鸡IFITM/IFIT基因家族中与抗禽流感病毒相关的关键基因挖掘

为深入了解分析鸡IFITM/IFIT基因家族的特性,以禽流感病毒攻毒后的鸡RNA-seq数据为研究对象,通过加权基因共表达网络分析,构建了鸡的肺组织对不同亚型禽流感免疫反应的加权基因共表达网络,并对其模块进行了性状关联性分析与功能富集分析,进而筛选出鸡IFITM/IFIT基因家族中与抗禽流感病毒胁迫相关的枢纽基因。结果显示：鸡IFITM/IFIT基因家族成员中,IFITM2,IFITM3和IFIT5基因参与应答禽流感病毒诱发的免疫反应。其中,IFIT5基因属于H5N1病毒早期免疫应答模块的枢纽基因,在H5N1病毒诱发的早期免疫通路中发挥重要作用。     

黑线仓鼠催乳素受体（PRLR）基因部分序列的克隆与序列分析

采用基因克隆方法首次扩增出黑线仓鼠催乳素受体（Prolactin Receptor,PRLR）基因5’端部分序列（GenBank登录号为EU826030）,测序结果表明该片段的有效长度为379bp,包含部分5’调控区、exonl及部分intron1．该序列与其它物种相应区域的同源性比较结果：黑线仓鼠与人、大鼠、小鼠、狐猿、黑猩猩、类人猿PRLR基因核苷酸序列的同源性为82．1％-93．4％;exon1序列的同源性为79．8％-91．4％．系统进化分析与物种亲缘关系的远近一致,同时证明PRLR基因exon1有较大的可变性,因此认为成功克隆了黑线仓鼠的PRLR基因的部分序列．该研究所得到的PRLR基因序列可用作研究物种亲缘关系或遗传距离的理想标记．     

西南地区金荞麦(Fagopyrum dibotrys(D.Don)Hara)居群遗传多样性研究

采用等位酶电泳技术研究了云南省和四川省西南共 5个县境内金荞麦 (Fagopyrumdibotrys(D .Don)Hara) 5个天然居群的遗传多样性 .金荞麦居群内维持有较高的遗传多样性 ,多态位点比率为 5 6 .7% ,预期杂合度和观察杂合度分别为 0 .2 2 1和 0 .36 3.并对金荞麦与栽培荞麦之间遗传变异作了比较 .     

三叶青两个肌动蛋白基因片段的克隆及其分析

根据GenBank中登录的植物肌动蛋白保守序列设计1对引物,对三叶青的块根进行RT‐PCR ,在1次扩增中得到2个不同的肌动蛋白基因片段,分别命名为 ThAct1和 ThAct2．测序结果显示：ThAct1基因片段长度为867 bp ,编码252个氨基酸;ThAct2基因片段长度为1079 bp ,编码152个氨基酸．经Blast分析,ThAct1和ThAct2基因均属于NBD＿sugar‐kinase＿HSP70＿actin superfamily家族,与其它物种Actin基因序列和编码的蛋白质均具有同源性．RT‐PCR结果初步表明：在茎、普通根和块根中 ThAct1和 ThAct2基因的表达未见差异;但在叶中,ThAct1的表达稍强,而 ThAct2的表达稍弱．另外,在茎、普通根和块根中,ThAct1表达比ThAct2强;但在叶中 ThAct1表达比ThAct2弱．结果为分析肌动蛋白基因在三叶青块根发育中的功能奠定了基础;获得的肌动蛋白也可以作为内参基因,在三叶青功能基因组的研究中用于其它基因的定量表达分析．     

采用反向PCR技术优化适合毕赤酵母表达的截短型HPV58型L1基因

目的:探讨利用反向聚合酶链反应(反向PCR)技术根据毕赤酵母偏爱密码子优化截短型人乳头瘤病毒58型(HPV58)L1基因的研究.方法:设计PCR引物扩增截短型HPV58L1目的基因,将其克隆入毕赤酵母分泌表达载体pPICZαC;测序并对目的基因进行序列分析;根据毕赤酵母偏爱密码子利用反向PCR技术设计引物对目的基因进行扩增.结果:扩增了截短型HPV58L1基因并将其克隆入毕赤酵母分泌表达载体pPICZαC中;根据毕赤酵母偏爱密码子优化了截短型HPV58L1基因.结论:成功构建经密码子优化截短型HPV58L1基因的毕赤酵母分泌表达载体pPICZαC-HPV58L1.     

F3重组毒素的克隆表达及纯化

以pEKH-F3质粒为模板,PCR扩增F3片段,将F3插入克隆质粒PQE80L,转化大肠杆菌,筛选,获得含有F3的PQE80L重组载体的克隆.提取绿脓杆菌菌株染色体DNA为模板,PCR扩增绿脓杆菌外毒素A催化区,PE40.然后将PQE80-F3和PE40重组,得到表达PQE80L-F3-PE40载体.转化至大肠杆菌DH5a,BL21,表达融合蛋白F3-PE40.结果显示,大肠杆菌表达了融合蛋白F3-PE40,表达的融合蛋白量大概占菌体总体蛋白量的20%.通过质粒提取、PCR扩增构建F3-PE40表达载体转化大肠杆菌,成功地表达了融合蛋白F3-PE40,为大规模表达、纯化F3-PE40的进一步功能奠定了基础.     

凝溶胶蛋白表达稳定下调的小鼠肝癌高淋巴道转移力Hca-F细胞株的构建

在前期蛋白质组学和基因组学研究发现凝溶胶蛋白(Gelsolin,GSN)是一个潜在促进小鼠肝癌淋巴道转移基因基础上,本次实验设计合成3条GSN 的shRNA短发夹序列 (shRNA1、2、3),并成功将它们构建入pSilencer3.1质粒,重组质粒转染鼠肝癌高淋巴道转移力Hca-F细胞,获得了稳定转染的pSilencer-GSN-Hca-F细胞株.结果表明:GSN空白对照组和无关序列对照组细胞中在mRNA及蛋白表达水平均相近;与空白对照组相比较,3个重组质粒在mRNA水平对GSN抑制率分别为46.8%、48.2%、20.2%,在蛋白水平对GSN的抑制率分别为73.9%、45.1%、31.2%;shRNA1重组质粒的抑制效果最明显,统计学意义显著(P<0.01).通过RNA干扰和基因转染技术成功建立了GSN表达稳定下调的鼠肝癌Hca-F细胞株,为进一步研究GSN在恶性肿瘤淋巴道转移中的作用奠定了基础.     

改进的单亲遗传算法在TSP问题中的应用

本文提出了求解旅行商问题(TSP)的一个改进的单亲遗传算法。首先,定义了距离系数的概念,并据此设计了一种新的贪心基因段交换算子;同时结合一个模拟退火和2OPT局部搜索技术来改进该算子;然后,在此基础上提出了一个求解旅行商问题的一个新的单亲遗传算法。计算机仿真结果表明,该算法是有效的。     

一个水稻窄叶突变体的鉴定和基因定位

从粳稻品种“中花11”转基因后代中发现了一个窄叶突变体. 突变体表现为植株矮化、生育期延迟、叶片变窄及内卷和结实率降低等一系列突变表型. 窄叶突变体的剑叶在饱和光下净光合速率显著低于野生型, 在灌浆期剑叶的气孔导度和蒸腾速率也明显低于野生型. 遗传学分析表明, 该窄叶突变体表型受一对隐性核基因控制. 通过对突变体T₁代和T₂后代的分子检测发现, 该突变体表型非T-DNA插入引起. 利用籼粳杂交F₂群体对突变体位点进行了基因定位, 将其定位在第12染色体长臂上SSR标记RM7018和RM3331之间. 与经典的形态标记nal3(cul3)位于相同染色体区段, 故将该突变体暂定名为nal3(t). 随后, 利用已公布的水稻序列和SSR标记, 开发了6对新的STS标记, 进一步将窄叶基因nal3(t)定位在NS10和RH12-8之间, 遗传距离分别为0.58和0.26 cM, 物理距离约136 kb, 为进一步克隆nal3(t)打下了基础.     

牦牛GSTK1基因序列特征分析及其组织表达谱构建

旨在探讨谷胱甘肽硫转移酶K1(Glutathione S-Transferase Kappa1,GSTK1)基因序列特征.以牦牛为试验对象,通过RT-PCR技术扩增GSTK1基因序列并分析生物信息学,采用RT-qPCR技术构建其在牦牛不同组织中的表达谱.ORF分析显示,牦牛GSTK1基因编码区为618 bp,编码氨基酸为205个.系统发育树分析显示,牦牛与野牦牛(99.68%)、黄牛(99.68%)和野牛(99.40%)之间的同源性最高,与北极熊(87.63%)、野猪(87.25%)和马(87.01%)之间的同源性最低.蛋白预测分析显示,GSTK1蛋白为不稳定的亲水蛋白,存在12个磷酸化位点.高级结构预测分析显示,GSTK1蛋白的主要成分为α-螺旋(50.73%)、无规卷曲(40.00%)和延伸链(9.27%).组织表达分析发现GSTK1在所检测牦牛卵巢、小肠、脾、肝、肾、肌肉、肺和心组织中均有表达,其中表达量最高的组织是肝,表达量最低的组织是脾和心,且与其他组织差异显著(P<0.05).本研究获得了牦牛GSTK1基因的序列特征及组织表达谱,为进一步挖掘牦牛GSTK1基因的功能提...