Escherichia coli dam—dcm—菌株的研究进展

E.coli dam-dcm是一种在分子生物学技术中被广泛应用的菌株之一。Dam和Dcm是两种甲基转移酶，Dam识别GATC位点而Dcm识别CCA（T）GG位点[1]，在E.coli细胞的生命活动中，dam基因产物在DNA的错配修复中具有重要作用，另外，dam的甲基化作用和DNA的复制和基因表达的调节等细胞生命活动过程，Dcm甲基化的生物学功能在很短的补丁修复有很重要的作用。Streptomyces(链霉菌），Bacillus(芽胞杆菌）和Paracoccus（副球菌）的转化通过用dam和dcm位点没有甲基化的DNA可以得到很大的改善[6]。因为5－甲基胞嘧啶对肼有抗生，所以 从dcm缺陷的菌株分离到的DNA用Mazam和Gilbert法进行测序，结果更好[10]。     

粟酒裂殖酵母U6 snRNA 中一个新的甲基化核苷的鉴定

采用在不同的ｄＮＴＰ浓度下进行逆转录的方法，发现了粟酒裂殖酵母（Ｓｃｈｉｚｏｓａｃｃｈａｒｏｍｙｃｅｓｐｏｍｂｅ） Ｕ６ ｓｎＲＮＡ中一个新的 ２’－Ｏ－核糖甲基化核苷 Ａｍ６４；指出 Ｕ６ ｓｎＲＮＡ的 ５’端存在一个阻碍逆转录酶通过的高级结构．     

限制性核酸内切酶PvuⅡ识别序列外甲基化抑制其酶切活性的分子机理研究

DNA甲基化是DNA分子上重要的碱基修饰方法之一,它可以影响核酸的结构及其与蛋白质的相互作用,由此影响基因的表达,关于甲基化与限制性核酸内切酶之间的关系,以往的研究表明:限制性核酸内切酶识别序列内DNA甲基化可特异性地抑制该酶的酶切活性。     

四组催化体系对甲基化短梗霉多糖的还原裂解

选用了四组催化体系，并以不同的配比对甲基化短梗霉多糖进行了还原裂解，其产的用ＧＣ，ＩＲ和ＮＭＲ进行了分析测试。结果表明，用这四组催化体系对甲基化短梗霉多糖的还原裂解都能得到了予期的产品，当Ｅｔ３ＳｉＨ：ＴＭＳＯＭＳ：ＢＦ３ＯＥｔ２＝５：５：１时效果好，同时测定了短梗霉多糖的结构。     

胞嘧啶甲基化前后的势能变化研究

人们推测,普遍存在于DNA中的胞嘧啶的甲基化作用很可能具有重要的生物学功能,但这些功能的性质至今仍旧不太清楚.大量的实验和我们近几年来所做的理论研究以及其它的研究都表明,生物分子的反应性会因某些位置引入甲基基团而受到复什的影响. 若干年来,不少人认为DNA的甲基化与基团调控有关,并十分引人注目,但实验事实却令人捉摸不定.为了探讨DNA甲基化作用与基因功能的关系,我们在对胞嘧啶碱基的甲基化作量子生物学分析的基础上,又对其C_5位甲基化前后的势能和分子静电势变化作了计算. 方法1,胞嘧啶和5-甲基胞嘧啶的势能图计算公式:     

癌症与DNA甲基化异常

DNA甲基化是哺乳动物基因组最常见的修饰方式,它存在于生物体正常的生理过程,DNA异常甲基化和疾病的发生发展有关.该文综述了癌症中存在着的DNA的异常甲基化现象,即抑癌基因的高度甲基化,低表达,及癌基因的低甲基化,高表达,检测这些基因的甲基化状态可以为癌症的早期诊断及治疗提供参考依据.     

2810025M15Rik基因在小鼠胚胎期的表达及调控

对与小鼠胚胎发育相关的新基因2810025M15Rik表达模式及调控方式做了初步分析.采用实时定量RT - PCR(Real - time quantitative RT - PCR)和原位杂交对该基因进行表达谱分析;亚硫酸氢盐测序法( Bisulfite Sequencing)对启动子区CpG岛的甲基化状态的分析探究...     

两种基因组甲基图谱构建技术评介

在《细胞》和《自然》发表的ChIP-chip和BS-Seq技术是基因组甲基化图谱构建的两个重要里程碑.分析了它们的特点、优势与不足,并对此作了进一步探讨.     

一种肿瘤甲基化谱纯化的统计方法

肿瘤组织的高度异质性是癌症基因组学研究的一个重要课题.在临床实验中获得的肿瘤样本的甲基化谱通常是来自不同成分的混合信号,如癌细胞 (cancer cells)、正常细胞 (normal cells)、基质 (stromal)和免疫浸润细胞 (immune cells).其中正常细胞的混合被认为是许多下游分析的主要混淆因素,忽视或不恰当地考虑肿瘤纯度可能会导致DNA甲基化分析出现偏差或错误的结果,因此建立合适的统计模型修正肿瘤纯度至关重要.文章开发了一个线性统计模型InfiniumPurifyMT,基于肿瘤样本、邻近正常样本和肿瘤纯度得到纯化的肿瘤甲基化谱.     

科学新闻

正人类代谢疾病离子组学研究获进展近日,PLoS ONE发表了中科院上海生命科学研究院营养所王福研究组、林旭研究组及中科院系统生物学重点实验室李亦学研究组在代谢相关疾病离子组学方面的合作研究成果。