Gene expression profiles of the developing human retina

Retinaplaysimportantrolesintheperception,proc-essandtransmissionofvisualsignalsandthefunctionsoftheretinadepend,toalargeextent,onitshighlyorganizedstructure.During3—6weeksinhumanembryogenesis,theneuralectodermgrowsoutfromthediencephalonstoformtheopticvesicleandtheninvaginatestoformtheopticcup.Theouterlayeroftheopticcupbecomesthenon-neuralretinalpigmentepithelium(RPE)andtheinnerlayerbecomestheneuralretina.RPEcellsproliferateslowlyandappeardifferentiatedandpigmentedasearlyas6—8weeksandremain…     

Construction and characterization of a normalized whole-life-cycle cDNA library of rice

A cDNA library with genomic complete coverage is a powerful tool for functional genomic studies.For studying the functions of rice genes on a large scale,a normalized whole-life-cycle cDNA library is constructed based on the strategy of saturation hybridization with genomic DNA using rice cultivar Minghui 63,an elite restorer line for a number of rice hybrids that are widely cultivated in China,This library consists of cDNA from 15 directionally cloned cDNA libraries constructed with different tissues from 9 developmental stages.For normalization,the denatured plasmids purified from the 15 directionally cloned libraries are mixed and hybridized with saturated genomic DNA labeled with magnetic beads in two complementary systems. Well-matched plasmids are captured from the hybridized genomic DNA and electroporated into competent DH10B E. coli for construction of the normalized whole-life-cycle cDNA library.This library consists of 62000 clones with an average insert length about 1.4kb.Inverse Northern blotting shows that this cDNA library included many rarely expressed genes and tissue-specific genes.Sequencing of 10750 cDNA clones of this library reveals 6399 unique EST s(expressed sequence tags),indicating that the non-redundancy of the library is about 59.5%.This library has been used to make cDNA microarrays for functional genomic studies.     

中华大蟾蜍“高温卵”cDNA文库的构建

以长足但不具成熟潜能的中华大蟾蜍“高温卵”为材料,提取总RNA和mRNA,以Not I/Oligo dT18为引物,经反转录合成第1链cDNA;再以DNAPolymerase I合成第2链.所得到的cDNA加装衔接头后定向克隆到λ-ExCell载体上,构建cDNA文库.结果显示,平均每个“高温卵”中总RNA的含量为5.66μg,poly A+RNA含量约为63.96 ng,构建的cDNA文库的丰度为8.93×10-5pfu/μg cDNA.随机挑选的2个重组噬菌体经NotI、EcoR I双酶切后,均能酶切出外源片段,说明我们已成功地构建了中华大蟾蜍"高温卵"的cDNA文库.     

正、反义聚腺苷二磷酸核糖聚合酶基因体外转录载体的构建

聚腺苷二磷酸核精基化作用[Poly(ADP-ribosyl)atlon]与染色质结构和功能的调节、癌变与细胞转化、发育与细胞分化等许多重要生命活动密切相关。1987年,Alkhatib和Chen等在Smulson主持的实验室首次把人的聚腺苷二磷酸核糖聚合酶[Poly(ADP-ribose)polymerase,E.c.2.4.2.30]基因克隆出来,并且对其进行了序列分析、蛋白结构推测及其在染色体上的定位研究,在此基础上,我们又构建了聚腺苷二磷酸核糖聚合酶基因的体外转     

受光抑制的大麦叶片特导Thionin的cDNA序列

Thionin(硫堇)是一类小分子量多肽.这种蛋白最早在小麦面粉中发现,随后在其它禾谷类作物和一些双子叶植物如十字花科的Crambe abyssinica的种子中也发现了类似的蛋白.1987年在大麦叶片、1993年在烟草花器中又发现了叶片和花特异的thionin.Thionin有以下几个特点:分子量小约500D,热稳定性高,带正电荷,巯基含量高.     

烟草腺毛全长cDNA文库的构建

冻刷法收集烟草品种K326腺毛组织,Trizol法提取总RNA,采用SMART技术构建了烟草腺毛的全长cDNA文库.经鉴定表明,文库滴度为1.01×106pfu/mL,重组率为99.5%.随机选择24个阳性克隆进行插入片段测序,结果显示,插入片段长度在800~1 000 bp之间,将测得的序列进行Unigene归并和序列全长分析,得到了23条Unigene,21条序列有相关同源信息,其中14条为全长,完整性比率达到66.7%.结果表明,文库质量较好,可用于下一步基因克隆及基因表达谱的研究.     

花椰菜（Brassica oleracea vat．botrytis）抗黑腐病差异表达cDNA片段的克隆及功能的初步研究

采用花椰菜抗黑腐病近等基因系C731（感病系）和C712（抗病系）作为材料,利用cDNA—AFLP技术,研究了花椰菜黑腐病抗性在黑腐病菌侵染和非侵染条件下基因表达的情况．获得了两个阳性克隆M2和M6．Northern杂交和点杂交进一步证明M2是组成型表达的cDNA片段,只是在病菌侵染与非侵染条件下表达丰度不同．而M6是差异表达的cDNA片段．Southern杂交表明M6 cDNA片段在花椰菜基因组中是单拷贝序列．随后的序列分析发现M6cDNA片段与拟南芥1号染色体的BACF19P19中66665～66813bp有84％同源性,该片段编码拟南芥的2A6蛋白的部分序列．推测的氨基酸序列与拟南芥的2A6蛋白部分序列有91％同源性．用H2O2作为外源分子胁迫处理的初步功能分析发现：M6cDNA片段受H2O2诱导,在诱导早期16～24h高度表达,其在叶片中的积累呈逐渐上升趋势．根据序列分析和初步的功能分析的结果推测：M6cDNA片段可能就是编码花椰菜中类2A6蛋白的部分基因片段．是参与花椰菜抗病反应信号途径的相关调控基因片段．     

杜洛克与梅山猪大卵泡消减文库的构建

为了鉴定杜洛克猪相对于梅山猪在大卵泡中高表达的基因,本研究应用抑制性消减杂交技术成功构建了以梅山大卵泡c DNA为driver,杜洛克大卵泡c DNA为tester的消减c DNA文库。结果显示:以G3PDH和β-actin为指标检测文库的消减效率为25,从该文库中获取了350个有效的阳性克隆,PCR检测插入片段主要分布在150-750 bp。克隆测序得到74个有效的EST序列,GO分析表明主要与细胞信号、细胞结构、代谢、细胞分化、基因/蛋白质合成、细胞组织防护等功能相关。利用q PCR技术验证了ELTD1、Grb14、SNRPE、CSDE1、ALDH18A1、e IF4E、BMPR-IB等基因在梅山和杜洛克大卵泡中的表达模式。结果发现在两猪种的大卵泡间存在显著性差异。本研究有助于揭示影响猪卵泡发育和生殖数量控制的分子基础。     

编码蚯蚓纤溶酶组分A基因的cDNA克隆及表达

蚯蚓纤溶酶组分A是赤子爱胜蚓(Eisenia fetida)体内纤溶酶的主要组分之一，具有双重纤溶活性，用逆转录PCR(RT—PCR)的方法从赤子爱胜蚓中克隆了编码蚯蚓纤溶酶组分A的cDNA，由其推测的氨基酸序列与丝氨酸蛋白酶类胰蛋白酶家族的成员具有较高的同源性，而且具有其保守的催化位点，表明该蛋白质可能是胰蛋白酶家族的成员．将上述cDNA导入大肠杆菌的表达载体pQE31和pMAL—c2X，构建表达质粒pQE—efea和pMAL—efea，这2个表达质粒均可以在大肠杆菌苗株M15中诱导表达出与预期大小相近的重组蛋白。其中，pQE—efea表达的His6—EFEa主要以包涵体形式存在，而pMAL—efea表达的重组蛋白MBP—EFEa是可溶性的，并且具有纤溶活性。