郑麦366γ-醇溶蛋白基因的克隆、系统进化和乳糜泻毒性分析

采用基因组PCR法,从强筋优质小麦品种郑麦366中克隆得到12个具有独特编码区的γ-醇溶蛋白新基因(命名为ZH366R-1-ZH366R-12,GenBank注册序列号为JN849083-JN849089和JX828391-JX828395),其中,ZH366R-5、ZH366R-8、ZH366R-11和ZH366R-12有完整的开放阅读框,除ZH366R-8存在一个额外的半胱氨酸(C)外,其他3个基因均具有γ-醇溶蛋白的典型分子特征,含有8个保守的半胱氨酸残基.克隆基因与42个来源于强筋优质小麦品种或代表普通小麦起源的二倍体祖先供体种的γ-醇溶蛋白的聚类分析和已知免疫多肽的分布分析表明,γ-醇溶蛋白在整个推断氨基酸序列和主要免疫肽的分布上均存在一定的基因组特异性.在重复区II含有1个额外半胱氨酸残基的γ-醇溶蛋白通常是由Gli-B1位点编码的,且在优质强筋小麦品种中均有分布,推测Gli-B1位点编码的γ-醇溶蛋白可能对面筋品质有独特贡献,而由Gli-D1位点编码的γ-醇溶蛋白,通常在重复区II分布有较多种类和数量的免疫多肽,乳糜泻(CD)毒性最强.     

NGF诱导PC12细胞转化为神经样细胞微管相关蛋白2(MAP2)的表达

目的探讨神经生长因子(NGF)诱导PC12细胞分化为神经元样细胞时MAP2的表达变化情况.方法细胞培养6 d后应用共聚焦显微镜观察MAP2表达情况;Western Blot法检测诱导不同时间点MAP2的表达情况.结果免疫组化结果显示:MAP2表达呈阳性;免疫印迹结果显示:MAP2蛋白表达在不同时间点呈动态变化,即随诱导时间延长呈递增趋势.结论 NGF成功诱导PC12细胞分化为神经样细胞,为缺血性脑卒中的体外细胞研究提供细胞参考.     

PBNA： An Improved Probabilistic Biological Network Alignment Method

Biological network alignment is an important research topic in the field of bioinformatics. Nowadays almost every existing alignment method is designed to solve the deterministic biological network alignment problem.However, it is worth noting that interactions in biological networks, like many other processes in the biological realm,are probabilistic events. Therefore, more accurate and better results can be obtained if biological networks are characterized by probabilistic graphs. This probabilistic information, however, increases difficulties in analyzing networks and only few methods can handle the probabilistic information. Therefore, in this paper, an improved Probabilistic Biological Network Alignment（PBNA） is proposed. Based on Iso Rank, PBNA is able to use the probabilistic information. Furthermore, PBNA takes advantages of Contributor and Probability Generating Function（PGF） to improve the accuracy of node similarity value and reduce the computational complexity of random variables in similarity matrix. Experimental results on dataset of the Protein-Protein Interaction（PPI） networks provided by Todor demonstrate that PBNA can produce some alignment results that ignored by the deterministic methods, and produce more biologically meaningful alignment results than Iso Rank does in most of the cases based on the Gene Ontology Consistency（GOC） measure. Compared with Prob method, which is designed exactly to solve the probabilistic alignment problem, PBNA can obtain more biologically meaningful mappings in less time.     

基于全基因组测序的粘绿木霉Gv29-8中分泌蛋白预测

粘绿木霉Gv29-8作为木霉属中重要的生防菌之一,对该菌分泌蛋白进行预测及其特征进行明确具有重要的理论意义。利用SignalP、ProtComp等预测程序对该菌中12427条蛋白质序列进行分泌蛋白找寻,并对上述分泌蛋白的氨基酸分布、信号肽长度大小及切割位点等性质进行分析。粘绿木霉含有分泌蛋白为377个,其氨基酸长度、信号肽长度与植物病原菌不同;信号肽切割位点属于A-X-A类型,与其他已经报道的植物病原真菌、卵菌中分泌蛋白信号肽切割位点一致。     

阿拉伯半乳糖蛋白在茉莉花粉萌发和花粉管生长中的作用研究

阿拉伯半乳糖蛋白(arabinogalactan proteins, AGPs),是一类具有繁杂构造的糖蛋白，遍及于植物的不同组织中.大量研究表明，AGPs在花粉的黏附、水合、萌发和花粉管在花柱内极性生长过程中都起着重要作用.采用花粉离体培养技术，对AGPs与其抑制剂β葡萄糖基-Yariv试剂(β-D-glucosyl-Yariv reagent,βGlcY)结合后，茉莉花粉萌发和花粉管生长的情况，以及去除抑制剂后，花粉管再生情况进行了研究，以探明AGPs是否对茉莉花粉萌发和花粉管生长起作用.结果表明：Yariv试剂在处理后1～2 h内能明显抑制茉莉花粉萌发和花粉管的生长，花粉萌发率和花粉管生长速度与对照相比都显著下降；去除抑制剂后，茉莉花粉管可恢复正常生长能力，故AGPs在茉莉花粉萌发和花粉管生长过程中起着重要的促进作用.研究结果对提高茉莉花粉活力、促进花粉管生长以克服结实障碍、提高结实率有重要的指导意义.     

HBED、EHPG分子内氢键与光谱性质

在pH 7.4、0.1 mol·L-1 Hepes条件下,由Tb3+荧光测得Tb-EHPG条件稳定常数log K为13.95±0.13;EHPG与金属离子结合后分子内O…H-O型氢键断裂而导致荧光被淬灭；HBED与金属离子结合后分子内N…H-O型氢键断裂而导致荧光增强,荧光变化均与结合的金属离子的原子量成反比.由此总结了稀土离子与HBED,EHPG结合的规律.并用荧光方法推断了脱铁伴清蛋白N-,C-端结合部位酪氨酸残基的分子内氢键类型.     

以酵母菌双杂合技术寻找志贺氏菌IpaH7.8作用蛋白质的目标蛋白

背景:志贺氏菌感染能造成人类出血性腹泻,此菌常带有一大型毒性质体,以携带第三型分泌系统及相关致病基因,并透过此系统释放作用蛋白,协助菌体侵入人类肠壁细胞,操控细胞功能,以利在细胞中存活及增殖.IpaH家族蛋白是作用蛋白中较特别的一群,志贺氏菌常带有数个IpaH家族基因,除了在毒性质体上,经常同时存在染色体上.从蛋白质结构上来说,IpaH家族蛋白皆由两个功能性区域组成,其C端均为E3泛素连接酶,而N端在不同IpaH家族蛋白则具有不同的白氨酸重复序列,可能结合不同的目标蛋白,最后将其泛素化.其中IpaH4.5、IpaH7.8、IpaH9.8在侵入宿主细胞后才释放:目前已有研究发现IpaH4.5和IpaH9.8的目标蛋白,其他IpaH蛋白的目标蛋白和功能则仍未知,因此我们希望利用酵母菌双杂合技术找出IpaH7.8的目标蛋白.方法:使用酵母菌双杂合系统筛选,接着将可能的候选蛋白,以其在细胞内的分布、伪阳性的可能性、与IpaH7.8交互作用的强度等,作进一步评估,最后以共同沉淀技术进行验证.结果:经酵母菌双杂合系统筛选后,我们得到6个候选蛋白,其中多数参与细胞的代谢反应.其中一候选蛋白-RAD50,主要分布在细胞核,而我们直接在细胞中表现IpaH7.8 N端和绿色萤光蛋白的融合蛋白,也发现绿色萤光聚集在细胞核,因此推测RAD50为候选蛋白的可能性最高.将IpaH7.8和RAD50进行共同沉淀,显示两者在生物体外的条件下可互相结合.     

毛尖紫萼藓1-半胱氨酸过氧化物酶基因GpPER1的克隆、表达载体构建及序列分析

从本实验室已成功构建的毛尖紫萼藓干旱cDNA文库中获得一条与抗旱相关的基因,即1-半胱氨酸过氧化物酶(1-Cys peroxiredoxins)基因,简称GpPER1,GenBank登录号为GU989314,该基因全长1040bp,开放阅读框(ORF)为666 bp,编码221个氨基酸。根据GpPER1基因的开放阅读框设计特异性引物,通过RT-PCR技术扩增得到GpPER1基因片段,并成功构建了表达载体pRI 101-GpPER1,为进一步在分子水平上研究毛尖紫萼藓的耐旱机制,发现并利用植物的抗逆基因奠定了基础。