一种改进的小非编码RNA cDNA文库构建方法

本文使用RNA Antisense Purification(RAP)技术富集纯化sncRNA,有效去除了5S、5.8SrRNA.联合使用Tobacco Acid Pyrophosphatase(TAP)和RNA 5′Polyphosphatase处理sncRNA,将5′-端为非单磷酸结构的sncRNA转变成单磷酸结构,增加了文库覆盖率.在sncRNA3′-端添加poly(A)尾结构以及使用oligo(dT)16VN-adapter锚定引物进行逆转录,间接解决了sncRNA 3′-端接头定向连接问题,不再使用价格昂贵的腺苷化接头.改进后的sncRNA cDNA文库容量为3×105cfu,重组率为95%,且测序结果显示,获得的cDNA序列具有较好的完整性.使用这种成本低且行之有效的改进方法,为深入研究sncRNA奠定了基础.     

新疆4个品种绵羊群体遗传结构的研究

采用垂直聚丙烯酰胺凝胶电泳法，对巴什拜羊(43只)、哈萨克羊(41只)、中国美利奴羊(新疆军垦型)(42只)、罗姆尼羊(45只)的3个血清蛋白位点进行了多态性分析，计算了血清转铁蛋白(Tr)、酯酶(Es)及白蛋白(Alb)的基因型和基因频率及各位点的杂合度、群体平均杂合度及群体信息度。结果表明：4个品种绵羊在3个位点均为多态，在多态座位中，Tr、Alb和Es分别出现了4、3和3种表型，分别受4、2和2个共显性等位基因控制。X^2检验显示，4个品种绵羊在3个座位上均处于哈代-温伯格平衡状态(P≥0．05)，并且均表现出较高的杂合度，其值分别是：巴什拜羊0．588l、中国美利奴羊(新疆军垦型)0．5352、哈萨克羊0．5290、罗姆尼羊0．4964。     

玉米PDE191基因全长cDNA的克隆及其生物信息学分析

为研究玉米白化相关基因PDE191序列信息和基因功能,以玉米叶片总RNA逆转录后的c DNA为模板,采用RT-PCR和RACE技术克隆出玉米PDE191基因全长c DNA。DNA测序及生物信息学分析表明,玉米PDE191基因c DNA全长1229 bp,编码333个氨基酸的蛋白质,亚细胞定位于线粒体和叶绿体。软件预测PDE191蛋白分子量为37.79 k D,理论等电点为9.12,该蛋白二级结构主要构成元件为?螺旋和无规则卷曲,包含7个MTERF结构域。三级结构预测显示该蛋白为球状结构,预测结果与二级结构预测的结果相符。对该蛋白进行多重序列比对和聚类分析显示,PDE191属于植物MTERF家族,在不同植物中存在其同源蛋白质,其中与拟南芥PDE191氨基酸序列的相似性高达99%。本研究为进一步研究玉米PDE191基因的功能奠定了基础。     

毕赤酵母△~9-脂肪酸脱氢酶基因的克隆和表达

根据真菌Δ9-脂肪酸脱氢酶保守的氨基酸序列设计简并引物进行PCR,获得一个741 bp的毕赤酵母cDNA片段,再根据获得的部分序列设计基因特异性引物,通过cDNA末端扩增技术(RACE)获得该cDNA的3′和5′序列,从而得到全长为1 689 bp的cDNA序列.序列分析结果表明,该序列具有一个长度为1 194 b p、编码397个氨基酸的开放阅读框(PPD9).与报道的Δ9-脂肪酸脱氢酶一样,推测的氨基酸序列具有膜整合脂肪酸脱氢酶特异性的3个组氨酸保守区和疏水结构,在其氨基酸序列的C-末端具有类似于细胞色素b5的血红素结合区.该序列为一个新的编码Δ9-脂肪酸脱氢酶的基因,为了验证其功能,把开放阅读框序列PPD9亚克隆到表达载体pYES 2.0,构建重组表达载体pYPPD9,并转化到酿酒酵母的Δ9-脂肪酸脱氢酶缺陷型菌株DTY-11A中进行表达。通过平板互补实验结果表明,该序列在酿酒酵母中获得表达。所编码的蛋白具有Δ9-脂肪酸脱氢酶活性,能弥补DTY-11A中由于Δ9-脂肪酸脱氢酶的缺失而引起的致死性突变。     

cDNA cloning and expression of erythropoietin in the plateau zokor （Myospalax baileyi） from the Qinghai-Tibet Plateau

All organisms respond to variation in their environments and manage environmental stress through metabolic adjustments.The plateau zokor(Myospalax baileyi) is an endemic and keystone subterranean rodent species that inhabits the Qinghai-Tibet Plateau between 2800 and 4200 m above sea level.It is a hypoxic-tolerant mammal with a high ratio of oxygen utilization that enables it to cope with its harsh surroundings.To explore the molecular mechanism of altitude acclimatization of the plateau zokor,we cloned the zokor erythropoietin(Epo) gene and used real-time PCR to compare Epo mRNA levels in zokors inhabiting 16 different altitudes.The full-length zokor Epo open reading frame was 579 bp that encoded a precursor peptide of 192 amino acids with a signal peptide of 26 residues.The Epo gene of the plateau zokor was 81%-95% homologous to that of human,mouse,rat,root vole and the Golan Heights blind mole rat,with the highest homology(95%) to species of the genus Spalax.Epo mRNA was detected mainly in the zokor kidney and spleen among 8 selected tissues.The level of Epo mRNA increased in the liver and kidney with increases in altitude.The increase in the kidney was 5 times that in the liver.Remarkably,expression of Epo mRNA in the kidney of zokors living at the highest altitude(4268 m) was 12-fold higher than that of zokors living at the lowest(2492 m) altitude.These findings provide essential information for understanding the possible role of Epo in adaptation to hypoxia in the plateau zokor.     

人蛋白激酶Bγ基因的cDNA克隆、组织表达谱分析及染色体定位

蛋白激酶Ｂ（ＰＫＢ）是受第二信使调控的一类蛋白激酶,在细胞周期调控、葡萄糖吸收和促进细胞分化等生命活动中具重要作用。由于其活笥在某些人类肿瘤组织中有明显提高,且参与了Ｒａｓ信号传导通路,提示其在某些肿瘤的形成过程中起介导作用,以小鼠Ｐｋｂγ的核苷酸序无为探针,用同源筛选方法,从人肝cＤＮＡ文库中步移获得一个长１９９８ｂ ｐ的ｃＤＮＡ片段,包含一段长１４４０ｂｐ的ＯＲＦ,它编码了４７９个氨基酸残基。而     

一个与人鼻咽癌相关新基因的克隆

利用高密度ｃＤＮＡ微阵列表达检测技术,筛选出在成人正常鼻咽组织高表达而在成人咎咽低分化鳞状细胞癌组织中低表达的ＥＳＴＮ２７７４１,用ＲＴ－ＰＣＲ技术证实之,进而由该ＥＳＴ克隆出长度为１０９６ｂｐ的新基因,利用生物信息学分析发现,该序列有含有完整的阅读横架,编码２５６个氨基酸,在５＇端起始密友子上游有终止密友子ＴＡＡ,３＇端有加尾信号ＡＡＴＡＡＡ和ｐｏｌｙ Ａ尾,该新序列在非宙余的核酸序列数据 比     

运用cDNA缩减杂交法克隆水稻花粉发育有关的cDNA

花粉母细胞减数分裂期是花粉发育和形成的一个重要时期 .为了克隆此时期水稻花粉发育的基因 ,以可育系安农N及其温敏核雄性不育突变体安农S 1为材料 ,先抽提花粉母细胞减数分裂期幼穗的mRNA ,然后采用cDNA缩减杂交法 ,成功地克隆了RP 1 ,RP 2和RP 33个cDNA .Northern杂交分析表明 ,这 3个cDNA相对应的mRNA都只在花药中表达 ,而不在叶中表达 ,而且在安农S 1中的表达量 ,也明显低于在安农N中的表达量 .其次 ,在高温 (≥ 2 8℃ )下生长的安农S 1的表达量也明显低于在较低温 (≥ 2 5℃ )下生长的安农S 1 .经序列同源性分析 ,尚未发现与RP 1 ,RP 2和RP 3序列同源的基因 .以上结果显示这 3个是新的与水稻花粉发育有关的基因     

一种胡萝卜蔗糖转运蛋白基因家族新成员的分离及功能鉴定

培养基中蔗糖浓度的变化可以调控胡萝卜体细胞胚根的发育进程。为了分析在此过程中蔗糖的转运与体细胞胚根发育的相关性。利用RT－PCR获得胡萝卜蔗糖转运蛋白基因的探针,筛选蔗糖调控状态下的胡萝卜体细胞胚的cDNA文库,分离到蔗糖转运蛋白基因家族的一个新成员的全长cDNA,命名cSUT基因(GenBank注册号为AB036758）。对该基因的编码蛋白进行结构分析表明,其具有典型的12个跨膜结构域。在酵母中的表达分析证明,cSUT基因的编码蛋白有转运蔗糖的功能,转运活性受pH值影响较大,Km为9mmol/L,且对蔗糖的运输具有专一性,Northern杂交结果显示其主要在根部表达,且在蔗糖调控与解调控的胡卜体细胞胚发育的不同时相存在显著表达差异,推测cSUT基因与蔗糖的信号转导以及胚根的发育密切相关。