一种家猪基因组PCR—RAPD反应体系的建立

以家猪血样为ＤＮＡ提取材料 ，建立了用改进方法提取ＤＮＡ为模板进行ＰＣＲ－ＲＡＰ 分析的最佳条件，获得稳定而理想的ＰＣＲ－ＲＡＰＤ扩增结果。     

人类基因组作图测序计划的进展

一、人类基因组作图1．遗传图遗传图亦称遗传连锁图，是以“遗传标志”为位标，以经典的“遗传距离”厘摩（centimorgan，CM，即两标志间发生1／1O0重组的可能性）为图距单位，“定点测距”而绘制的基因组图谱。遗传图的绘制首先是寻找“遗传标志”。经典的遗传标志包括各种性状标志，如血型标志（红细胞ABO血型）、蛋白质和同工酶标志、HLA免疫蛋白标志等。DNA测试技术的进展产生了第一代DNA标志─—限制性片段长度多态性（Restrictionfrag－mentlenothPolymorphism，RFLP）。第一张以RFLPS为位标的遗传图对亨廷顿舞蹈病（Hunti…     

疯狂扩张的基因帝国

10多万种人类基因,决定着个体和种族之间的差异。基因如同决定人类命运的一幅神秘纸牌。如果能把它们全部打开,人类就有可能彻底免去一切病痛,包括癌症和精神分裂症。许多人不知道,为暴利驱使的野心家们已在暗中建立起了一个基因帝国,妄想把全人类的基因据为己有。中国人的珍贵基因自然也在他们的觊觎之下……     

中英美科学家宣布启动国际“千人基因组计划”

由中国、英国和美国的科学家组成的“国际协作组”，22日在深圳、伦敦和华盛顿同时宣布：国际“千人基因组计划”正式启动。这一宏伟计划将测定选自全世界各地的至少一千个人类个体的全基因组DNA序列，绘制迄今为止最详尽的、最有医学应用价值的人类基因组遗传多态性图谱。     

攀登21世纪生命科学的通天塔——漫谈《生物物理学:能量、信息、生命》

20世纪初人们已经意识到，尽管从化学的角度看生物体仿佛一杯羹，但生物体却能做到羹无法完成的很多事情。薛定谔（E．Schroedinger）在《生命是什么》（1944年）中就提出了生物体如何从食物中创建秩序及做功这一难题。到20世纪中叶，DNA双螺旋结构的发现使人们明白,生命的奥秘可以通过研究大分子得以揭示，由此人类进入了历史上最具革命性和深远意义的分子生物学时代，并在此后长达50余年的时间里一直维持着知识爆炸式增长的态势。在20世纪末的最后几年里，生命科学捷报频传：首先是1997年“多莉羊”的诞生，接着是2000年美英首脑同时宣布人类基因组草图的问世。     

从"同一性"到"多样性"

人类遗传多样性是生物多样性的重要组成部分。遗传多样性是指生物基因组在长期进化过程中积累起来的遗传变异。这些变异可以是有益的、中性的或有害的;其中一些被保存下来,导致不同种族、群体和个体间基因组的差异,那就是遗传多态性。人类遗传多样性寓于世界民族和各遗     

CRISPR-Cas9系统定向编辑TCR基因的sgRNA筛选

为构建靶向T细胞抗原受体(T Cell Receptor,TCR)基因的CRISPR-Cas9基因组编辑系统,基于p X458质粒构建靶向TCR基因β链C区的CRISPR-Cas-sgRNA质粒,将其转染Hep G2细胞系,用流式细胞术检测转染效率;转染48 h后提取Hep G2细胞基因组DNA,扩增含有编辑位点的片段,测序分析该片段的峰图改变;对出现双峰的扩增片段做T-A克隆后测序分析,确定基因编辑发生的位置,并结合转染效率计算基因编辑效率.结果表明,成功构建含有3种sgRNA序列(N1、N2、S1)的p X458-sgRNA质粒,其转染效率分别为38.5%(N1)、39.7%(N2)和24.2%(S1);基因组PCR产物测序分析发现,S1组扩增片段在打靶位置出现杂峰;T-A克隆测序发现,20克隆有4个发生了基因编辑(20%),结合转染效率(24.2%)可知,编辑效率约为83%.可见,本文成功构建靶向TCR基因的CRISPR-CassgRNA质粒,并鉴定出基因编辑效率较高的一种sgRNA序列.     

产活性氧假交替单胞菌GCY全基因组序列分析

生物源活性氧(reactive oxygen species, ROS)是环境ROS的重要来源,在生物元素地球化学循环中发挥着重要作用.但目前关于产ROS微生物的生物学信息尚不完善,影响微生物ROS产生的因素也未知.为此从近海沉积物中分离得到一株产胞外ROS的假交替单胞菌GCY(Pseudoalteromonas sp.GCY),利用全基因组测序表征了其潜在生物学功能.结果表明菌株GCY基因组大小为5.47 Mb, GC含量为43.39%,与胞外ROS产生相关的基因包括lodA、lodB和nqrA-F等.此外,氨基酸和Na⁺被证实影响胞外ROS的产生.进一步通过比较基因组分析,推测具备产胞外ROS能力的微生物在环境中广泛存在.综上,提供了产胞外ROS微生物全基因组分析报告,在分子水平上加深了对生物源ROS产生的理解,为开发利用各种环境中生物源ROS及认知生物源ROS的环境意义提供了重要视角.     

基于三代长读长测序数据的基因组组装算法分析

目的 指出当前已有的基于三代测序数据的基因组组装方法的缺陷,并提出改进措施,以提高组装的准确率与运行效率。方法 深入分析当前基于三代长读长测序技术的基因组组装方法,包括基于“校正后组装”策略的FALCON,Canu和MECAT组装方法,基于“组装后校正”策略的Flye和Wtdbg2组装方法,指出不同策略的优缺点。结果与结论综合2种组装策略的优势,提出了可以融合2种组装策略优势的新的基因组组装方案,解决了当前基于三代测序数据的基因组组装中的难点。     

Analysis of simple sequence repeats markers derived from Phytophthora sojae expressed sequence tags

Five thousand and eight hundred publicly available expressed sequence tags (ESTs) of Phytophthora sojae were electronically searched and 415 simple sequence repeats (SSRs) were identified in 369 ESTs. The average density of SSRs was one SSR per 8.9 kb of EST sequence screened. The most frequent repeats were trinucleotide repeats (50.1%) and the least frequent were tetranucleotide repeats (8.2%). Forty primer pairs were designed and tested on 5 strains of P. sojae. Thirty-three primer pairs had successful PCR amplifications. Of the 33 functional primer pairs, 28 primer pairs produced characteristic SSR bands of the expected size, and 15 primer pairs (45.5%) detected polymorphism among 5 tested strains of P. sojae. Based on the polymorphisms detected with 20 EST-SSR markers, the 5 tested strains of P. sojae were clustered into 3 groups. In this study, the SSR markers of P. sojae were developed for the first time. These markers could be useful for identification, genetic variation study, and molecular mapping of P. sojae and its relative species.