胶原Ⅳα1链NC1结构域基因的克隆及其在大肠杆菌中的表达

 胶原中多个成分如ⅩⅤ,ⅩⅤⅢ的NC结构域能抑制血管内皮细胞增殖和迁移,具有抑制肿瘤生长和转移的活性.从胎盘组织中提取总RNA,根据文献报道的胶原Ⅳα₁链cDNA序列,设计一对特异性引物,应用RT-PCR方法扩增出胶原Ⅳα₁链NC1结构域基因.DNA序列测定发现,扩增得到的基因与文献报道序列存在单个核苷酸变异(A132C),编码氨基酸(Gly)不变.将扩增得到的胶原Ⅳα₁链NC1结构域基因克隆到原核表达载体pPROEXHTb上,并在大肠杆菌BL21中进行体外表达.     

蛋白质结构域折叠类型的离散量理论预测

根据最近的SCOP库,依据2616个蛋白质结构域折叠类型的分类和PDB库中这些蛋白质的主二级结构序列,计算了这些蛋白质中α螺旋、β折叠和βαβ片段单元的数目,并以此为主要参数构成信息离散源,用离散量方法预测了这些蛋白结构域的折叠类型.结果表明,运用各种不同标准集和检验集,得到α类、β类、α/β类和α β类蛋白质结构域的预测成功率均在99%,92%,89%和87%以上.对标准集总的平均预测成功率为93.82%,对检验集总的平均预测成功率为94.35%.     

编码拟南芥含BAG结构域蛋白的原核表达载体构建

生物信息学分析显示,拟南芥基因At5g62390编码一种钙调素结合蛋白,在其钙调素结合结构域有一个BAG(Bcl-2-associated athnogene)结构域存在,与钙调素结构域部分重叠.为了从实验上进一步研究该蛋白的钙调素结合特征及BAG结构域在钙调素结合中可能的调节作用,通过聚合酶链式反应(PCR)扩增不同结构域编码区的cDNA序列,构建到原核表达载体pET32-a中.测序分析表明:目的序列已正确克隆到表达载体上,为进一步表达目的蛋白及其不同结构域用于生化功能鉴定打下了基础.     

“朊病毒”这一译名已成大势

prion是美国科学家S．B．Prusiner（S．B．布鲁西纳）发现的一种新病原物，被认为是疯牛病、羊瘙痒病的致病因子。Prusiner因此发现而获得1997年度诺贝尔医学和生理学奖。此词的中文名一直比较混乱，曾出现过朊病毒、朊蛋白、毒蛋白、蛋白病毒、蛋白粒子、蛋白感染粒子、蛋白侵染因子、感染蛋白子、朊毒体、锯蛋白、普利昂、普恩蛋白、普赖子等。 全国科技名词委曾组织prion中文名的讨论，得到很多专家学者的积极响应，有的赞同朊病毒，有的提出了普朊、感染朊、染朊子、朊、朊毒等名称。 全国科技名词委2006年公布的《遗传学名词》（第二版）将pfion定名为“普里昂”，又称“朊粒”。但在其他学科名词审定过程中，专家们对此词的中文名仍有很多不同意见，赞同“朊病毒”等译名的也比较多。同时，近年科技界对prion本质的理解仍存在分歧，这对如何定中文名也有一定影响。名词使用混乱必然影响科技的交流，定名不统一将使使用者无所适从。为规范prion的中文名，全国科技名词委拟研讨协调此问题，征询各方面专家的意见，并在本刊展开书面讨论，作进一步探讨。本刊欢迎专家、读者来稿来函提出pnon的中文定名意见。这里先发表部分专家意见。[编者按]     

细胞色素c氧化酶可溶性CuA结构域的表达、分离纯化和初步表征

细胞色素c氧化酶亚基Ⅱ含有可溶性双核铜中心CuA结构域蛋白。报道了Paracoccus versutus菌CuA结构域的基因克隆、表达和分离纯化及其初步表征。编码CuA结构域的基因插入pET11d质粒载体中,于E.coli BL21(DE3)中进行表达。结果表明,CuA结构域蛋白在这个表达体系中主要以包涵体的形式存在,表达量占菌体总蛋白的10％左右。经尿素溶解,Cu^ /Cu^2 重组复性,Q－Sepharose快速阴离子交换柱和Sephadex-G75凝胶过滤柱纯化,得到了电泳纯的紫红色可溶性蛋白。紫外－可见吸收光谱在478nm有较强吸收峰,530nm处有一肩峰,在360和806nm处有弱吸收峰,它们可归属为混价双金属核中心（Cu2S2R2)中Cu-S和Cu-Cu间的电荷转移与轨道相互作用。圆二色谱表明其二级结构主要为β－折叠形式。荧光激发谱最大波长为280nm,发射谱最大波长为345nm。     

重组人朊蛋白成纤维研究进展

基于目前重组人朊蛋白体外成纤维实验研究,本文简单总结了重组人朊蛋白纤维的特点,以及利于重组蛋白纤维化的条件和方法,包括酸性pH、低浓度变性剂和高速振荡,旨在推动建立体外重组人朊蛋白成纤维模型,为揭示朊病毒致病机制提供依据。     

水稻中两个同源异型结构域转录因子的亚细胞定位

为了对水稻同源异型结构域转录因子HD-ZipⅢ家族中的HDZ1和HDZ2进行亚细胞定位,利用RT-PCR技术从水稻cDNA中扩增HDZ1和HDZ2的编码区(去除终止密码子序列),与绿色荧光蛋白GFP编码框融合,构建2个转录因子的瞬时表达载体,采用农杆菌介导的转化方法转化至烟草中进行瞬时表达分析.结果表明:PCR扩增所得为目的基因片段HDZ1和HDZ2;二者与载体质粒pCAMBIA35S-GFP连接获得的融合表达载体成功移至烟草中并表达;确定HDZ1主要定位于烟草叶片的气孔中,而HDZ2定位于烟草表皮细胞的细胞膜上.二者在亚细胞中的定位不同,可能在水稻生长发育中所起的作用也不相同.     

通过构建蛋白质结构域功能模版库做基于氨基酸序列的蛋白质功能位点预测(英文)

由蛋白质序列预测蛋白质功能位点对于理解蛋白质功能具有重大的意义,它同时也为生物学实验提供了重要依据.长期以来,基于知识库的方法一直是预测蛋白质功能位点的可靠方法.通过适当修改蛋白质结构分类库SCOP构建了一个附带功能注释的结构域模版库(fDPD),其中每个模版都包含一组序列和结构都非常相近的已知的蛋白质成员.fDPD通过隐马尔可夫模型方法HMMER由未知蛋白质的序列预测其功能位点.为了考察本方法的效果我们检测了两个通用的酶催化位点数据库,一个由约1 500个序列构成的钙离子结合蛋白数据库和从CASP9中提取出的数条蛋白质序列.我们的方法对于配体结合位点以及钙结合位点的预测取得了较高的精度和覆盖率,其催化位点的预测效果仅次于目前已知的最好的方法.我们的计算结果表明,结构上相似的蛋白质其功能位点倾向于出现在蛋白质表面上相似的位置.     

抗菌肽SK66的生物信息学分析

从数据库中检索出CG13551基因氨基酸序列信息,生理生化分析显示:SK66蛋白含有107个氨基酸残基,分子量约11 948.3 Da,理论等电点为8.96.该蛋白中,甘氨酸(Gly)含量最高,为14.0％;其次为谷氨酸(Glu)和丙氨酸(Ala),分别为11.2％和9.3％.SK66蛋白是一个亲水蛋白质但不是一个分泌...     

韩国克隆牛不怕疯牛病

韩国科学家近日透露，他们已通过基因改良，克隆出能够抵御疯牛病的母牛。韩国总统卢武铉对研究人员的这一成果表示了祝贺，称这是“魔术”般的成就。