脂肪酸碳链延长酶与脱饱和酶在酿酒酵母中共表达

为了利用转基因技术在酿酒酵母Saccharomyces cerevisiae中生产二十二碳六烯酸(DHA,22∶6Δ4,7,10,13,16,19n-3),构建了同时含C20-Δ5脂肪酸碳链延长酶(TFD5)和C22-Δ4脂肪酸碳链脱饱和酶(FAD4)基因的共表达质粒pYTFD5-FAD4.该质粒是通过基因重组的方法,使脂肪酸碳链延长酶与脱饱和酶基因置于各自启动子和终止子下获得的.共表达质粒pYTFD5-FAD4转化酿酒酵母所得到基因工程菌,在添加终质量分数为2%的半乳糖,终体积分数为1%的NP-40和0.3 mmol/L的底物二十碳五烯酸(EPA,20∶5Δ5,8,11,14,17n-3)下进行诱导,可直接转化二十碳五烯酸(EPA,20∶5Δ5,8,11,14,17n-3)生成二十二碳五烯酸(DPA,22∶5Δ4,7,10,13,16n-3)和二十二碳六烯酸(DHA,22∶6Δ4,7,10,13,16,19n-3).     

人骨形成蛋白-4和人骨形成蛋白-7在毕赤酵母中的共表达

利用人骨形成蛋白-4(hBMP4)与人骨形成蛋白-7(hBMP7)的成熟肽cDNA片段制备转基因毕赤酵母菌株,实现了hBMP4与hBMP7在巴斯德毕赤酵母细胞中的共表达.Western-blotting分析表明,表达产物含有hBMP4与hBMP7,片段大小分别为26 kD和17 kD,均为单体蛋白.     

隔离子两侧临近基因的共表达研究

染色质隔离子是相邻转录功能区的边界序列,可以发挥增强子阻断和染色质屏障作用.研究结果显示,隔离子两侧临近基因的转录方向相同时,这两个基因表达水平具有显著的正相关,否则表达水平关联不显著.该结果指出隔离子并没有对临近基因表达起到屏障作用,这些隔离子可能发挥了增强子阻断作用.此外,隔离子两侧转录方向相同的两个基因的基因长度呈现正关联.尤其是同时位于"+"链的隔离子两侧临近的基因,关联最强.同时,发现隔离子每一侧基因表达水平和该基因长度呈现显著的负相关,这一关联性与该基因的转录方向和隔离子的存在无关.     

用于样本聚类和网络分析的整合鲁棒结构化NMF模型

为了更好地保留数据之间的同质性,提出了一种整合鲁棒结构化非负矩阵分解(integrated robust structured non-negative matrix factorization, iRSNMF)模型,并在该模型中引入一个结构化项.将该模型用于癌症样本聚类实验和基因共表达网络分析,以验证其有效性.根据现有文献对相关基因和通路进行生物学解释.实验结果表明,iRSNMF模型聚类性能较好并且能够挖掘到的关键基因更多.用iRSNMF模型获得的基因和通路在癌症的发病机制中起着重要作用,并为癌症诊断、治疗和预后提供了新的思路.     

基于网络药理学探讨连花清瘟胶囊防治新型冠状病毒肺炎(COVID-19)的作用机制

目的 基于网络药理学方法研究连花清瘟胶囊活性成分防治新型冠状病毒肺炎的作用机制.方法 通过文献挖掘确定连花清瘟胶囊活性成分,依托TCMSP、Swiss Target Prediction数据库检索活性成分靶点,利用Cytoscape3.6.1软件绘制连花清瘟胶囊活性成分-靶点网络;运用GeneCards数据库查询新型冠...     

3个甘蔗品种（系）响应低温胁迫的转录组分析

权重基因共表达网络分析( weighted gene co-expression network analysis， WGCNA) 可通过聚类鉴定共表达的基因模块来研究生物学数据与相应性状之间的关系。为了挖掘甘蔗响应低温的特异基因，揭示甘蔗响应低温的分子调控机理，本研究以3个耐寒能力不同的甘蔗品种作为试验材料，利用转录组测序技术分析不同抗性甘蔗品种在低温胁迫（4℃）下基因表达。研究结果表明，WGCNA鉴定出13个基因共表达模块，通过相关性分析筛选到blue和yellow模块作为甘蔗抗寒机理研究的目标模块。基于blue和yellow模块中筛选关键基因，以及筛选抗寒品种中特异表达基因，最终筛选出13个基因可能与甘蔗抗寒能力密切相关，为后续选育耐寒性强的优良甘蔗新品种提供理论依据和技术支撑。