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151.
提出了一个3BP2的Src同源区2结构域(SH2)不同于其他SH2结构域的全新肽链结合模式,它与FRS2来源的多肽结合于不同的氨基酸残基. 实际上,该SH2结构域与该短肽的三个重要残基相结合形成完美的几何互补,通过BioCore实验验证,这三个氨基酸最好是Y-E-N. 相似文献
152.
崔莹 《四川大学学报(自然科学版)》2009,46(4)
3BP2最初被作为一个Abl SH3结合蛋白被分离,但是其功能并不确定。除了富含脯氨酸区域和间接与SH3结合外,3BP2还有一个PH和Src同源区2结构域(SH2)。 Src同源区2结构域(SH2)是一个很大的家族,它们通过人体基因组编码的模块间的相互作用来识别酪氨酸磷酸化序列,由此在细胞信号转导和控制中发挥中心作用。肽基可以被SH2识别从而形成一种复合物.这篇文章的内容是关于3BP2的SH2结构域的晶体结构和与来源于FRS2的肽的复合物的晶体结构。依照表面电荷性质,这个结合袋的特异性是半极性半中性的。这个结构的特点明显的表现在,对于亲和性来说,Glu(p+1)比Ala (p+1) 或 Val (p+1)更为重要。 相似文献
153.
以人肾脏组织cDNA为模板,用PCR技术克隆了编码人Megalin基因四个结构域的cDNA,并对其进行了测序.结果表明,编码人Megalin基因四个结构域的cDNA长度分别为863bp、1,008 bp、1,247 bp及1,359 bp.编码第一结构域的cDNA序列与GenBank报道的序列有99.9%的同源性,其中两个位点有差异(第457位和605位分别为C和G,而非G和A);其余三个结构域对应的基因序列与GenBank报道的序列完全相同. 相似文献
154.
针对蛋白质相互作用的预测问题,提出一种以余弦核和线性差值累加核为基核的对偶混合核函数SVM的蛋白质相互作用预测方法.该方法充分考虑了蛋白质的结构域特征,同时根据蛋白质相互作用数据应具有顺序无关的特点,将"对偶"思想引入SVM核函数中.对两个真实的蛋白质相互作用数据集Yeast PPI和Human PPI的测试结果表明,提出的方法与其它方法相比能够有效地提高蛋白质相互作用预测的准确率. 相似文献
155.
利用生物信息学方法,以疟原虫的血红蛋白降解途径为基础,成功地构建出了日本血吸虫和曼氏血吸虫的血红蛋白降解途径,并对降解途径上的关键酶蛋白的保守结构域进行了序列及结构分析。预测得到的血吸虫血红蛋白降解酶保守结构域,与疟原虫相比,在序列上催化位点高度保守,在结构上空间相对位置较一致,为研究血吸虫血红蛋白降解酶,及其与底物或... 相似文献
156.
Sarcopterygians is an important vertebrate clade that includes crossopterygians and tetrapods. Crossopterygians are lobe-finned
fish that include lungfish and coelacanths. Tetrapods include amphibians, reptiles, avians and mammals. To compare the interferon
regulatory factor 1 (irf-1) gene structure and to explore phylogenetic relationships among sarcopterygians, we cloned the cDNA sequence of irf-1 from lungfish and compared it with irf-1 orthologs in other sarcopterygian species. The lungfish is a primitive sarcopterygian that occupies a very important position
in vertebrate phylogeny. Interferon regulatory factors (IRFs) are a family of proteins involved in innate immunity. To date,
11 IRF family members have been reported. All IRFs share homology in the first 115 amino acids, which encompasses a DNA binding
domain containing a characteristic repeat of 5 tryptophan residues separated by 10–18 amino acids. IRF-1 and IRF-2 were the
first members of this family to be reported and they have a very important role in innate immunity. However, studies of the
irf-1 and irf-2 genes are mostly confined to mammals; very few non-mammalian irf-1 genes have been reported. Consistent with the irf-1 gene sequences already published, the first 345 nucleotides of lungfish irf-1 are highly conserved. At the carboxyl terminal a C-terminal transactivating region motif and an interferon associated domain
(IAD2) were identified. 417 million years separate the present from the closest common ancestor of lungfish and tetrapods;
however, the irf-1 genes among sarcopterygians are highly conserved and have very obvious phylogenetic relationships. Also the interrelationship
tree of sarcopterygians, based on IRF-1 amino acid sequences, is identical with trees produced using other data, such as morphological
characteristics or mitochondrial gene sequences. 相似文献
157.
蛋白激酶Cα相互作用蛋白(PICK1)的PDZ结构域介导了PICK1和AMPAR的亚基GluR2的C末端结合,在GluR2下调引起兴奋性毒性而产生的多种神经性疾病中,PICK1的PDZ结构域是一个潜在的药物靶标.文章将重组质粒pET3a-pick1和pET-3C-GB-pdz转入E.coli BL21(DE3),经IPTG诱导,在大肠杆菌中获得重组表达,目的蛋白经硫酸铵沉淀或Ni 2+-NTA Sepharose 4Bcolumn亲和层析,再经Sephacryl S-200凝胶层析纯化得到了PICK1和GB-PDZ蛋白.利用荧光光谱法初步分析了款冬提取物与PICK1及其不同结构域的结合情况,结果表明款冬提取物与PICK1的结合位点位于PDZ结构域,款冬提取物能有效抑制PDZ结构域与GluR2的相互作用. 相似文献
158.
159.
160.
一种基于支持向量机的蛋白质结构域边界预测方法 总被引:1,自引:1,他引:0
提出一种基于支持向量机学习蛋白质结构域的边界预测方法. 在分析多序列比对结果的基础上, 定义了几种能够直接或间接反映蛋白质结构属性及结构域信息的新方法. 结果表明, 蛋白质序列信息预测边界信号的正确识别率达85%以上, 具有较好的泛化能力. 相似文献