CRISPR-Cas9系统定向编辑TCR基因的sgRNA筛选

为构建靶向T细胞抗原受体(T Cell Receptor,TCR)基因的CRISPR-Cas9基因组编辑系统,基于p X458质粒构建靶向TCR基因β链C区的CRISPR-Cas-sgRNA质粒,将其转染Hep G2细胞系,用流式细胞术检测转染效率;转染48 h后提取Hep G2细胞基因组DNA,扩增含有编辑位点的片段,测序分析该片段的峰图改变;对出现双峰的扩增片段做T-A克隆后测序分析,确定基因编辑发生的位置,并结合转染效率计算基因编辑效率.结果表明,成功构建含有3种sgRNA序列(N1、N2、S1)的p X458-sgRNA质粒,其转染效率分别为38.5%(N1)、39.7%(N2)和24.2%(S1);基因组PCR产物测序分析发现,S1组扩增片段在打靶位置出现杂峰;T-A克隆测序发现,20克隆有4个发生了基因编辑(20%),结合转染效率(24.2%)可知,编辑效率约为83%.可见,本文成功构建靶向TCR基因的CRISPR-CassgRNA质粒,并鉴定出基因编辑效率较高的一种sgRNA序列.     

基于SNP分子标记的华东地区松材线虫种群遗传分化研究

【目的】华东地区的苏浙皖鲁是中国松材线虫病发生最早的4个省区,华东地区也是松材线虫最适生长区,研究该区域松材线虫种群的遗传分化情况,可为建立我国松材线虫病的疫源追溯体系提供重要的基础信息。【方法】收集华东地区安徽(AH)、福建(FJ)、江苏(JS)、江西(JX)、山东(SD)和浙江(ZJ)6个省份的60个县级行政区松材线虫病疫木样本,经过分离纯化获得虫株,提取虫株DNA并进行高通量全基因组重测序,运用生物信息学软件分析各区域松材线虫虫株的SNP位点数量和种类,依此遗传标记采用聚类分析方法比较各区域不同虫株间的遗传分化情况,后采用Treemix分析群体间的基因渗入路线。【结果】共分离收集到华东地区松材线虫虫株67个,对所有虫株进行全基因组测序。经序列比对分析,67个虫株中共有SNP基因型12种,其中A→G、C→G、C→T、G→A、G→C、T→C这6种基因型出现的频率明显高于其他6种基因型。从67个虫株中共获得6 531 684个SNP位点,不同虫株间的SNP位点数量存在差异。不同地理区域松材线虫的SNP总数、纯合子数量、缺失SNP数量以及特有SNP数量在省际均未表现显著差异,与入侵时间也无特别显著的相关性。主成分分析结果表明,67个虫株可以分为3个类群,各类群与地理来源存在着一定的相关性。大多数虫株属于类群1,它包括了所有的浙江虫株和江西虫株,以及其他4个省份的大多数虫株;类群2涉及江苏、安徽、山东和福建的14个虫株;类群3仅涉及安徽、福建和山东的7个虫株。通过Treemix检测得到2条基因迁移路线,分别为类群2的江苏(2-JS)向类群1的安徽(1-AH)迁移、类群3的山东(3-SD)向类群2的安徽(2-AH)迁移。【结论】华东地区松材线虫虫株存在较为丰富的SNP位点,不同虫株间SNP特征存在较大差异,SNP多样性变化与入侵时间没有呈现明显规律性。总体上华东地区松材线虫虫株可以分为3个类群,不同类群与地理区域间呈现一定的相关性,在1-AH和2-AH所在区域可能存在被其他区域的其他类群虫株再次入侵的情况。     

植物叶绿体基因组研究及应用进展

叶绿体是植物进行光合作用的主要场所,是植物细胞特有的细胞器.叶绿体具有相对独立的遗传物质,是半自主性细胞器.本文从叶绿体起源,叶绿体DNA的遗传方式,叶绿体基因组的基本结构以及叶绿体基因组的进化四个方面综述了叶绿体基因组的研究进展.另外,综述了叶绿体基因组在系统发育基因组学、居群遗传学、谱系地理学和叶绿体基因工程中的应...     

基于三代长读长测序数据的基因组组装算法分析

目的 指出当前已有的基于三代测序数据的基因组组装方法的缺陷，并提出改进措施，以提高组装的准确率与运行效率。方法 深入分析当前基于三代长读长测序技术的基因组组装方法，包括基于“校正后组装”策略的FALCON,Canu和MECAT组装方法，基于“组装后校正”策略的Flye和Wtdbg2组装方法，指出不同策略的优缺点。结果与结论综合2种组装策略的优势，提出了可以融合2种组装策略优势的新的基因组组装方案，解决了当前基于三代测序数据的基因组组装中的难点。     

关于人类基因组的20个事实

1，基因组是需要制造人类全部加密的指令清单。     

大鼠APKD基因分子克隆研究

以人ＡＰＫＤ基因探针２１８Ｅｐ６在大鼠基因组文库中筛选到阳性克隆ｐＭ１，经充分鉴定证实含有探针的同源顺序。     

λ噬菌体的溶原和溶菌过程与基因表达的时序控制

本文从λ噬菌体的生活周期入手，介绍了λ噬菌体的基因组结构及基因的表达过程和方式，展示了λ基因组表达的时间流程．     

大猩猩DNA揭开我们自身的秘密

多亏这只名叫卡米拉的大猩猩,最后一种大型类人猿有了它完整的基因组序列。实验结果表明了人类与大猩猩之间的关键相似之处——它们是继黑猩猩后第二种与人类最为相似的近亲。英国剑桥大学桑格学院的理查德？德宾带领着他的国际研究团队,通过几种不同的测序技术,将西部低地大猩猩的基因组拼凑了起来。这个基因组包含了超过30亿对DNA＂字母＂,几乎与人类的相同,并且还包含了大约21000个基因。早些的分析表明,大猩猩这个分支是大约1000万年前从其他大型类人猿分离出来的,这比黑猩猩与人类分离的时间还要早大约300万年。所以，黑猩猩与人类有更多的共同之处就并不奇怪了——在已发现的70％的大型类人猿的遗传物质序列中，黑猩猩与人类这两个物种的联系比大猩猩与黑猩猩、大猩猩与人类都要更为紧密。     

我校2项目获2010年度国家科技部立项

近日,国家科技部公布了国家星火计划、火炬计划、重点新产品计划、软科学研究计划立项项目名单。我校工学院洛藏副教授申报的＂藏汉英电子词典硬件产品＂（项目编号2010GH011749）获国家火炬计划立项,经济与管理学院张阿兰副教授申报的＂西藏金融安全预警系统研究＂获国家软科学研究计划立项（项目编号2010GXS5D260）。