五黑乌骨鸡与黄山黑鸡性能比较及微卫星多样性分析

为了解安徽地方黑鸡品种生长发育、繁殖性能和遗传距离,比较分析了五黑乌骨鸡和黄山黑鸡外貌特征、体尺发育、蛋品质和繁殖性能,以及微卫星标记在2个群体中的遗传多样性。结果表明,五黑乌骨鸡体质量、体长、骨盆宽和胫长均显著高于黄山黑鸡（P < 0.05）,胸宽和胸深显著低于黄山黑鸡（P < 0.05）,龙骨长和胫围在2品种间差异无统计学意义（P > 0.05）。五黑乌骨鸡蛋重、蛋壳厚度、蛋壳强度和蛋黄比显著高于黄山黑鸡（P < 0.05）。2品种间蛋壳厚度无统计学意义（P > 0.05）。五黑乌骨鸡的绿壳蛋率为71.2%,黄山黑鸡蛋壳粉色。MCW0034等9个微卫星标记在2个群体中共检测到140个等位基因,不同座位上的等位基因大小在56~341 bp之间;平均多态信息含量为0.760 4,平均有效等位基因数为6.428 7,平均基因杂合度为0.785 0。五黑乌骨鸡蛋品质高于黄山黑鸡,可能与体重和体尺指标有关。微卫星标记的研究结果为我省地方黑鸡品种的种质特性研究提供了基础数据,为地方鸡种资源合理保护和利用提供了理论依据。     

长白猪微卫星标记的遗传多样性

采用ESTMS20,SW2570和S0002等3个微卫星标记对长白猪进行了遗传多样性的研究。结果发现,3个卫星标记在长白猪中均具有多态性,遗传杂合度分别为0.69,0.70和0.41,多态信息含量分别为0.64,0.68和0.38。以上结果表明,这3个微卫星标记在长白猪群体中属于高度多态性座位,可以用于长白猪遗传多样性的评估。     

基于NCBI核酸数据库资源的产黄青霉微卫星序列的筛选

利用生物信息学方法在产黄青霉基因组中筛选微卫星序列,并对其基因组中微卫星数量和丰度进行了研究.利用SSRHunter1.3软件在长度为30 090 464 bp的产黄青霉基因组中共找到163个微卫星序列.其中以两碱基重复类型数目最多,为133个,占重复序列总数目的 81.60%;其次是三碱基重复为29个,占17.79%;最后是四碱基1个,占0.61%.在两碱基重复序列中,AT(44.79%)重复类别最多,其次是AG(23.92%).在三碱基重复序列中,共发现9种重复类别,其中以AAG和ACT重复类型最多,为6个(3.68%),其次是ACC(2.45%),最少的是AGC(0.61%).四碱基重复中,只有1种重复类别,为ATGT(0.61%).同时选取二碱基的重复次数在7以上和三碱基的重复次数在6以上的微卫星序列,利用Primer Premier 5.0软件设计了引物,共得到30对引物.本研究不仅为后续产黄青霉微卫星标记的筛选奠定了基础,也丰富了其基因组学资源,对产黄青霉的种群遗传结构分析、分子标记选育和遗传多样性有重要意义.     

Distribution of lanthanum among the chloroplast subcomponents of spinach and its biological effects on photosynthesis： location of the lanthanum binding sites in photosystem Ⅱ

The effects of lanthanum at different concentrations on the related photosynthetic activities of Hill reaction, Mg^2＋-ATPase and Ca^2＋-ATPase in spinach chloroplast were studied. Experimental results showed that lanthanum can increase all the activities at suitable concentration （15-30 mg· L^-1）, however, it behaves toxically on them when over used （60 mg. L^-1）. To get an improved understanding of the mechanism of lanthanum effects on the photosynthesis of spinach, the different subcomponents in the chloroplast of the cultured spinach were isolated, and the content of lanthanum in each subcomponent was determined by ICP-MS. The results obtained indicated that among these different subcomponents, about 90% out of the total chloroplast lanthanum was located in photosystem Ⅱ （PS Ⅱ） while there was little lanthanum in photosystem Ⅰ （PS Ⅰ）. Moreover, size exclusion high performance liquid chromatography （SE-HPLC） coupled with online UV and ICP-MS detections was novelly used for locating lanthanum binding sites in PS Ⅱ proteins for the first time. It was found that lanthanum has two binding sites in PS Ⅱ： La associates with chlorophyll together with magnesium in PS Ⅱ by partly replacing magnesium and also shares the common binding sites of PS Ⅱ proteins together with the inorganic cofactors of calcium and manganese, influencing the process of photosynthesis.     

新疆驴地方类群微卫星标记与体尺性状的相关分析

运用8对微卫星引物对新疆3个地方驴群体的遗传多样性进行检测,统计并计算了等位基因频率,群体多态信息含量,有效等值基因数,杂合度和遗传距离。根据Nei氏标准遗传距离利用PHYLIP3．6软件采用NJ法构建系统发生树。结果表明：8个微卫星基因座在3个地方驴群体中均表现高度多态,可用于遗传连锁及进化分析。同时,分析了不同微卫星座位与体尺性状间的相关性,等位基因190与体长和胸围呈显著负相关。     

锡金海棠叶绿体基因组结构及密码子偏好性分析

为研究锡金海棠叶绿体基因组结构、明确其叶绿体基因组密码子使用模式,通过NOVOPlasty、geneious和codonW等软件,组装出锡金海棠叶绿体基因组,在注释后分析叶绿体基因组结构,并筛选出53条蛋白编码序列(CDS)用于密码子偏好性分析。结果表明,锡金海棠叶绿体基因组全长160 088 bp, GC含量为36.6%;不同碱基位置GC含量分别为GC1(46.98%)>GC2(39.46%)>GC3(28.30%),表明其密码子末位碱基偏向以A/U结尾;中性图分析表明GC12与GC3未有明显相关性,即密码子第1、2位碱基与第3位碱基存在一定差异;根据ENC-plot和PR2-plot分析,影响密码子偏好性的主要因素是自然选择;最后确定UUG、CUU和AUU等14个密码子为锡金海棠叶绿体基因组的最优密码子。研究结果对今后研究锡金海棠亲缘关系、系统发育、物种鉴定提供了数据支持,对优化目标基因、种源的鉴定及异源表达基因的改造和系统发育分析提供了理论依据。     

基于叶绿体基因组全序列分析真叶植物叶绿体基因的适应性进化

 真叶植物包括蕨类、裸子植物和被子植物。迄今已积累有较为丰富的真叶植物叶绿体基因组全序列数据。选取了29种真叶植物的叶绿体基因组全序列,采用PAML 软件基于位点间可变ω模型,分别分析了蕨类、裸子植物和被子植物叶绿体基因的适应性进化。结果显示：① 蕨类、裸子植物和被子植物各有6.5%、7.5%和19.2%的叶绿体基因受正选择作用;被子植物经历正选择的叶绿体基因明显比蕨类和裸子植物为多;② 被正选择作用的叶绿体基因主要是遗传系统和光合系统基因,它们的编码产物涉及叶绿体蛋白质合成、基因转录、能量转化与调节及光合作用等过程。推测叶绿体功能基因可能在真叶植物对陆生生态环境的适应过程中起着重要作用。     

缺锌胁迫对水稻叶绿体抗氧化系统的影响

采用营养液培养方式,设置0,1.0×10^-10和1.0×10^-6mol/L 3个锌处理水平,研究了缺锌胁迫对水稻叶绿体活性氧水平、膜脂过氧化、抗氧化剂含量及抗坏血酸（As A）-谷胱甘肽（GSH）循环系统中相关酶活性的影响.结果表明：1.0×10^-10mol/L锌处理下,水稻叶绿体中H2O2,O2.^-和丙二醛（MDA）的含量显著升高,表明缺锌造成了水稻叶绿体内的氧化胁迫;抗坏血酸含量在1.0×10^-10mol/L锌水平上达到最高,而谷胱甘肽含量随缺锌程度的增加呈递减趋势;超氧化物歧化酶、抗坏血酸过氧化物酶、谷胱甘肽还原酶及单脱氢抗坏血酸还原酶等As A-GSH循环中的关键酶活性均于潜在缺锌（1.0×10^-10mol/L锌）下达到最大值,而在严重缺锌（0 mol/L锌）下又显著下降.研究表明：一定程度上缺锌可诱导水稻叶绿体内As A-GSH循环系统中的抗氧化剂水平和抗氧化酶活性增加,以减少活性氧的产生与膜脂过氧化的作用;但严重缺锌条件下水稻叶绿体中氧化胁迫突破了抗氧化保护系统的保护能力,使水稻受到伤害.     

红豆杉科及相关类群叶绿体rbcL基因与trnL—trnF间隔区序列的分支分析

运用对PCR产物克隆后测序和对PCR产物直接测序的方法对红豆衫科、三尖杉科和罗汉松科16种植物的叶绿体rbcL基因和tmL—trnK基因间隔区序列进行了测定。运用PAUP软件分析对rbcL基因、trnL-rtnK间隔区和rbcL基因-trnL-rtnK间隔区联合数据矩阵进行分支分析，结果显示：(1)穗花衫属以置于红豆杉科内为宜，将穗花衫属独立成科的意见未得到支持；(2)三尖衫属内篦子三尖杉的地位特殊，赞同成立篦子三尖杉组；(3)罗汉松科属单系群，竹柏类应归属罗汉松科，不同意将其从该科中分离出来成立新科——竹柏科；(4)不支持红豆杉科独立成目，其单生单轴球果可能是由复合双轴球果减化而来。     

叶绿体微卫星分析濒危植物资源冷杉的遗传多样性

用叶绿体微卫星(cpSSR)分子标记研究资源冷杉(Abies z iyuanensis)的遗传变异。资源冷杉分别取样于广西资源县和湖南城步县交界的银竹老山、湖南东安和新宁交界处的舜黄山、湖南炎陵县大院的7个居群。样品采用CTAB法进行总DNA的提取,用6对cpSSR引物进行扩增,扩增产物经95℃变性后在6%的变性聚丙烯酰胺凝胶上进行电泳,然后应用POPGEN V ersion 1.31软件计算资源冷杉各个居群的N ei's基因多样性指数(H e),Shannon信息多样性指数(I),基因分化系数(G st)以及N ei's遗传距离。用NTSY Spc V ersion 2.10软件进行U PGMA聚类分析,并对地理距离和遗传距离相关性进行M en tal检验。用ARLEQU IN 2.000软件分析地区间、居群间和居群内的遗传变异,统计有效单型模式数量。结果6对cpSSR引物中选出3对多态性引物,共扩增出7个位点。N ei's基因多样度H e为0.2922,信息多样性指数I为0.4428,基因分化系数G st为0.5805。资源冷杉的遗传分化主要存在于居群间,分布在银竹老山和舜黄山的资源冷杉与分布在大院的资源冷杉之间产生了明显的遗传分化,两地资源冷杉之间的遗传变异占总的68.87%。