欧洲山杨bHLH转录因子家族全基因组分析

为了研究欧洲山杨中bHLH转录因子家族成员的分类和进化,分析其在干旱胁迫应激中可能行使的功能,本研究利用多种生物信息学手段从全基因组水平鉴定和解析欧洲山杨bHLH转录因子,并对干旱胁迫下的欧洲山杨根部转录组进行分析.结果显示,欧洲山杨的基因组中有167个bHLH转录因子家族蛋白.通过与拟南芥bHLH蛋白序列进行系统发育分析将其分为15个亚家族,并推测出39个PtbHLH的功能,这些功能表明bHLH转录因子家族涉及到欧洲山杨生长发育的多个生理过程.基因结构和motif分析显示,同一亚家族中几乎所有的PtbHLH都有相似的外显子/内含子排布和蛋白质motif结构.此外,利用RNA-seq数据分析干旱胁迫处理下PtbHLH基因的表达情况,筛选出4个潜在的bHLH抗旱蛋白.     

单核苷酸多态性在近交系小鼠遗传检测方面的研究进展

随着分子生物学技术的迅速发展,单核苷酸多态性(SNP)检测技术也得以不断的完善和发展。SNP作为第三代遗传标记,已经成为小鼠遗传检测的重要手段。SNP检测是在DNA水平进行的检测,依赖于完整的基因组信息注释。本文概述了小鼠基因组学的发展,以及SNP在近交系小鼠遗传检测方面的研究进展。     

香委陵菜的叶绿体全基因组

报道香委陵菜(Potentilla suavis)的叶绿体全基因组。香委陵菜的叶绿体基因组为环状分子,全长155 044 bp。基因组呈现典型的四分体结构:包括一个大单拷贝区(large single copy,LSC)、一个小单拷贝区(small single copy,SSC)和1对被大小单拷贝区隔开的反向重复区(inverted repeats,IRa和IRb),长度分别为84 334 bp、18 452 bp和26 129 bp。香委陵菜叶绿体基因组共有129个基因,包括84个蛋白质编码基因,37个转运RNA(tRNA)基因和8个核糖体RNA(rRNA)基因,其中17个基因含有2个拷贝。系统发育分析表明,在当前类群取样下香委陵菜与紫花委陵菜(Potentilla purpurea)为姐妹群。     

利用形态性状以及SSR标记鉴定4个川西北老芒麦品种(系)

基于23个形态性状和SSR分子标记,对在川西北推广应用的老芒麦(Elymus sibiricus)3个国审品种(‘川草2号’、‘阿坝’和‘康巴’)及1个新品系(‘雅江’)进行了鉴定研究.各品种表型性状与遗传背景差异较明显.新品系‘雅江’表现出优良的农艺性状,在株高、叶长、叶宽、茎粗等形态性状均值显著高于3个对照品种(P<0.05).13对多态性好、特异性强、条带清晰的SSR引物在4个品种(系)共扩增出90条带,其中具有多态性的条带共68条,引物多态性条带比例(PPB)、多态性信息含量(PIC)及Shannon多样性指数(H)的平均值分别为76.32%、0.309及0.451,在供试品种(系)中均表现出较高的多态性.基于形态数据的欧氏距离和基于SSR数据的遗传距离矩阵之间具有较强的相关性(r=0.696,P=0.08),表明联合形态学标记和遗传标记能很好的用于品种鉴定,并且基于形态数据以及SSR分子标记的UPGMA聚类结果基本一致.筛选出4对引物可用于供试品种鉴定,并绘制了DNA指纹图谱.新品系‘雅江’具有明显区别于其它3个主推品种的形态特征和遗传背景,这为川西北高原老芒麦主要品种的遗传关系分析及品种的知识产权保护提供了支撑数据.     

我国率先构建野生大豆泛基因组

正中国农业科学院作物科学研究所与诺禾致源等合作,在国际上率先构建和分析了一年生野生大豆的泛基因组,为作物种质资源研究和利用提供了新的方法和启示。项目牵头人、中国农科院作科所研究员邱丽娟介绍,大豆是重要的油料和高蛋白粮饲兼用作物。栽培大豆由其祖先种一年生野生大豆经过人工选择进化而来,其中所蕴藏的优异基因的开发和利用对拓宽现代大豆品种的遗传基础,改良品质,提高对病     

等位菜豆凝集素含量与SSR标记的关联分析

菜豆豆荚中的凝集素(Phytohaem agglutinin, PHA)是其食用过程中致使人中毒的主要因素。为探究菜豆种质资源中PHA含量差异，挖掘与PHA含量显著相关的功能标记，测定了64份菜豆品种两年中PHA含量变化，设计并筛选出60对SSR(Simple sequence repeats)标记，对菜豆种质进行群体遗传结构分析，并利用TASSEL 2.1软件中的一般线性模型(Generalized linear model, GLM)对菜豆凝集素的含量性状进行关联分析。结果表明，64份菜豆品种中，2018年凝集素含量为0.015～1.564 mg·g^-1,平均值为0.721 mg·g^-1,2019年凝集素含量为0.041～1.850 mg·g^-1,平均值为0.737 mg·g^-1;60对SSR标记共检测到219个等位位点；遗传相似系数(Genetic similar cofficient, GS)为0.694时，64份菜豆种质可聚为2个类群。关联分析显示，两个等位位点与菜豆凝集素含量性状显著相关...     

含有反转、删除或插入操作的部分排序基因组重组

Zheng等给出了一个只含有反转操作的部分排序基因组重组的算法.本文推广了这一结果,给出了允许有删除或插入操作的两个含有不同基因集合的部分排序基因组重组的算法.     

中国“芯”不是梦

<正>新一期全球超级计算机500强榜单2016年6月20日公布,使用中国自主芯片制造的"神威太湖之光"登上榜首,这是中国"芯"走上自主之路的里程碑式事件,意味着中国掌握了超算制造的主要核心技术。中国超级计算机拥有中国"芯"终于不再是梦想,而是成为了再真实不过的现实。超级计算机是国家科研的一个基础工具,为解决经济、科技等领域一系列重大挑战提供了重要手段,对提升综合国力具有战略意义。然而,无论是当年"天河一号"打破美日占据500     

科学家提出向外太空播种生命

<正>关于生命开始于地球的理论有许多,其中一个叫有生源说。根据这个理论,一颗源自太阳系内火星等行星的小行星或彗星上的微生物形式最早把生命带到地球。但反过来是否有可能?我们能否把人类生命发送到宇宙,"种"出另一个世界?一些研究人员认为这是可行的。2014年5月在华盛顿哥伦比亚特区《史密森尼》杂志举办的一次题为"未来是节日"的谈话中,美国宇航局工程师亚当·瑟尔茨纳尔在谈到未来的太空探索时,除了重申我们继续载     

接种疫苗防流感

<正>又到秋冬之交,我国很多地方开始进入流感高发期。流感是由不同类型的流感病毒引起的,历史上的流感大流行曾经造成数千万人的死亡。接种流感疫苗是控制与预防流感大规模流行的有效办法。