鸡IFITM/IFIT基因家族中与抗禽流感病毒相关的关键基因挖掘

为深入了解分析鸡IFITM/IFIT基因家族的特性,以禽流感病毒攻毒后的鸡RNA-seq数据为研究对象,通过加权基因共表达网络分析,构建了鸡的肺组织对不同亚型禽流感免疫反应的加权基因共表达网络,并对其模块进行了性状关联性分析与功能富集分析,进而筛选出鸡IFITM/IFIT基因家族中与抗禽流感病毒胁迫相关的枢纽基因。结果显示：鸡IFITM/IFIT基因家族成员中,IFITM2,IFITM3和IFIT5基因参与应答禽流感病毒诱发的免疫反应。其中,IFIT5基因属于H5N1病毒早期免疫应答模块的枢纽基因,在H5N1病毒诱发的早期免疫通路中发挥重要作用。     

共表达KnobS蛋白与LTB蛋白的重组干酪乳杆菌构建

在干酪乳杆菌中表达减蛋综合征病毒纤维蛋白KnobS,并分析其抗原性。分别将编码减蛋综合征病毒主要免疫保护性抗原纤维蛋白KnobS与大肠杆菌不耐热肠毒素B亚单位(LTB)基因插入干酪乳酸杆菌分泌表达载体pMG36e-UP/L中,成功构建重组表达载体pMG36e-UP/LTB-KnobS,获得表达融合蛋白KnobS-LTB的重组乳酸菌干酪乳杆菌表达系统;经SDS-PAGE和Western-blot检测表明,有大小约41kD的蛋白表达,具有与天然病毒蛋白一样的抗原特异性。在干酪乳杆菌中成功地表达了含减蛋综合征病毒抗原的融合蛋白KnobS-LTB,且具有较好的抗原性,为减蛋综合征病毒重组乳酸菌活菌口服疫苗的研制奠定重要的物质基础。     

纤维微菌XM-8木聚糖酶基因克隆及酶学性质

【目的】为获得可应用于木聚糖水解的酶资源,希望通过筛选分离得到能够水解木聚糖的木聚糖酶产生菌,克隆表达木聚糖酶基因并研究其酶学性质。【方法】从环境中筛选分离出可水解木聚糖的菌株,利用16SrDNA对其进行分子鉴定。扩增其木聚糖酶基因,以pET22b(+)为表达载体,构建共表达重组质粒,转化Escherichia coli BL21(DE3)进行异源表达,并对重组酶进行酶学性质研究。【结果】经16SrDNA鉴定该菌株为纤维微菌。通过PCR成功克隆到该菌的木聚糖酶基因(xyn-8a),并构建共表达质粒pET22b-xyn-8a,实现木聚糖酶Xyn-8a的活性表达。酶学性质研究表明Xyn-8a最适反应温度为60℃,最适反应pH值为6.0,只对木聚糖底物有活性;HPLC分析其水解产物以木二糖为主,还有少量的木糖和木三糖。【结论】XYN-8A在pH值为6的条件下具有较高活力,且可以催化水解反应,在生产低聚木糖方面具有一定的应用价值。     

共表达网络分析方法及其在生物医药领域中的应用

共表达网络是一种以分子之间关系作为连接的生物网络,已成为揭示生物学规律、疾病发病机制和药物作用机理的重要工具.综述共表达网络分析的4个步骤,包括共表达测量、聚类分析、模块检测和枢纽筛选,分析其在微生物学、发育生物学、神经生物学、脂肪肝、2型糖尿病、动脉粥样硬化和药理学中的应用.可为初学者提供有价值的研究思路,而且对生物医药领域的研究和实践起到启迪作用.     

基因替换及多基因共表达强化大肠杆菌辅酶Q10的合成能力

为了强化大肠杆菌合成辅酶Q10（CoQ10）的能力,对大肠杆菌进行了相关的基因操作。通过敲除大肠杆菌染色体上的聚八异戊二烯焦磷酸合成酶基因ispB,并导入来自Gluconobactersuboxydans的聚十异戊二烯焦磷酸合成酶基因ddsA,使大肠杆菌具有CoQ10合成能力的同时降低了内源性辅酶Q8（CoQ8）的合成。采用双质粒共表达系统,对CoQ生物合成途径中多个功能基因进行了强化表达,构建得到的重组大肠杆菌CoQ的合成能力、CoQ10合成的专一性都有明显改善,其中ubiCA和ddsA基因的协同表达效果最为明显,CoQ的合成能力比对照提高了65%,而CoQ10的合成量也提高了1.1倍。     

星海链霉菌卤化酶重组蛋白在大肠杆菌中可溶表达

大肠杆菌(Escherichia coli,E.coli)是表达异源蛋白的良好宿主,但常遇到蛋白表达产物不可溶的困难.在对来自星海链霉菌的卤化酶基因sinH进行大肠杆菌异源表达时,为克服蛋白表达产物可溶性低的问题,探讨了不同载体对蛋白可溶表达的影响.利用pET28a进行SinH表达时不能得到可溶的目标蛋白;使用含有泛素标签及内含肽的载体pHUIE实现了卤化酶蛋白SinH的可溶表达,但纯化后纯度不高;利用带有链霉菌分子伴侣蛋白基因的载体pET28a-SinH与pETcoco-pL1SL2在E.coli BL21(DE3)中共表达,在30℃,0.1mmol/L IPTG诱导条件下表达4h,成功获得大量可溶蛋白,使用亲和层析(Ni-NTA)纯化,获得了较纯的目标蛋白SinH,上述研究结果为在大肠杆菌中进行其他链霉菌蛋白的可溶表达提供了参考.     

共表达网络鉴定食管鳞癌与腺癌关键差异表达分子

目的:探究食管鳞癌与食管腺癌关键差异表达分子,为临床个体化治疗和靶向治疗提供依据.方法:应用食管鳞癌和食管腺癌的mRNA转录组数据确定其差异表达基因;根据无标度网络理论及差异表达基因构建加权基因共表达网络;通过相关性分析确定与食管腺、鳞癌分组特征相关性最强的网络模块及模块内节点基因.结果:通过共表达网络构建出19个基因...     

实现输出统一排名的差异共表达双聚类算法

提出了差异共表达框架和一个差异共表达评分函数,以观察到的一个双聚类基因在所属双聚类的条件下共表达和在其他条件下非共表达为基础,客观量化基因双聚类的质量.此外,还提出了一个评分函数把双聚类分层为三种类型的共表达.在实现双聚类输出统一排名中,使用提出的评分函数对这4个公认的双聚类算法在不同区域的6个实际数据集上的性能和行为进行测试.实验结果表明,在鉴别共表达双聚类方面,差异共表达框架能有效提高共表达基因双聚类质量和双聚类算法的性能.     

氧化应激状态下心肌细胞中长链非编码RNA的差异表达谱分析

为了寻找氧化应激状态下与心脏疾病有关的lncRNA,采用基因芯片法对正常心肌细胞和H2O2诱导的心肌细胞进行lncRNA和mRNA表达图谱分析,通过基因本体论和通路分析探索差异表达基因的功能,构建lncRNA和mRNA共表达网络,从差异表达的ln-cRNA中选取10组上调和10组下调差异显著的lncRNA进行RT-qP...