古代DNA 技术及其在家养动物驯化历史研究中的应用

家养动物始终伴随着人类文明的发生、发展, 其起源和驯化历史一直备受关注. 而在其 近万年的演化历史中, 家养和野生群体间可能发生基因互渗及替代, 因此基于现代物种DNA 信息进行的历史推断可能存在偏差. 近年来, 古代生物遗骸中的DNA (古代DNA)获取技术日 益成熟, 为这类研究开辟了新的途径. 本文总结了近年来古代DNA 技术研究进展, 点评了古 代生物遗骸DNA 的获取和鉴别方法、古代DNA 提取、扩增及测序技术的革新. 最后, 本文综 述了古代DNA 技术在猪、马、羊、狗等主要家养动物驯化历史研究中的应用进展, 为该技术 的进一步发展及应用提供有益的参考.     

Role of Tip60 tumor suppressor in DNA repair pathway

To prevent the damage caused by DNA strand breaks, eukaryotic cells have evolved a series of highly conserved DNA repair mechanisms. The ubiquitously expressed acetyltransferase, Tip60, plays a central role in ATM (ataxia-telangiectasia mutated) activation which is involved in DNA repair. Recent work uncovered a new mechanism of ATM activation mediated by Tip60 and demonstrated that histone methylation, specifically, trimethylation of histone H3, is a key factor in the process. Here, we review the current understanding of how Tip60 is activated and how it activates ATM in response to DNA damage.     

结核分支杆菌Ag85B DNA疫苗构建、免疫原性及其保护效力

构建结核分支杆菌分泌蛋白Ag85B编码基因的DNA疫苗,研究其免疫原性和保护效力.构建该DNA疫苗并经鉴定后,应用Qiagen试剂盒大量纯化无内毒素的质粒DNA.将C57BL/6小鼠随机分为4组,分别3周间隔3次用生理盐水（A）、载体质粒（B）、卡介苗（C）、Ag85B DNA疫苗（D）免疫小鼠,通过ELISA方法检测血清中抗Ag85B抗体及其亚型.第三次免疫后28 d用结核分支杆菌H37Rv攻击,观察小鼠体重变化,攻击4周后检测细胞因子IFN-γ、IL-12,进行肺组织病理检查及菌落计数等.经Ag85B DNA疫苗免疫的小鼠特异性抗体IgG均显著高于对照组,而且IgG2b均高于IgG1和IgG2a.结核分支杆菌攻击后各组小鼠体重变化呈现不同趋势,A、B组小鼠体重从第3周开始下降;C组体重总体呈上升趋势;D组体重第2周开始下降,之后维持不变.MTT法检测脾淋巴细胞增殖实验中D组的刺激指数显著高于其它组;D组小鼠脾淋巴细胞转化率也显著高于A、B组.肺组织菌落计数C组最低,其次是D组.大体病理结果显示C组和D组肺组织病变较A、B组轻.A、B组肺泡腔内有较多渗出液,肺泡壁充血、水肿.C组肉芽肿数目最多.上述结果表明Ag85B DNA疫苗具有较强的免疫原性,呈TH1型细胞介导的免疫应答.Ag85B DNA疫苗的免疫保护效力不如BCG,有待进一步研究其应用价值.     

基于线性自组装的DNA加法

提出了一种用自组装方法来实现两个非负二进制整数相加的DNA算法. 该算法的生物操作复杂度为常数, 即对于n位二进制加法而言, 实验步骤数并不随着n的增加而增加. 与之前的各种DNA加法算法相比, 该算法具有更显著的简单易操作的优点.     

用AFM观察小白鼠心肌核DNA片段的基因体外转录和垃圾DNA的相互作用

用AFM直接观察、体外转录等实验技术组合,发现小白鼠(Balb/C)心肌体外转录状态的核DNA片段上的各种基因,处于垃圾DNA的特定的“转录平台”上。“转录平台”上的各种核活性基因的两端的调控序列,分别与特定开关蛋白质复合体结合(即可解离的开关蛋白质),中间的编码序列分别以非共价键特异结合可完全解离的转录活性因子等多种蛋白质;这些与核基因转录相关的蛋白质均由垃圾DNA的专一性蛋白质通路分别进行特异性正负反馈调控。     

地图着色问题的粘贴DNA算法

提出多级分离的概念,给出一个多级分离装置的模型,并介绍粘贴模型中的多级分离操作、将地图着色问题转化为可满足性问题、基于粘贴模型的巨大并行性及多级分离的优势,提出解决该问题的粘贴DNA算法。通过一个实例给出实验操作步骤,并对生化反应过程进行模拟,得出具体的着色方案,从而证明了该多级分离装置的有效性以及该算法的可行性。     

SSR分子标记在作物遗传多样性研究中的应用现状

微卫星(microsatellites)或简单序列重复(simple sequence repeats,SSRs)是以1-6个碱基为基本单元的串联重复序列,具有含量丰富、多态性高、共显性和检测方法简单等优点,是研究植物遗传多样性的主要的分子标记方法之一,已被用于多种农作物的遗传多样性研究。概述了微卫星DNA标记的原理及特点,探讨了其在农作物物遗传多样性研究中的应用和发展前景。     

宿迁地区稻虾田鳞翅目昆虫多样性研究

以宿迁稻虾共作田鳞翅目蛾类为例,通过DNA条形码技术快速识别蛾类物种多样性,并进行系统发育多样性研究,同时探讨物种多样性与系统发育多样性的关系.结果表明:1)鳞翅目昆虫的多样性在不同的月份具有显著性差异,7月物种多样性和系统发育多样性均显著高于8月;2)传统物种多样性指数与系统发育多样性指数之间存在正相关关系,其相关性...     

包囊游仆虫休眠细胞中大核和线粒体DNA的多态性

为了探索纤毛虫休眠细胞中两套遗传系统的作用特征,对包囊游仆虫（Euplotes encysticus）休眠细胞与营养细胞大核DNA和线粒体DNA进行了RAPD比较.结果显示,在所选用的35条随机引物中,包囊游仆虫大核DNA共扩增出220条片段,其中以休眠细胞大核DNA为模板扩增出18条特有片段,以营养细胞大核DNA为模板扩增出44条特有片段,两者存在28%的差异.在所选用的32条随机引物中,线粒体DNA共扩增出154条片段,其中以休眠细胞线粒体DNA为模板扩增出19条特有片段,以营养细胞线粒体DNA为模板扩增出25条特有片段,两者有29%的差异.这些结果表明,包囊游仆虫休眠细胞与营养细胞的大核DNA结构存着一定的差异;两者的线粒体DNA结构也存在差异.因此,包囊游仆虫在休眠细胞形成过程中,大核DNA、线粒体DNA结构可能都发生了一定的变化,并且这些变化可能与休眠细胞形成过程中的形态结构和代谢活动等剧烈变化以及休眠状态下的生理生化变化密切相关.所得结果为揭示纤毛虫细胞结构的分化与细胞遗传物质的作用关系提供了基础资料.     

不同预处理对酒精浸制标本DNA提取效果比较

为解决昆虫样本在保存和运输过程中因DNA降解而导致DNA提取效果差的问题。研究采用0.9%NaCl溶液、Tris-EDTA盐水缓冲液(STE)、磷酸缓冲盐溶液(PBS)、无菌水对朽木甲酒精浸制标本进行预处理,提取基因组DNA后,比较分析基因组DNA的质量、浓度及PCR的扩增效果。结果表明：0.9%NaCl溶液、STE缓冲液、PBS缓冲液这3种预处理方式均可在一定程度上提升朽木甲酒精浸制标本DNA的得率和PCR扩增的质量,其中使用PBS缓冲液进行预处理对朽木甲酒精浸制标本DNA提取的综合提升效果最佳;使用无菌水进行预处理对样本DNA提取没有任何提升作用,反而会使PCR扩增的效果更差;相较于线粒体基因片段的PCR扩增,除无菌水外的其他3种预处理方式对核基因的PCR扩增提升效果均较佳;此外,不同预处理均对提取到的DNA的OD_260/280值没有显著的影响。本研究结果为朽木甲酒精浸制标本的基因组DNA提取提供了更好的预处理方式,大大提高了其DNA提取的得率和扩增质量,减少了在DNA提取过程中标本数量的消耗和浪费。为后续的分子研究工作奠定了基础,同时也为其他昆虫酒精浸制标本...