蛋白质二级结构预测概率图模型的改进

蛋白质二级结构与蛋白质三级结构及蛋白质功能密切相关,是生物信息学研究的热点,其中概率图模型隐马尔可夫算法(HMM)是该领域研究的重要工具。但是在实际应用中,存在着HMM训练下溢、不同训练集的效果差异较大及参数优化困难等问题。对预测蛋白质二级结构时HMM遇到的训练下溢问题提出了改进方案;首次提出8-状态HMM来预测蛋白质二级结构,并且将参数B改进成为包含状态转移信息的三维参数;为了改进最优HMM模型的确定方法,用每个样本分别对初始HMM模型进行训练,得到一系列新的模型,然后对这些新模型的参数求均值,将求得的均值作为最优模型的参数。这些改进方法提高了HMM预测蛋白质二级结构的准确率,为HMM的进一步优化打下良好的基础。     

基于二次打断IPed DNA片段ChIP-Seq的模拟分析

ChIP-Seq是在全基因组水平上研究活体细胞中蛋白质和DNA相互作用谱的有效手段.近年来,随着高通量短序列DNA测序技术的快速发展,研究基于新一代DNA测序方法的ChIP-Seq分析算法已经成为热点之一.然而,目前报道的分析方法主要是基于对免疫共沉淀获得的DNA片段进行片段大小选择后的ChIP-Seq数据,也就是主要针对Solexa系统获得的数据进行分析的算法.SOLiD系统是目前测序通量最高的新一代DNA测序系统.在SOLiD系统的DNA测序文库制备过程中,采用对免疫共沉淀获得的DNA片段进行二次超声打断可以满足ePCR对序列长度的要求,因此SOLiD测序文库中的DNA测序片段较短.到目前为止,基于SOLiD系统测序特点的ChIP-Seq研究很少报道.本文旨在研究测序文库中DNA片段的长度对ChIP-Seq分析的影响.通过真实的ChIP-seq数据和模拟产生的ChIP-Seq数据,对目前3种主要的ChIP-Seq分析方法(CisGenome,SISSRs以及MACS)的特点进行研究.有报道表明来自Solexa系统的ChIP-Seq数据局部有明显的正负链双峰特征,而通过对真实的来自SOLiD系统的ChIP-Seq数据特征的挖掘,我们发现单个峰局部无明显的正负链双峰特征,并且峰的局部的序列分布大部分符合正态分布.基于这些特征,我们模拟了两个不同测序平台的ChIP-Seq实验.在控制了模拟实验的可比性后,我们发现当前基于Solexa文库制备方案的ChIP-Seq数据发展的算法,并不能有效地捕获来自SOLiD系统的ChIP-Seq数据特征.我们的研究还表明,误用ChIP-seq软件可能是导致部分SOLiD的ChIP-seq实验失败的原因.因此,需要开发一种新的基于二次打断IPedDNA片段的ChIP-Seq分析策略.     

血红素蛋白质-甲基纤维素膜修饰电极的表征和催化特性

用紫外-可见和红外光谱及原子力显微法表征了血红素蛋白质-甲基纤维素膜修饰电极。紫外-可见和红外光谱显示，在甲基纤维素(MC)凝胶中，蛋白质保持原始构象；在溶液pH3．0—10．0范围内，蛋白质的构象可逆地变化。原子力显微图像表明蛋白质与MC水凝胶之间存在较强的作用。研究了血红素蛋白质催化还原O2、H2O2和NO的机理。实验表明，还原O2和NO时，血红素蛋白质-MC修饰电极能重复使用，催化活性几乎不变；而催化H2O2时，催化活性下降较快，表明其反应历程有显的差异。稳定的蛋白质-MC修饰电极能定量测定H2O2和NO2^-。     

蛋白质结构与动力学的计算机模拟：从方法到应用

计算机模拟已发展为根据生物分子结构和动力学阐释生物功能的重要工具.同现有实验比较,计算机模拟不仅能提供结构的时空平均,而且可获得任意微观量的时空分布和演化轨迹.除结构之外,生物功能往往依赖于对动力学的控制.计算机模拟可用于重构构象跃迁路径,发现中间体和过渡态等.本文总结了作者实验室在这一领域的近期工作,特别是关于能量模型、酶催化模拟、构象空间采样等.     

金黄色葡萄球菌核酸酶去C—末端肽段在E.co…

报道了７个金黄色葡萄球菌核酸酶（ＳＮａｓｅ）Ｃ－末端缺失变体在Ｅ．ｃｏｌｉ细胞中的高效表达，其表达量可卤细胞总蛋白量的１６．９０％～５７．７％。即使仅由５２个残基组成的小肽段，也能在细胞中稳定积累，然而，ＳＮａｓｅ的Ｃ－末端缺失明显地影响到肽段的分泌表达水平乃至越膜分泌，实验指出，７个肽段都能同抗ＳＮａｓｅ多克隆抗体呈特异性免疫反应，较长的肽段仍保留着不同程度为ＳＮａｓｅ的催化活性。     

日喂饲料量对绵羊尿中嘌呤代谢物和瘤胃微生物蛋白质产量的影响

根据４×４拉丁方设计，４只体重相似（４５ｋｇ）的阉公绵羊（Ｂｌａｃｋｆａｃｅ×Ｓｕｆｆｏｌｋ）在不同试验期分别饲喂４００，８００，１２００和１６００ｇ／ｄ配合饲料（ＧＤ），相应采食量为７．２２，１４．４４，２１．１８和２８．８７ｇＤＭ／ｋｇＢＷ。尿中嘌呤代谢物排泄量（ＰＤ）和瘤胃微生物蛋白质产量（ＭＰＹ）分别为３．５６，７．０５，１１．２８，１７，５９ｍｍｏｌ／ｄ和１２．０，２０．７，２２．８，２８．３ｇＭＮ／ｋｇＤＯＭＲ．日喂饲料量增加对消化率影响不大，却明显提高了蛋白质的生物学价值（ＡＢＶ）和净利用率（ＮＰＵ）．     

改善豆粉的溶解度和速溶性的途径

本文就影响豆粉溶解度和速溶性的多种因素进行探讨,其中对蛋白质变性、颗粒结构、游离脂肪、纤维素等影响豆粉溶解度和速溶性的诸因素作了较详细论述。并提出解决的途径。     

杨树叶对鸡日粮中蛋白质和脂肪利用率的影响

研究了杨树叶对滨白蛋鸡蛋白质利用率和脂肪利用率的影响,结果表明:20%杨树叶可使滨白蛋鸡对日粮中蛋白质利用率提高7.80%,对日粮中脂肪利用率提高3.96% .用杨树叶干粉部分替代蛋鸡日粮可提高蛋鸡对蛋白质、脂肪等营养物质的利用率.     

Enhancing the quality metric of protein microarray image

The novel method of improving the quality metric of protein microarray image presented in this paper reduces impulse noise by using an adaptive median filter that employs the switching scheme based on local statistics characters; and achieves the impulse detection by using the difference between the standard deviation of the pixels within the filter window and the current pixel of concern. It also uses a top-hat filter to correct the background variation. In order to decrease time consumption, the top-hat filter core is cross structure. The experimental results showed that, for a protein microarray image contaminated by impulse noise and with slow background variation, the new method can significantly increase the signal-to-noise ratio, correct the trends in the background, and enhance the flatness of the background and the consistency of the signal intensity.