肝细胞癌中异常甲基化差异表达基因的生物信息学分析

肝细胞癌是全球常见的高死亡率癌症之一,为找到可以作为其诊断和治疗的生物标志物,通过GEO数据库中的相关数据分析,获取异常甲基化差异表达基因;其中,甲基化下调表达上调的交集基因68个,甲基化上调表达下调的交集基因59个.对所获取的基因进行功能和通路富集分析,进而阐明与肝细胞癌相关的生物学功能及通路;构建蛋白互作网络并对其...     

植物响应高温胁迫的表观遗传调控

由于不能移动,植物只能被动地应对昼夜温度和四季气温的改变.为了适应环境温度的变化,植物进化出复杂的遗传和表观遗传机制去感知周围温度的变化并随之调整生长发育.全球气候变暖对农作物的生产造成了严重威胁,因此研究植物响应高温胁迫的机制迫在眉睫.DNA甲基化、组蛋白修饰、染色质重塑和小分子RNAs是主要的表观遗传调控机制.这些表观遗传修饰各自分工又密切联系,共同调控植物的抗热性.本文介绍了近年来表观遗传修饰调控植物响应高温胁迫的研究进展.     

PRMT5通过抑制NF-κB削弱DR4介导的趋化因子CCL20释放

构建表达DR4的质粒pCMV-DR4-HA(DR4)和表达PRMT5的质粒pCMV- PRMT5-Flag, 共转染293T细胞, 验证DR4和PRMT5的相互作用. 将DR4和蛋白精氨酸N端甲基化转移酶5 (protein arginine methyltransferase 5, PRMT5)两种质粒分别或者共转染293T细胞, 研究PRMT5对DR4引起的炎症因子释放的影响, 探讨PRMT5抑制DR4 (tumor necrosis factor-related apoptosis-inducing ligand receptor 1)引起炎症因子释放的分子机制. 分别通过RT-PCR和ELISA方法对炎症因子的表达进行定量检测. 通过双荧光报告基因方法检测PRMT5对DR4引起NF-κB活性变化的影响, 并且使用Western Blot方法检测ERK的表达变化. DR4和PRMT5在293T细胞中能相互结合, PRMT5过表达降低了DR4引起的NF-κB活性和ERK的磷酸化, 导致CCL20分泌减少. 因此, PRMT5在293T细胞中与DR4结合, 通过改变NF-κB和ERK激酶活性影响了CCL20的分泌, 参与了DR4介导的细胞免疫调节.     

表观遗传学研究进展

 概述了表观遗传调节模式、表观遗传调节的效应、植物表观遗传学的研究进展等。在每种细胞中,都会发生一部分特异基因激活、另一部分基因抑制的现象,形成多种基因表达模式。表观遗传指DNA序列不发生变化,而基因表达发生可遗传改变的现象。表观遗传学改变包括DNA甲基化、组蛋白修饰、非编码RNA作用等,产生基因组印记、母性影响、基因沉默、核仁显性、休眠转座子激活等效应。表观遗传变异是环境因素和细胞内遗传物质间交互作用的结果,其效应通过调节基因表达,控制生物学表型来实现。正是因为表观修饰对于维持生物体内环境和各器官系统功能的重要性,表观遗传的异常会引发疾病,这也成为药物和治疗方案设计的着眼点。     

白柠檬素的合成

研究白柠檬素的化学合成工艺.以间苯三酚和丙炔酸乙酯为原料,在无水氯化锌催化下缩合成环得到5,7-二羟基香豆素,收率为97.7%.5,7-二羟基香豆素经甲基化反应得到白柠檬素.研究了影响甲基化反应的各反应条件,确定了以硫酸二甲酯为甲基化试剂,交替滴加30%液碱和硫酸二甲酯的甲基化反应工艺,反应收率为75.5%.对甲基化反应机理进行了讨论.     

C57小鼠胸腺和睾丸中roPer1基因启动子区CpGs甲基化分析

利用实时定量PCR方法检测胸腺和睾丸组织中roPer1基因表达时相特点,采用亚硫氢酸修饰法对两种组织两个时间点该基因2个启动子区域5个E-boxCpGs甲基化情况进行研究．结果显示：C57BL／6J小鼠胸腺和睾丸组织中mnrl基因表达没有显著波动性,roPer1基因启动子区CpGs呈低甲基化状态（〈10％）．两种组织中E3和E4甲基化频率存在显著差异（P〈0．01）．在睾丸中,不同时间点E3和E4甲基化频率有显著变化（P〈0．01）．说明在睾丸中,roPer1启动子E-box3的甲基化状态能够随时间波动．但在胸腺和睾丸中,甲基化并不是roPer1基因调节的主要方式．     

热处理竹材的苯甲基化改性研究

将竹材在200-400℃无氧环境中热处理3 h,然后对热处理竹材进行苯甲基化改性,探讨了反应时间、NaOH用量、相转移催化剂用量对醚化反应的影响.通过反应后热处理竹材的增重率来表征醚化反应程度,在同样的反应条件下,250℃热处理竹材的增重率最大,并通过FT-IR、XRD对苯甲基产品的微观结构进行了表征.     

甲状腺癌甲基化差异片断的筛选

目的筛选甲状腺癌与甲状腺癌旁组织的甲基化差异片段。方法采用甲基敏感性代表性差异分析（MS-RDA）方法,用甲基化敏感性内切酶消化甲状腺癌及癌旁组织基因组DNA,连上接头制备扩增子后,进行两轮消减杂交,筛选甲状腺癌与癌旁组织的甲基化差异片段。结果经过两轮消减杂交后,筛选出3个低甲基化差异片段,2个高甲基化差异片断。筛选出的低甲基化差异片段C913位于BC029276基因上,该基因编码一种rRNA结合蛋白,可能与肿瘤有关。另外2个低甲基化差异片段C915与C917尚未见相关结构和功能的报道。两个高甲基化差异片断与已知基因同源性在20%-35%之间。5个片断均为新的甲基化差异片断。结论在甲状腺癌组织中存在异常甲基化,筛选出的甲基化差异片断有助于进一步了解异常甲基化在甲状腺癌发生发展中的作用。     

肿瘤基因图集(TCGA)中恶性胶质瘤数据的挖掘

本文以非肿瘤样本为参照物,采用甲基化数据的距离相关性将病人分成两类,并分析和比较这两类病人,得到了一些潜在有意义的结论.     

CADM1基因甲基化与宫颈鳞癌及癌前病变的相关性研究

探讨CADM1 基因甲基化与宫颈鳞癌及癌前病变发生的相关性.采用MassARRY EpiTYPER DNA甲基化分析技术定量分析宫颈鳞癌(n=49)、CIN2/3(n=47)、CIN1(n=28)、正常对照组(n=24)中CADM1 基因启动子区15个CpG位点的甲基化状态.宫颈鳞癌组CADM1基因启动子区CpG_1、CpG_ 8、CpG_11、 CpG_15位点甲基化率高于CIN2/3、CIN1及正常对照组,差异有统计学意义(P<0.05),CIN2/3、CIN1及正常对照组间甲基化率差异没有统计学意义(P>0.05).CADM1基因CpG_ 8、CpG_11、 CpG_15甲基化率与HPV16感染呈正相关.CADM1基因特异性位点CpG_1、CpG_ 8、CpG_11、 CpG_15的甲基化可能促进了宫颈鳞癌的发生、发展,其中CpG_ 8、CpG_11、 CpG_15的甲基化可能与HPV永生化到致瘤型表型的转化有关.CADM1基因特异性CpG位点甲基化状态的改变可能导致基因转录表达沉默,是宫颈鳞癌发生发展的促进因素.