B样条曲线拟合Z曲线算法的实现

Z曲线方法从几何学的角度阐明了如何识别基因,它反映了DNA序列碱基分布的大体走势.本文利用B样条曲线拟合Z曲线,可大幅提高基因序列判别的效率和准确度.     

短小芽孢杆菌启动子活性片段的克隆、表达及序列特征分析

利用启动子探测载体克隆在组织培养水稻表面定殖外附生的短小芽孢杆菌的启动子活性片段。对克隆到的启动子片段进行了序列测定,证明均为新的DNA序列。通过测定CAT酶活性、对启动CAT基因转录的强度进行了分析,得到了6个较强的启动子元件。用RNA引物延伸法对启动子序列的转录起始点进行了定位,并对启动子的结构进行了初步分析,发现有3个启动子与枯草杆菌σ^29型启动子结构相似,其余两个为未知的启动子。     

藻红蛋白基因部分序列的克隆和顺序分析

报道了真核红藻－龙须菜的藻红蛋白亚基基因的部分序列,位于β亚基的近碳端,α亚基的近氮端,包括β亚基部分３０９个核苷酸,α亚基部分１６２个核苷酸,还有间隔部分５５个核苷酸,可编码β近碳端的１０２个氨基酸和α近氮端的５４个氨基酸,并与目前已知的相应序列做了比较,该序列与已知红藻ＰＥ亚基基因相应部分的相似性为７７．９％和８１．１％。对应的氨基酸序列的相似性为７９．５％到８６．５％,蛋白质序列的保守性高于     

亚洲一型口蹄疫病毒YNAs1.1株结构蛋白VP1基因的核苷酸序列分析

提取BHK21细胞增殖的亚洲一型口蹄疫病毒（foot-and-mouth disease virus Serotype Asial)强毒株YNAs1.1的RNA,用一对引物P7,P13经反转录（RT）－PCR法扩增了约674bp的DNA片段。克隆目的基因后,采用双脱氧DNA链末端终止法测得了YNAs1.1的VP1基因36－633核苷酸序列。分析表明,病毒VP1基因的核苷酸序列与以色列以及印度已报道的Asia1型FMDV的同源性分别为82.11%与88.07%,对应的氨基酸序列同源性为87.94％与93.47％。该序列在GeneBank登陆号为AF241566。     

加急订单扰动的多目标柔性作业车间动态调度问题研究

为了快速应对柔性作业车间生产过程中出现的突发状况,构建了一种以全局任务最大生产完成时间、机器负载和能耗为优化目标的多目标柔性作业车间动态调度模型.针对上述模型,采用适用于动态调度的动态交互层(DIL),在此基础上设计了多目标粒子群遗传算法(MOPSGA).采用精英基因序列化策略和基因池选拔策略增加帕累托非支配解集个数和...     

基因序列的真实EST匹配识别与外显子区鉴定

迄今已巨量积累的EST（表达序列标签）数据在寻找新基因、疾病相关基因以及识别选择性剪接与SNP位点等方面均具有重要应用价值，正确确定与基因序列真正相关的EST是有效开展这些应用研究的基础。本研究在对部分已知基因序列与EST数据库比对搜索的匹配结果进行深入分析的基础上，总结出了匹配程度检验、Gap检验、包含性检验、长度检验等多种措施对EST匹配结果的真假进行判别，并研制出了相应的分析软件EDSAc1.0，用于从基因序列的众多EST匹配中尽可能地筛选出真正相关的匹配。在此基础上，该软件可进一步鉴定出基因序列中的外显子区域。用标准测试数据集HMR195中的人类基因序列对其性能进行测试时，EDSAc1.0鉴定出的蛋白编码区在核苷酸水平上的专一性Sp达到了0.997，敏感度Sn达到了0.88，优于对国际同类软件TAP的对比测试结果。EDSAc1.0已提供网上服务（http://infosci.hust.edu.cn）。     

动态迭代聚类算法分析基因序列数据

聚类技术在知识发现方面发挥了很重要的作用，K—均值算法是聚类分析中最常用的算法，但K—均值算法必须预先选择类的数目作为先验值，即研究者需要确定数据空间内有意义类的数目．针对这个问题，本文提出一种新的聚类算法—动态迭代聚类算法，动态选取K个边缘相似度的数据对象作为最初的初始聚类点，并根据类内或类间的相似度离差程度不断地精练(合并或分割)初始类群．模拟实验结果表明，该算法提高了聚类质量，使聚类具有更高的准确性。     

柑桔种子贮藏蛋白基因部分序列的克隆

应用染色体步移技术从柑桔优良品种锦橙(Citrus sinensis cv．Jincheng)的总DNA中获得一条长度为2054bp的片段．序列分析结果表明，该片段含有柑桔种子贮藏蛋白基因(citrin)的5’端部分序列，并且它与同一物种的伏令夏橙(C．sinensis cv．Valencia)的citrin是高度同源的．从而证明，已克隆并获得了锦橙种子贮藏蛋白基因的部分序列．     

马铃薯生物信息研究平台序列分析模块的开发与应用

研究开发了马铃薯生物信息研究平台的子系统——马铃薯生物信息序列分析模块。该模块采用MATLAB7.0与C#混合编程的方案实现,即将编写的.m文件用combuilder做成COM组件,然后在C#中调用COM组件实现该功能模块。主要介绍了马铃薯生物信息研究平台序列分析模块的实现与应用,包括统计密码子、画出碱基分布密度图、查找序列ORF、相似序列搜索等。实验表明,该功能模块同目前已有的相关软件相比,使用更方便,能获得更好的分析结果。