基因革命 上海生物技术预见

现代生物技术是以生命科学为基础,利用生物(或生物组织、细胞及其他组成部分)的特性和功能,设计、构建具有预期性能的新物质或新品系,以及与工程原理相结合,加工生产产品或提供服务的综合性技术.     

欧文氏菌AEBL002菌株八氢番茄红素脱氢酶基因保守序列的克隆与同源性分析

从农田土训中分离筛选到一株产胡萝卜素菌AEBL002,提取基因组DNA,根据报告的八氢番茄红素脱氢酶基因设计PCR引物,对AEL002基因组DNA进行RCR扩增,扩增产物为一条大小约为800bp的DNA片段,在Genbank中对其进行同源性检索,发现该片段与Erwinia uredovora八氢番茄红素脱氢酶基因在732个碱基中有96．038％的一致性。     

2007:基因和分子生物医学大放异彩

人类个体基因组:精彩的故事和争论 2007年10月11日,由深圳华厦基因研究院、生物信息系统国家工程研究中心及中国科学院北京基因研究所共同绘制的第一个完整中国人基因组图谱(又称"炎黄一号")宣布完成,这也是第一个亚洲人全基因序列图谱.     

水稻内生优势菌--成团肠杆菌的鉴定及其系统发育学分析

从水稻越富品种中分离到一株代表性的内生菌株YS19,经形态、生理生化特征鉴定为成团肠杆菌(Enterobacter agglomerans).YS19菌株DNA的G+C含量为55.1%,与成团泛菌(Pantoea agglomerans)模式菌JCM1236(ATCC27155)的DNA同源性为90.1%,因此将YS19菌株归为成团泛菌.而以16SrDNA基因序列为基础的系统发育分析表明,YS19与JCM1236的16SrDNA基因的同源性仅为93.9%,并且处在两个不同的进化分支,说明两者具有不同的起源,即成因泛菌具有很大的异源性.     

MATLAB双语实验课程标准修订中的若干问题

MATLAB编程是目前理工科类专业广泛开设的一门新课程,不同院校在本课程实验课程标准制订上存在较大差异,但普遍存在学习内容与专业训练衔接不够紧密的问题.为了克服MATLAB双语实验课程学习与应用关系脱节的问题,探讨了本实验课程开设的时间和内容,并加强了设计性实验环节.本次方案修订不仅考虑到了实验内容前后的衔接性,也考虑了如何将相关领域前沿知识融入到学生实验中,让学生在设计性实验中体会到其中的乐趣,并初步了解MATLAB编程在该专业领域的应用情况,从而有效地提高教学质量.     

Large numbers of new bacterial taxa found by Yunnan Institute of Microbiology

Extreme environments, primeval forest, sea sediments and plants in China yielded members of a new suborder, Jiangellineae, a new family Sinobacteraceae, and 23 new genera of actinomycetes and other bacteria. Three suggestions were made for further discoveries of new actinomycetes. First, natural habitats such as old growth forests, and extreme environments, should be given sampling priority; second, culturing procedures need to be constantly improved to mimic natural habitats; third, less than 98.5% similarity of 16S rRNA sequence to that of a known species could be used as an indicator of a new species.     

同与不同——功能基因组学研究中的伦理学问题

作为一种适用于所有人类人种的概念，对人类生命的尊重，形成了一种称之为“人类中心主义”的观念。在这种观念支配下，长期以来，人们把采用动物实验来开发各种治疗方法以纾解人类的病痛视为一种正当的事情。但是，近期功能基因组学领域的进展，正使在动物身上进行医学研究的合理性发生了质的变化。当与人类的基因序列相似的序列在不同的物种中被鉴定出来时，人类独特性的观念受到了根本性的挑战。在本文中我们将强调指出，由于功能基因组学的新发展而带来的一种固有的紧张局面--一种存在于基因序列的科学意义与伦理学意义之闻的紧张关系--基因序列的应用目的是相同的，但伦理学意义却不同，这个问题不是很有讨论的必要吗？[编者按]     

SARS冠状病毒基因片段变异分析

采用基因序列和生物信息分析法，研究了SARS-CoV复制酶基因中4个片段。结果发现，片段Ⅰ与已报道的SARS冠状病毒ZJ01有2个位点不同，片段Ⅲ与CUHK-W1、CUHK-Su1O、HKU-39849和Hong-Kong各有1个位点的差别；片段Ⅳ与GZ01间有1个位点的变化。同时对已公布的17个全基因组序列进行比对分析。可找到共137个变异位点，其中仅出现1次的变异位点119个，间约信息位点18个。     

多重相关检验中错误发现率的控制算法

假设检验问题是通过比较p值和置信水平α的值来决定是否拒绝对应的假设,pα时我们拒绝原假设。随着试验次数的增加,在所有满足零假设为真的p值集合中,数值较小的p值存在的可能性会增加,从而使得做出错误的判断,p值调整算法可以针对多重检验有效地缓解这类问题。本文讨论多重检验的p值调整算法的功效,模拟基因序列进行多重检验分析,产生2000个模拟量(即基因数量),重复实验1000次,得到1000组p值。对每组p值使用相应的调整算法得到新的p值,比较每个算法功效的优劣。模拟结果显示在我们所选用的5种p值调整算法中,q值方法(Storey 2003)能很好地控制错误发现率(FDR)的大小,同时具有更高的功效值。     

仁扇舟蛾幼虫肠道可培养细菌群落结构分析

[目的]了解仁扇舟蛾(Clostera restitura)肠道共生细菌的主要类群及其群落结构特征,明确仁扇舟蛾幼虫前、中和后肠可培养细菌的种类及群落结构组成,为进一步研究特异功能细菌的生理生化特征和功能提供基础.[方法]选取仁扇舟蛾5龄幼虫进行肠道解剖,分离前、中和后肠不同肠段,研磨稀释10-1～10-6,分别涂布于...