利用肝脏类器官探究CEBPD和HMGA2对胆管细胞向肝细胞转分化的作用

肝脏是人体内最大的实质器官,负责机体的代谢解毒,具有较强的再生能力,在重度损伤条件下胆管细胞能够转分化为肝实质细胞,以补充损伤的肝实质细胞,但是具体机制尚不清楚。胆管类器官在体外可长期扩增并保持向肝实质细胞分化的潜能,同时利用腺相关病毒AAV载体可实现胆管类器官高效基因操纵。我们结合AAV介导的基因操纵与胆管类器官分化模型,探究了转录因子HMGA2及CEBPD在肝脏细胞谱系转化过程中的重要功能。研究结果发现过表达HMGA2能够抑制胆管细胞向肝实质细胞的分化,而过表达CEBPD可以促进胆管细胞向肝实质细胞分化。我们的工作揭示了HMGA2和CEBPD作为新的转录调节因子,可能参与胆管细胞的谱系维持以及肝实质细胞的分化。     

牛泡沫病毒内部启动子上顺式作用元件具有增强子特性

以牛泡沫病毒（bovine foamy virus,BFV)中国毒株BFV3026为材料，研究env基因内部启动子（internal promoter,IP)上顺式作用元件的功能特点，用PCT方法进行系列缺失，将IP中BFV反式激活因子Tas 应答元件（TRE^IP）精确定位于TATA盒近上游的72bp区段中（9205－9276）。发现此段可激活同源及异源启动子，具有典型增强子特性；此区段与已知SFV－1 TRE^IP近启动子区和SFV－3TRE^IP近启动子区和SFV－3TRE^IP序列同源性高，都具有核因子NF－1（nuclear factor1）的结合位点, 位置相同，推测此类顺式作用元件具有相似功能特点。     

隔离子

隔离子作为一种转录调控因子，可以调节增强子和启动子之间的相互作用，也可以保护基因免受沉默效应的影响．本文从隔离子的生物学功能、作用特点和作用机制几个方面对其进行了介绍．     

基于多粒度网络预测增强子-启动子相互作用

准确识别增强子-启动子相互作用（EPIs）对疾病来源追踪和发展基因疗法有重要意义。现有预测方法缺乏对序列不同粒度信息的关注,提取增强子、启动子序列包含的不同粒度特征有助于从多层级分析EPIs。因此,提出EPIs预测模型EPI-PBGA(Parallel BiGRU Attention Network),分别通过卷积子网络和双层双向门循环单元（BiGRU）注意子网络提取序列的细粒度、粗糙粒度特征。基于EPIs普遍存在的细胞特异性,在不同细胞系进行粒度选择,选定最优粗糙粒度,同时通过双层BiGRU注意网络提取元件子序列中存在的多种关联特征。实验结果表明,EPI-PBGA在6个基准数据集表现出较好性能,有效预测EPIs。     

大豆GeBP转录因子家族基因生物信息学分析

利用生物信息学方法鉴定了9个大豆GmGeBP基因,并对基因及蛋白结构和性质、染色体分布、亚细胞定位、系统进化关系进行预测分析。结果显示,9个GmGeBP基因分布在大豆的7条染色体上,它们所编码的肽链长度在353～448个氨基酸之间,等电点范围处在4.65～9.08之间;9个GmGeBP蛋白序列中均含有1个DUF573基序;9个GmGeBP蛋白含有不同数量的丝氨酸、苏氨酸和酪氨酸磷酸化位点,且它们均定位于细胞核中;9个GmGeBP蛋白和18个拟南芥AtGeBP蛋白可分为5个进化枝。以上结果为系统研究GmGeBP基因功能提供理论依据。     

AcNPV增强子hr5增强HBsAg基因表达的研究

用形成包涵体（ＯＯＣ＋）并能利用人工合成启动序列和多角体ＸＩＶ启动子表达外源基因的转移载体质粒ｐＳＸＩＶＶＩ＋Ｘ３将多角体基因、乙型肝炎病毒表面抗原（ＨＢＳＡｇ）基因和苜蓿丫纹夜蛾核型多角体病毒（ＡｃＮＰＶ）的增强子ｈｒ５部分序列同时插入无包涵体的粉纹夜蛾核型多角体病毒ＴｎＮＰＶ－ＳＶＩ－Ｇ基因组中，得到两株高效表达ＨＢｓＡｇ基因又形成包涵体的重组病毒ＴｎＮＰＶ－ｓｈｒ３５－ＯＣＣ＋和ＴｎＮＰＶ－ｓｈｒ２６－ＯＣＣ＋．对重组病毒的酶切鉴定、ＤＮＡ斑点杂交和Ｓｏｕｔｈｅｒｎｂｌｏｔ分析证实，外源基因及其相应的启动子和增强子序列已正确插入病毒基因组中．插入顺序中，ｈｒ５增强子是插入ＨＢｓＡｇ基因下游，多角体基因与ＨＢｓＡｇ基因方向相反．１２５Ⅰ－固相放射免疫检测和Ｗｅｓｔｅｒｎｂｌｏｔ结果表明，ＨＢｓＡｇ基因在昆虫离体细胞中得到高效表达并保留了抗原活性．ＴｎＮＰＶ－ｓｈｒ２６－ＯＣＣ＋和ＴｎＮＰＶ－ｓｈｒ３５－ＯＣＣ＋表达的ＨＢｓＡ吕蛋白与没有插入增强子序列的重组病毒ＴｎＮＰＶ—ＨＢｓ８５－ＯＣＣ＋的比较，分别提高了４０％和４６％．     

在APAP、TAA诱导的肝细胞药物性损伤中C/EBPβ对FXR的调控机制

目的:通过生物信息学分析寻找对乙酰氨基酚(APAP)诱导药物性肝损伤(DILI)过程中的关键基因，并研究在APAP、硫代乙酰胺(TAA)介导的小鼠肝细胞药物性损伤中，CCAAT/增强子结合蛋白β(C/EBPβ)对法尼醇X受体(FXR)的调控机制。方法:采用生信分析筛选APAP诱导的DILI模型中的关键基因；通过RT-qPCR、Western blot法检测不同浓度的TAA(0、13、33 mmol/L)、APAP(0、2、5μmol/L)对小鼠肝细胞AML12中C/EBPβ及FXR的mRNA及蛋白水平表达的影响。针对C/EBPβ基因设计两条不同的shRNA,并分别克隆至pLKO载体，用于构建C/EBPβ稳定敲低的AML12细胞系；通过流式细胞术分析TAA、APAP对AML12细胞凋亡的影响。结果:(1) FXR是APAP所致DILI模型中的关键性基因；(2)TAA和APAP导致AML12小鼠肝细胞损伤中FXR的mRNA及蛋白表达水平均显著降低；(3)TAA和APAP导致AML12小鼠肝细胞损伤中C/EBPβ蛋白表达水平显著降低；(4)C/EBPβ稳定敲低的AML12细胞系中FXR的mR...