来”效应最为凸现和密集的研发中心,亚申科技CTO 王尤崎博士的技术管理心得也许能给我们一些启示。     

Illumina高通量测序分析百合内生真菌群落多样性

百合具有较高的药用食用价值,研究发现它的许多内生菌代谢产物有进一步开发利用的潜能,深入了解百合内生真菌群落结构与多样性,有助于发现新菌种以及具有特定功能的内生菌代谢产物。以ITS区的rDNA为靶标序列,采用Illumina MiSeq测序技术分别对百合叶片(bhy417)、百合茎秆(bhj417)和百合地下鳞茎(bhl417)三个样品的内生真菌群落结构组成和多样性进行测定分析。经过分析有以下结果:三个样品共得到用于后续样品分析的436394条有效序列和122205709个碱基;样品bhy417的内生真菌群落丰富度最大;三个样品之间的内生真菌群落多样性差异不显著、群落结构不同;球腔菌属Mycosphaerella、外囊菌属Taphrina、炭疽菌属Colletotrichum、散斑壳属Lophodermium、壳二孢属Ascochyta、Zymoseptoria属、Catenulostroma属、Phaeophleospora属、Endoconidiophora属、Hormonema属、乌氏霉属Uwebraunia、Capnobotrylla属、丛赤壳属Neonectria、长毛盘菌属Trichophaea等在样品中丰度较高。FUNGuild功能预测结果显示,百合内生真菌包括以下功能菌群:植物病原菌、动物病原菌、腐生菌、未定义腐生菌、内生菌、木材腐生菌、地衣寄生菌等。研究结果表明百合有丰富的内生真菌定殖,其中的植物病原菌以及一些目前还未鉴定出来的菌将可能对百合生防菌以及具特定功能代谢产物的研发提供帮助。     

基于SLAF-seq玉米高密度遗传连锁图谱构建与株型性状QTL定位

 株型直接决定生物产量、种植密度与籽粒产量,利用玉米高密度遗传连锁图谱解析株型相关性状的遗传机制,对选育理想株型玉米新品种具有重要意义。本研究利用SLAF-seq技术,依据玉米黄早四参考基因组信息,对昌7-2与PHB1M及其138个F_2：3家系高通量测序,开发高密度SNP的遗传图谱,并进行株型相关性状QTL定位。研究结果构建了一张总图距为1354.81 cM,标记间的平均距离为0.32 cM,标记数为4220个SLAF标签（7876个SNP）的高密度遗传图谱。在E1与E2两种密度下,对株高、穗位、叶片数、节间数、平均节间长进行QTL定位,共检测到10个QTL位点,其中,有7个PVE超过了10%。叶片数、穗位、节间数为主效QTL,ADD为负值,叶片数与节间数的减效等位基因来源于PHB1M,穗位的减效等位基因来源于昌7-2。叶片数与节间数在2个密度下均定位在8号染色体上,说明二者之间有着共同的遗传机制。与QTL关联的SLAF标记共有61个,其中,SLFA7305498和SLFA6717271为qLC-2-LG8与qIC-2-LG8共有标记。该研究将为玉米株型相关性状的标记辅助选择提供支撑。     

斑点福寿螺肠道菌群结构及功能研究

肠道微生物被认为是动物机体的共生体,在营养物质代谢、免疫调控等方面发挥重要作用.入侵生物斑点福寿螺(Pomacea maculata)严重威胁农业生产和生态系统功能.本研究利用高通量测序技术对11只雌、雄斑点福寿螺的肠道微生物多样性、结构和功能进行研究.结果表明,在门水平上,斑点福寿螺肠道内容物主要优势菌为变形菌门(P...     

乳酸菌基因组代谢网络模型的研究进展

基因组代谢网络模型(genome-scale metabolic models,GEMs/GSMM)是基因组规模的细胞生化反应网络,可以定量描述基因与表型的关系,广泛应用于系统生物学、代谢工程、环境科学等领域。微生物基因组代谢网络模型是基于微生物基因组构建的生理生化知识库,通过数学模型实现对目标微生物生理生化反应的模拟,已成为研究微生物代谢调控的重要工具。基因组代谢网络模型的构建步骤通常包括构建模型草图、人工精炼、模型转换、验证评估4个阶段。在介绍以模式微生物(大肠杆菌、枯草芽孢杆菌、酿酒酵母)为代表的微生物基因组代谢网络模型发展过程基础上,重点聚焦乳酸菌基因组代谢网络模型的研究现状,系统介绍了已构建的乳酸菌基因组代谢网络模型及其应用。对乳酸菌基因组代谢网络模型的发展方向进行了展望,提出未来乳酸菌基因组代谢网络模型的研究应在现有模型的基础上构建更高质量的代谢与大分子表达模型和泛基因组模型,为乳酸菌的研究提供更高效的工具。     

网络药理学结合GEO芯片探析黄连解毒汤治疗2型糖尿病的作用机制

运用网络药理学结合高通量基因表达(GEO)芯片数据探析黄连解毒汤治疗2型糖尿病的作用机制。基于GEO数据库筛选2型糖尿病与健康人差异基因，通过TCMSP筛选黄连解毒汤的活性成分及对应靶基因，取两者交集靶基因，借助R语言、Cytoscape软件中不同插件分别进行蛋白互作(PPI)及拓扑分析、基因本体(GO)功能富集分析和京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析，采用薛定谔Maestro软件进行分子对接验证。结果显示：GEO数据库中实验平台为GPL6947的数据集GSE29231符合研究要求，内含24个样本数据，通过筛选得到差异表达基因1 549个；根据口服生物利用度(OB)与类药性(DL)筛选出黄连解毒汤83个活性成分和131个靶基因；获得15个交集靶基因、9个核心活性成分和7个核心基因；分子对接显示槲皮素、金合欢素、黄芩素、芹菜素、山奈酚与IL6、EGFR、FOS、MDM2有较好的结合活性；KEGG富集分析得到包括脂质与动脉粥样和PI3K-Akt的66条信号通路。研究表明，通过网络药理学结合生物信息学探析，黄连解毒汤的主要活性成分可能通过IL6、EGFR、FOS、MDM2等靶点...     

内源激活剂驱油藏内微生物菌群结构变化分析

油藏内源功能微生物的激活能有效提高采油效率。其中激活后功能微生物的群落变化分析及相关代谢基因丰度的变化对内源激活剂的筛选及激活机理研究具有重要的指导意义。本实验利用高通量测序技术准确分析了内源激活剂注入井（WJW199.1）和对照井（WJW202）中内源微生物（包括古菌和细菌）基于门、纲、属水平的种群多样性和群落结构。结果表明采出水中Thaumarchaeota门的古菌占主导,而丰度最高的细菌属于Proteobacteria门和 Firmicutes门。不管对于古菌还是细菌,注入井中的微生物多样性都远高于对照井,说明激活剂的添加有效激活了其中的内源微生物,提高了群落结构多样性。尤其是Pseudomonas,Arcobacter等具有产表活剂能力的功能微生物。同时,硫酸盐还原菌脱硫弧菌属等有害菌被抑制,丰度降低。表明从微生物种群变化的程度来看内源激活剂的注入降低了有害菌的丰度,激活了功能微生物,增强了整体微生物的驱油能力。