RNA化学修饰m6A在植物中的研究进展

N~6-甲基腺嘌呤(N~6-methyladenosine,m~6A)是真核生物mRNA中丰度最高的甲基化修饰形式.m~6A修饰是由m~6A甲基转移酶复合物催化形成,并由去甲基化酶脱去甲基修饰,而m~6A修饰的生物学功能则是由结合蛋白进行调控.随着m~6A检测和测序技术的发展,多种m~6A修饰相关蛋白在植物中鉴定出来,其调控的生物学功能越来越受到人们的关注.本文针对植物m~6A修饰相关调控蛋白及其功能、m~6A修饰位置分布及基序特征和m~6A调控的分子机制综述研究进展,展望m~6A在植物中的研究重点和方向.     

RNA m6A修饰与肠道疾病研究

作为体内最大的屏障器官,肠道具有重要的消化和免疫功能。肠道发育及稳态异常可导致多种疾病,给社会造成沉重的负担。从RNA N⁶-甲基腺苷(m⁶A)修饰角度探讨肠道疾病的发生机制和干预策略,包括RNA m⁶A修饰与肠道发育及相关疾病、RNA m⁶A修饰与肠道稳态及相关疾病,以及RNA m⁶A修饰与肠道微生物的相互作用等,概述近年来的研究进展,并对其进行展望。     

RNA二级结构的6-D表示及相似性分析

根据RNA二级结构组成,用A′,U′,G′,C′分别表示基对A-U,G-C和基对G-U中的A,U,G,C,将RNA二级结构转化为基本序列,称之为RNA二级结构的特征序列。在此基础上再根据核苷酸A,C,G,U的化学结构在6-D空间中定义了使核苷酸集与点集之间一一对应的函数,进而利用这个函数在6-D空间中得到了RNA二级结构的6-D表示,然后基于6-D表示把它转化为L/L矩阵表示和特征向量P=(μx,μy,μz,μk,μl,μm)表示,其中μi表示点集对应坐标分量的均值,最后利用矩阵不变量:即L/L矩阵的最大特征值,还有特征向量之间的距离来描述序列或结构的不变性来分析了AIMV-3等九种病毒的RNA二级结构的相似性,得到了比较好的结果。     

长链非编码RNA FGD5-AS1 通过 miR-542-3p/GTPBP4对肝癌细胞放射敏感性的影响

目的:探讨长链非编码RNA FGD5-AS1(lncRNA FGD5-AS1)对肝癌细胞放射敏感性的影响及其分子机制.方法:运用qRT-PCR检测FGD5-AS1、miR-542-3p和GTPBP4在肝癌组织和肝癌细胞系中的表达情况;采用克隆形成实验和流式细胞仪分析FGD5-AS1和GTPBP4表达变化对肝癌细胞系放射...     

干扰长链非编码RNA NEAT1上调miR-126抑制胃癌细胞的生长、间质转换及裸鼠肿瘤形成

目的 研究干扰长链非编码RNA核富集的转录物1(NEAT1)上调miR-126抑制胃癌细胞的生长,间质转换及裸鼠肿瘤形成的影响.方法 通过RT-PCR分析NEAT1在胃癌MGC-803、SGC-7901细胞和正常胃上皮GES-1细胞中的表达,并检测sh-NEAT1的沉默效率.NEAT1沉默后,EDU染色分析肿瘤细胞的增...     

万安玻璃红鲤鱼PKR的克隆鉴定与系统进化分析

本研究以万安玻璃红鲤鱼为材料,通过同源克隆的方法克隆了万安玻璃红鲤鱼双链RNA激活的蛋白激酶（PKRCcvwPKR）,并首次克隆到CcvwPKR的剪接异构体。CcvwPKR全长为2145 bp,编码714个氨基酸,CcvwPKR剪接异构体全长1431 bp,编码476个氨基酸。CcvwPKR的剪接异构体是CcvwPKR第477个密码子的G突变为T（gaa477taa）,从而使得CcvwPKR的翻译提前终止。氨基酸序列比对和空间结构SMART预测显示,CcvwPKR和CcvwPKR剪接异构体都含有三个双链RNA结合模体（dsRBM）,CcvwPKR剪接异构体缺失PKR的C端的激酶结构域。系统进化分析表明,万安玻璃红鲤鱼PKR在进化上与鲤鱼和鲫鱼密切相关。万安玻璃红鲤鱼和目前已有研究的鲤科鱼类PKR一样,分子结构都含有三个dsRBM,三个dsRBM使得其具有更强的结合dsRNA的作用,推测可能与其较强的抗病能力有关。     

脱氧核酶在生物检测及基因治疗中的研究进展

脱氧核酶(DNA zyme)是通过体外筛选技术获得的有酶活性的单链DNA分子.随着越来越多的脱氧核酶被筛选出来,科学家对其功能性质的研究也逐渐深入.其中,RNA切割作用作为脱氧核酶最重要的一种特性,是目前研究热点.而脱氧核酶发挥RNA切割作用需要辅因子(金属离子、中性分子、细菌等),因此,基于此特性,DNAzyme不仅被广泛用于金属离子和生物分子检测,而且被应用于特异性切割mRNA阻断蛋白的翻译,从而用于多类临床疾病的治疗.本文系统总结了DNAzyme在金属离子和生物分子检测以及在基因治疗方面的研究进展,并对其在动物体内对目标分子的高灵敏度、低浓度特异性检测及发挥切割活性进而达到疾病治疗做出了展望.     

PP4低表达对人乳腺癌细胞MCF7增殖的影响

蛋白磷酸酶4 (protein phosphatase 4, PP4)在果蝇、线虫及哺乳动物细胞中都可定位于中心体上, 且在果蝇和线虫中参与了中心体成熟. 为探讨PP4在哺乳动物细胞中的功能, 通过RT-PCR的方法扩增得到PP4基因全长序列, 构建pEGFP-C1-PP4融合蛋白表达质粒. 将该质粒转染MCF7细胞, 用间接免疫荧光技术确认PP4在MCF7细胞中的中心体定位. 将PP4蛋白中非磷酸酶保守区序列作为反义抑制作用的靶序列, 构建真核表达重组质粒pXJ41-as-PP4并转染MCF7细胞, G418筛选获得稳定的PP4表达受抑制的细胞株MCF7pXJ41-as-PP4. 对此细胞株进行细胞形态、骨架结构、生长特性及有丝分裂过程观察分析, 发现其生长速率明显减慢, 血清依赖性增强, TdR双阻断进行周期同步化结合流式细胞术以及有丝分裂指数分析发现细胞进入M期受阻. 间接免疫荧光检测发现, 细胞中微管组织紊乱, 细胞核物质增加, 细胞群体中多核细胞比例增加, 有丝分裂过程发生异常, 出现较多多极分裂现象. 这些结果表明, 在哺乳动物细胞中, PP4的正常表达对中心体正常行使微管组织功能是必要的, 抑制PP4表达将导致细胞增殖及周期进程发生异常.     

Allexivirus属的一个新成员——大蒜病毒E的基因组全序列测定和系统树分析

测定了一个从浙江余杭大蒜中分离到的Allexivirus属成员的基因组全序列,单链正性病毒基因组含8451个核苷酸,6个ORF,与其他Allexivirus属成员的基因组全序列的核苷酸同源性仅为62.8%～64.8%;ORF1～ORF6编码蛋白的氨基酸同源性分别为67.6%～78.5%,55.4～66.2%,56.7%～66.4%,40.3%～55.6%,66.3%～79.9%和52.2%～68.8%,进一步分析显示,此病毒与其他病毒的差异和该属中远缘病毒间的差异相似,外壳蛋白核心区域氨基酸序列同源性仅为63.9%～79.8%,远低于该属不同病毒的国际分类标准,应归类为Allexivirus属的新成员,命名为大蒜病毒E,病毒不同编码蛋白序列的进化树分析也进一步证明了该病毒与其他病毒的亲缘关系。     

tsRNAs及其对植物响应非生物胁迫时基因表达的调控

转运RNA(tRNA)衍生的小RNA(tRNA-derived small RNAs, tsRNAs)是一类新兴的保守非编码RNA,通常由在胁迫条件下发生的核酸内切酶切割t RNA前体或成熟t RNA而产生. tsRNAs主要有两种类型,即tRNA衍生的胁迫诱导RNA(tRNA-derived stress-induced RNAs, tiRNAs,也称为tRNA半分子(tRNA halves, tRHs))和t RNA衍生的片段(tRNA-derived fragments, tRFs),两者在成熟t RNA或tRNA前体的切割位点不同. tsRNAs在原核生物和真核生物中都广泛存在,呈现时空特异性表达模式以发挥其功能,它们的失调会引发内稳态失衡(homeostatic imbalance).越来越多的证据表明, tsRNAs主要通过调控基因表达的转录、转录后和翻译水平在各种生物学过程中发挥重要作用.因此,研究tsRNAs的生物学功能及其作用分子机制已成为小分子非编码RNA领域的一个新研究热点.本文主要综述了tsRNAs的分类、生物发生、特征和生物学功能方面的进展,重点介绍了tsRN...