Paenibacillus Shenyangensis的DNA序列拼接与组装

在已有测序数据基础上,利用三种常见的序列组装软件对Paenibacillus Shenyangensis全基因组测序结果进行拼接组装,分析比较了不同软件在各自最优参数条件下DNA序列的组装数据,并与NCBI数据库中类芽孢杆菌属其他近缘种进行基因比对与预测.结果表明,SOAPdenovo的组装结果最优,在k-mer为23时,组装基因组总长和N50分别为5 501 467和293 864 bp,预测的4 800个基因中有4 393个与NCBI-Nr数据库比对并注释成功.     

小型浅水湖泊表层沉积物氨氧化古菌群落结构特征

为更深入地了解氨氧化古菌(AOA)在浅水湖泊表层沉积物中的分布特征,以淮河流域下游里下河地区浅水湖泊为研究对象,采用分子生物学和微生物学方法研究了该区域4个不同功能类型的浅水湖泊中的AOA群落结构。结果表明,里下河地区的浅水湖泊中存在AOA,为AOA的全球地理分布生境提供了重要补充。大纵湖湖心处表层沉积物中AOA的多样性和丰富度最高,AOA主要聚集于Group 1.1b和Group 1.1a,其中71.3%的序列属于Group 1.1b,28.7%的序列属于Group 1.1a。沉水植物的存在明显增加了Group 1.1b的丰富度,丰富的有机质有利于促进AOA的生长。得胜湖岸周边的工厂、采沙场、渔业养殖以及九龙口上游家畜类养殖影响了表层沉积物中的群落特征。     

番茄DNA复制因子RFC1在减数分裂重组中的功能研究

减数分裂是真核生物有性生殖所必需,前期研究表明拟南芥DNA复制因子RFC1在减数分裂重组中具有重要作用,但其同源基因在其他物种中的减数分裂或其他功能还未有报道.为了检验番茄RFC1在减数分裂中的功能,我们建立了减数分裂特异RFC1~(RNAi)转基因番茄,发现其花粉活性显著降低,而且减数分裂异常.利用DAPI染色观察染色体形态,发现RFC1~(RNAi)减数分裂细胞在终变期和中期Ⅰ形成多价体,表明重组异常.DNA双链断裂指示蛋白γH2AX在RFC1~(RNAi)粗线期染色体上分布的保留滞后,进一步支持RFC1~(RNAi)中的重组异常.拟南芥和番茄分别属于真双子叶植物中的两个不同大支,蔷薇类和菊类,因此本文的结果也表明DNA合成基因RFC1在进化距离很远的不同植物物种中的功能相对保守.     

耐辐射菌Micrococcus luteus SC1204总蛋白双向电泳体系的建立

以耐辐射藤黄微球菌Micrococcus luteus SC1204为研究对象,建立总蛋白双向电泳体系.结果表明,采用液氮研磨-酚/超高速离心法提取总蛋白,裂解液Ⅱ(8 mol/L尿素、2mol/L硫脲、60mmol/L DTT、4%CHAPS、40mmol/L Tris、1%pH 3~10NL IPG buffer、0.002%BPB)溶解蛋白,使用24cm、pH 4~7的IPG胶条,上样量250μg及等电聚焦7h(56000Vh),可获得满意分辨率的双向电泳图谱,适用于后续的质谱及差异蛋白质组分析.     

黄孢原毛平革菌(Phanerochaete chrysosporium)厚垣孢子降解阿特拉津的探究

阿特拉津(atrazine)是一类普遍存在于环境中且难降解的污染物.本文探究了黄孢原毛平革菌(Phanerochaete chrysosporium)厚垣孢子对阿特拉津降解的最佳条件,包括温度、摇床转速、初始培养基pH及接种量.并在大田土壤盆栽实验中,研究P.chrysosporium厚垣孢子和土壤土著微生物对土壤中阿特拉津的降解情况.结果表明:P.chrysosporium厚垣孢子可以有效去除阿特拉津,在33℃、转速为180r·min~(-1)、pH值为7.0、接种量是4g·L~(-1)时,去除效果最好,去除率达90.77%.土壤盆栽实验结果表明:施用P.chrysosporium厚垣孢子28d后,非灭菌土壤中阿特拉津去除率为97.8%,其中P.chrysosporium的降解贡献最为突出,去除能力为59.3%.而土著土壤微生物的去除率仅为20.7%,表明P.chrysosporium厚垣孢子对AT降解效果明显.     

自走式番茄收获机的国产化研制

番茄种植加工是新疆维吾尔自治区、新疆生产建设兵团重点发展的红色产业,是实施农业产业化的大宗经济作物。自治区番茄种植面积约180万亩,且有逐年加大的趋势,但番茄收获却几乎全靠人工,只有很少的外国机型试收,试收机型工作情况良好,种植模式和品种都已有成熟机收模式,但由于没有收获机械,机械采收率很低。     

中国番茄黄化曲叶病毒和烟草曲茎病毒AC2和AC4蛋白为RNA沉默的抑制子

中国番茄黄化曲叶病毒Y10分离物（TYLCCNV-Y10）能系统侵染本氏烟（Nicotiana benthamiana）等寄主植物但不诱导明显的症状，而烟草曲茎病毒Y35分离物（TbCSV-Y35）单独侵染则诱导曲叶等症状。对表达GFP基因的转基因本氏烟的接种试验表明，TYLCCNV-Y10不回复已建立的GFP沉默也不抑制GFP沉默的建立，而TbCSV-Y35能部分回复已建立的沉默且能在新叶抑制沉默的建立。农杆菌共浸润试验发现，TYLCCNV-Y10和TbCSV-Y35的AC2和AC4蛋白都能抑制GFP的局部沉默并延迟GFP的系统沉默，为RNA沉默的抑制子。比较共浸润区GFP mRNA的积累表明，Y10 AC2与Y 35AC2蛋白具有相近的RNA沉默抑制能力，而Y35 AC4蛋白是一个比Y10 AC4蛋白更强的抑制子。因而，TbCSV-Y35和TYLCCNV-Y10致病性差异的原因可能与二者AC4蛋白的功能差异有关。     

伤寒沙门菌非编码RNA AsrC表达特性及功能初步研究

非编码RNA在细菌的各种生命活动中都发挥着重要的功能.针对伤寒沙门菌非编码RNA AsrC,对其转录和降解特性及其所具有的功能进行初步研究.首先使用Northern blot和qRT-PCR的方法检测了σ因子rpoE和rpoS对AsrC转录的影响,分析了使用利福平抑制细菌RNA合成的情况下,RNase E和RNase III对AsrC降解的影响.其次使用AsrC缺陷株和高表达菌株分析细菌在酸、氧、高渗应激条件下的生长情况.再者通过全基因组芯片技术,研究AsrC高表达菌株基因表达的变化.进一步研究AsrC在细菌侵袭和巨噬细胞胞内生存力中的作用.结果显示,rpoE在酸应激下、rpoS在高渗应激下调节AsrC的转录.细菌中RNase E主要参与了AsrC的降解.高表达AsrC后,有40个基因表达上调,23个基因表达下调.AsrC高表达可以增强伤寒沙门菌对于上皮细胞的侵袭力,并且可以减弱细菌的胞内生存和增殖力.     

微生物酶法合成己酸乙酯的研究

以红曲霉（Ｍｏｎａｃｕｓｆｕｌｇｉｎｏｓｕｓ）为出发菌株,通过紫外线诱变选育出一株高活性己酸乙酯酯化菌Ｍ３－Ｅ。在含１％己酸和１５％乙醇的酯化培养基中添加５％Ｍ３－Ｅ菌麸曲粗酶制剂,３４℃间歇振荡酯化７ｄ,酯化液中己酸乙酯含量达２．３５ｇ／Ｌ。同时,本文对己酸菌发酵液在制备己酸乙酯酯化液中的应用作了初步研究     

喹啉降解菌BW004的分离、鉴定及降解特性

从武汉钢铁(集团)公司焦化废水处理厂的好氧活性污泥中分离出一株细菌, 可利用喹啉作为唯一的碳、氮和能源进行生长。经16S rRNA测序鉴定为假单胞菌属, 命名为Pseudomonas sp. BW004。利用响应曲面法确定其最佳降解条件, 为pH 7, 转速180 r/min, 温度30.0℃。单菌株?单基质降解试验表明, BW004菌可将200~1000 mg/L的喹啉在4~12小时降解98.8%以上。喹啉降解过程中, 首先产生有机中间产物2-羟基喹啉和2,8-二羟基喹啉, 同时杂原子氮转化为无机终产物氨氮。其后双环结构被破坏, 溶液中的有机物在12~24小时被基本矿化。