EBD(1,2)的参数化动态规划算法改进

为了提高Z.Wei和D.Zhu的算法的计算效率,通过引入全局变量Map数组避免重复计算基因家族的邻接关系,将Z.Wei和D.Zhu的固定参数算法的时间复杂度改进为O(s~24~sn),空间复杂度保持O(s4~sn);当给定基因组是有向时,适当地修正之后,证明了Z.Wei和D.Zhu的固定参数动态规划算法适合求解有向(1,2)-范例断点距离.相关算法可使用C++来实现,仿真实验进一步验证了改进算法的有效性.     

The structure-based design of zinc finger nucleases can facilitate genomic editing

A recent study of significant research value carried out at the State Key Laboratory of Biocontrol, School of Life Sciences, Sun Yat-Sen University, Guangzhou,     

不同生活习性下原核生物基因组大小与GC含量的关系研究

 对原核生物基因组的研究显示,基因组GC含量与基因组大小和氧气偏好性等因素存在着一定的相关性。为了探索基因组大小与GC含量的相关性是否受原核生物生活习性的影响,选取了有代表性的411种原核生物（包括古细菌与真细菌）,分别从最适生长温度、氧气偏好性、运动特性、水生特性和寄生特性等因素进行分析,发现基因组大小与GC含量的相关性确实受这些因素的影响,而寄生原核生物中显示出最好的相关性。     

从RNA走向DNA——细胞基因组的发生与形成

基因和基因组的发现为研究物种的进化提供了物质基础,物种进化的本质是细胞基冈组的进化,以此可完美地阐明达尔文的进化论,但细胞基因组本身是如何发生与形成的.目前尚未阐明,甚至有的科学家还认为生命最初是一堆有机分子偶然聚集在一起形成的.     

翼上长爪的怪鸟

麝雉小鸟出世后前肢上会出现两个可以自由活动的爪趾,它能紧紧钩住树枝不放。有人猜测,这与鸟类起源于古代树栖爬行动物有关,促使爪子发育的基因一直存在于鸟类的基因组之中。     

基于AHP的滨海潜在旅游资源评价——以福清市东壁岛旅游度假区为例

基于滨海潜在旅游资源的特点,按照实用性、综合性、代表性、科学性、可操作性的原则,采用AHP法(层次分析法)构建滨海潜在旅游资源评价体系,对潜在旅游资源进行定量分析,然后采用该评价体系对福清市东壁岛旅游度假区进行评价,旨在验证该评价体系的可行性和促进潜在旅游资源的开发发展提供参考.     

在大肠杆菌和沙门氏菌中整合位点为tmRNA 的串联基因岛的模式和整合的时序性

tmRNA 是部分tRNA 和一小段mRNA 的结合体, 已被证明是作为基因水平转移产物之一的基因岛的整合位点. 我们通过序列比对和比较基因组学的方法确定了散布在肠杆菌科的13 个属中整合位点为tmRNA的68 个基因岛, 其中53 个基因岛属于大肠杆菌(Escherichia coli)和沙门氏菌(Salmonella enterica). 在这53 个基因岛中, S. enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483 等8 个基因组, E. coli S88 和E. coli O55:H7 str. CB9615 中发现了2 个及以上连续的基因岛, 即形成了串联基因岛. 其中, S. enterica subsp. enterica serovar Typhimurium SL1344 中发现在该位点有3 个连续的基因岛组成的串联基因岛. 通过在大肠杆菌和沙门氏菌已测序的基因组中分析整合位点为tmRNA 的可变区, 发现大多数的基因组除了在可变区中包括了基因岛区之外, 还有一段残余的可变区. 确定了串联基因岛进入基因组的时间顺序, 即远离tmRNA 的基因岛先于靠近tmRNA 的基因岛整合进入该基因组中. 上述的基因岛中整合酶主要有3 种类型, 分别是HP1 整合酶, PhiCTX 整合酶和P4 整合酶, 以P4 整合酶所占的比例最多. 在串联基因岛中, 远离tmRNA 的基因岛中的整合酶是P4 整合酶, 其次是PhiCTX 整合酶,最靠近tmRNA 的基因岛所用的整合酶是HP1 整合酶, 由此可以得出tmRNA 是研究串联基因岛的遗传与进化的重要位点的结论.     

亚硝胺类化合物诱导小鼠食管病变与基因组甲基化的关系研究

研究亚硝胺类化合物诱导小鼠食管发生病变与基因甲基化的关系,在亚硝酸钠（NaNO2）和N,N-二甲基苄胺（N,N-Dimethylbenzylamine）混合物诱导小鼠食管病变过程中,定期取小鼠食管,一部分做病理切片观察组织学变化;另一部分提取组织DNA做变性高效液相色谱（Denaturing High Performance Liquid Chromatography,DHPLC）,检测基因组甲基化修饰的改变。结果在亚苄混合物诱导的小鼠食管癌变过程中,全基因组甲基化修饰是逐渐降低的,在达到一定程度后即保持一种稳态。此时组织病理学才发生光镜下可见的改变。说明全基因组甲基化修饰的逐渐降低可能是亚硝胺类化合物诱导食管发生病变的途径之一．这种基因修饰的变化有助于进一步研究食管鳞癌发生的分子机制。     

基于毛花猕猴桃基因组的性别相关SSR分子标记的开发

猕猴桃作为雌雄异株植物,其早期性别鉴定对于育种和增加其经济价值有着重要意义。文章通过开发毛花猕猴桃性别相关的简单重复序列(simple sequence repeat, SSR)分子标记,以期能在早期鉴定出毛花猕猴桃雌雄植株,提高毛花猕猴桃资源利用率。利用MISA工具从毛花猕猴桃雌雄基因组的29条染色体筛选获得381 250个SSR位点,并对SSR位点的数量与分布特征进行统计分析。设计合成150对引物,利用毛花猕猴桃基因组DNA作为模板,采用普通聚合酶链式反应(polymerase chain reaction, PCR)扩增的方法以及聚丙烯酰胺凝胶电泳(PAGE)分离检测方法筛选出具有性别差异扩增片段的SSR引物。其中序号为Primer000181的引物表现为雄性特异。在毛花猕猴桃5个雄株、2个雌株样本中进行验证,其表现均与前文一致。结果表明利用毛花猕猴桃基因组开发性别鉴定相关SSR分子标记具有可行性,并筛选出1对可以鉴定毛花猕猴桃雌雄植株的引物,能够在毛花猕猴桃生长早期可靠、快速地鉴定其性别。     

蟑螂浓核病毒全核苷酸序列与基因组结构

测定了黑胸大蠊浓核病毒（ｐｆＤＮＶ）复制型（ＲＦ）ＤＮＡ的核苷酸序列,确定ｐｆＤＮＶ基因组全长为５４５４个核苷酸,基因组两末端存在典型的发夹结构和侄 置重复序列,ＰｆＤＮＶ基因正链有４个大的可读框（ＯＲＦ）,负链含３个大的可读框,并且可读框都集中在敏条链的５′端,两个可能的功能性启动了分别位于图距单位３和９７处,基因组存在基因重叠现象和内含子区域,半对ｐｆＤＮＶ基因组与同科其他细小病毒进行同源性比