Allexivirus属的一个新成员——大蒜病毒E的基因组全序列测定和系统树分析

测定了一个从浙江余杭大蒜中分离到的Allexivirus属成员的基因组全序列,单链正性病毒基因组含8451个核苷酸,6个ORF,与其他Allexivirus属成员的基因组全序列的核苷酸同源性仅为62.8%～64.8%;ORF1～ORF6编码蛋白的氨基酸同源性分别为67.6%～78.5%,55.4～66.2%,56.7%～66.4%,40.3%～55.6%,66.3%～79.9%和52.2%～68.8%,进一步分析显示,此病毒与其他病毒的差异和该属中远缘病毒间的差异相似,外壳蛋白核心区域氨基酸序列同源性仅为63.9%～79.8%,远低于该属不同病毒的国际分类标准,应归类为Allexivirus属的新成员,命名为大蒜病毒E,病毒不同编码蛋白序列的进化树分析也进一步证明了该病毒与其他病毒的亲缘关系。     

长链非编码RNA FGD5-AS1 通过 miR-542-3p/GTPBP4对肝癌细胞放射敏感性的影响

目的:探讨长链非编码RNA FGD5-AS1(lncRNA FGD5-AS1)对肝癌细胞放射敏感性的影响及其分子机制.方法:运用qRT-PCR检测FGD5-AS1、miR-542-3p和GTPBP4在肝癌组织和肝癌细胞系中的表达情况;采用克隆形成实验和流式细胞仪分析FGD5-AS1和GTPBP4表达变化对肝癌细胞系放射...     

脱氧核酶在生物检测及基因治疗中的研究进展

脱氧核酶(DNA zyme)是通过体外筛选技术获得的有酶活性的单链DNA分子.随着越来越多的脱氧核酶被筛选出来,科学家对其功能性质的研究也逐渐深入.其中,RNA切割作用作为脱氧核酶最重要的一种特性,是目前研究热点.而脱氧核酶发挥RNA切割作用需要辅因子(金属离子、中性分子、细菌等),因此,基于此特性,DNAzyme不仅被广泛用于金属离子和生物分子检测,而且被应用于特异性切割mRNA阻断蛋白的翻译,从而用于多类临床疾病的治疗.本文系统总结了DNAzyme在金属离子和生物分子检测以及在基因治疗方面的研究进展,并对其在动物体内对目标分子的高灵敏度、低浓度特异性检测及发挥切割活性进而达到疾病治疗做出了展望.     

万安玻璃红鲤鱼PKR的克隆鉴定与系统进化分析

本研究以万安玻璃红鲤鱼为材料,通过同源克隆的方法克隆了万安玻璃红鲤鱼双链RNA激活的蛋白激酶（PKRCcvwPKR）,并首次克隆到CcvwPKR的剪接异构体。CcvwPKR全长为2145 bp,编码714个氨基酸,CcvwPKR剪接异构体全长1431 bp,编码476个氨基酸。CcvwPKR的剪接异构体是CcvwPKR第477个密码子的G突变为T（gaa477taa）,从而使得CcvwPKR的翻译提前终止。氨基酸序列比对和空间结构SMART预测显示,CcvwPKR和CcvwPKR剪接异构体都含有三个双链RNA结合模体（dsRBM）,CcvwPKR剪接异构体缺失PKR的C端的激酶结构域。系统进化分析表明,万安玻璃红鲤鱼PKR在进化上与鲤鱼和鲫鱼密切相关。万安玻璃红鲤鱼和目前已有研究的鲤科鱼类PKR一样,分子结构都含有三个dsRBM,三个dsRBM使得其具有更强的结合dsRNA的作用,推测可能与其较强的抗病能力有关。     

RNA干扰:双链RNA引起的基因沉默机制——2006年诺贝尔生理学或医学奖成果简介

RNA干扰现象是指一种由双链RNA分子引起的基因沉默现象,在动植物中普遍存在。RNA干扰不仅在生物的抗病毒反应、抑制转座子活性以及其他许多重要生理活动的调节方面发挥至关重要的作用,而且在基因功能研究和疾病治疗方面也具有广阔的应用前景。鉴于上述原因,2名美国科学家——AndrewZ.Fire和CraigC.Mello,因发现RNA干扰现象而获得了2006年的诺贝尔生理学或医学奖。     

利用基因芯片分析人era基因表达降低后细胞周期蛋白表达的变化

为了探讨利用RNAi封闭肿瘤细胞系的era基因表达后细胞周期相关蛋白的变化,实验利用Trizol法提取总RNA,用人细胞周期相关基因cDNA芯片检测细胞周期相关蛋白的表达。生物信息学分析结果显示：封闭肿瘤细胞系的era基因表达后,有10条细胞周期相关基因表达上调,7条基因表达下调,为研究人era基因的功能提供了线索。     

PP4低表达对人乳腺癌细胞MCF7增殖的影响

蛋白磷酸酶4 (protein phosphatase 4, PP4)在果蝇、线虫及哺乳动物细胞中都可定位于中心体上, 且在果蝇和线虫中参与了中心体成熟. 为探讨PP4在哺乳动物细胞中的功能, 通过RT-PCR的方法扩增得到PP4基因全长序列, 构建pEGFP-C1-PP4融合蛋白表达质粒. 将该质粒转染MCF7细胞, 用间接免疫荧光技术确认PP4在MCF7细胞中的中心体定位. 将PP4蛋白中非磷酸酶保守区序列作为反义抑制作用的靶序列, 构建真核表达重组质粒pXJ41-as-PP4并转染MCF7细胞, G418筛选获得稳定的PP4表达受抑制的细胞株MCF7pXJ41-as-PP4. 对此细胞株进行细胞形态、骨架结构、生长特性及有丝分裂过程观察分析, 发现其生长速率明显减慢, 血清依赖性增强, TdR双阻断进行周期同步化结合流式细胞术以及有丝分裂指数分析发现细胞进入M期受阻. 间接免疫荧光检测发现, 细胞中微管组织紊乱, 细胞核物质增加, 细胞群体中多核细胞比例增加, 有丝分裂过程发生异常, 出现较多多极分裂现象. 这些结果表明, 在哺乳动物细胞中, PP4的正常表达对中心体正常行使微管组织功能是必要的, 抑制PP4表达将导致细胞增殖及周期进程发生异常.     

干扰长链非编码RNA NEAT1上调miR-126抑制胃癌细胞的生长、间质转换及裸鼠肿瘤形成

目的 研究干扰长链非编码RNA核富集的转录物1(NEAT1)上调miR-126抑制胃癌细胞的生长,间质转换及裸鼠肿瘤形成的影响.方法 通过RT-PCR分析NEAT1在胃癌MGC-803、SGC-7901细胞和正常胃上皮GES-1细胞中的表达,并检测sh-NEAT1的沉默效率.NEAT1沉默后,EDU染色分析肿瘤细胞的增...     

RNA甲基化、代谢重编程与肺动脉高压

脉高压(pulmonary hypertension, PH)是一种以肺血管重构为主要病理特征的临床综合征,患者肺血管阻力和肺动脉压力升高,最终因右心衰竭而死亡.近年来, PH血管重构的分子机制研究逐步深入, RNA甲基化作为当前生命科学领域的研究热点,被证实在PH进程中发挥着多种调节作用,包括参与肺血管平滑肌细胞表型转化、内皮细胞间质转化和巨噬细胞免疫炎症等过程.同时,大量的研究表明, PH进程中多种肺血管细胞均存在着异常的代谢重编程,进而加剧血管重构的发生.多项研究显示, RNA甲基化修饰和代谢重编程可以相互调控参与疾病的发生,但两者是否可以相互调控协同促进PH的发生发展目前尚不明确.基于此,本文系统梳理了RNA甲基化、代谢重编程及其与PH发病机制的最新研究进展,并展望了三者之间潜在的生物学联系,期望能够为PH血管重构的发病机制研究及其靶向干预提供新思路.