85种转化基因的过敏原性生物信息学评价

随着转基因生物产品的迅猛发展,转基因生物的过敏原性已经受到广泛关注,建立规范的转基因生物过敏原性评价是目前亟需解决的问题.本文就近年来国内外研究的转基因生物进行了总结,汇总了85个常用转化基因,涉及49种植物转化基因和36种动物转化基因;借助EVALLER2.0软件,对这些基因的潜在过敏原性进行评价;同时,在Highwire(http://highwire.stanford.edu/)文献数据库中检索相关医学文献,考察这些基因与过敏原性乃至人类健康是否存在关联.软件分析表明,其中5个转化基因为潜在过敏原基因;文献回顾发现,其中11个转化基因会引起过敏反应或临床不良反应.通过本文的分析能够为遗传转化时基因的选择提供重要指导,为相关转化基因过敏原性分析提供范例.     

外源化合物代谢系统的达尔文正选择

复杂疾病的产生是多种分离的遗传变异和环境因素相互作用的结果。遗传变异的产生原因是突变,而它在群体中的频率变化,则主要地决定于随机遗传漂变和来自环境的自然选择。人类的进化和迁徙历程,总是伴随着在不断变化的外界环境选择下的适应,而这种选择与适应,已深刻地影响着人类基因组结构的多态性。对疾病的遗传分析,不仅需要从横向的空间上分析不同群体或个体的遗传变异对疾病谱和易感性的影响,而且需要在纵向的进化史中,把环境暴露相关疾病的自然史和人类的分子适应性进化结合起来,考察人类起源迁移的群体历史中,动态变化的环境风险     

铜绿假单胞菌中pmpR基因对Ⅲ型分泌系统的调节

铜绿假单胞菌中的Ⅲ型分泌系统(type Ⅲ secretion system,T3SS)与其致病性密切相关.已有研究表明,Ⅲ型分泌系统受群体感应系统Rhl系统的负调节,而喹诺酮系统(PQS)又正调节Rhl系统.前期的研究中我们获得了1个对PQS系统起负调控的调节子PmpR.综合它们之间的相互关系,本研究探讨了pmpR基因与Ⅲ型分泌系统的关系.结果表明,T3SS中的相关基因exoS,exoT,exoY和exsD在pmpR基因突变体中的表达明显增强.EMSA实验结果表明,PmpR蛋白并不能与Ⅲ型分泌系统基因启动子相结合,说明PmpR对T3SS可能起间接调节.此外,PQS系统对Ⅲ型分泌系统也起负调节.由上述结果可知,pmpR基因不可能通过PQS系统来调节T3SS系统,其调节途径中可能还存在着一些未知蛋白介导这种关系.     

海豚基因组中硒蛋白基因的生物信息学预测

硒蛋白中的硒以硒代半胱氨酸(Sec)的形式存在.Sec由传统的终止密码子TGA编码.由于在可读框中难以区分TGA密码子在硒蛋白中的功能,硒蛋白基因的预测非常困难.利用本实验室建立的真核生物硒蛋白基因预测系统,从海豚基因组中识别了包括含2个Sec的2型碘甲腺氨酸脱碘酶(DI2)、具有可变剪切编码区的1型碘甲腺氨酸脱碘酶(DI1)及谷胱甘肽过氧化物酶(GPX)、硒蛋白P(SelP)等16个硒蛋白,从基因信息的角度探索了海豚中硒蛋白与其特殊生存环境及进化阶段的关系等问题.     

潘多拉魔盒之谜

莎士比亚曾在一首十四行诗中写道:"你是你母亲的镜子,在你身上,她唤回她盛年的芳菲四月。"儿女的音容笑貌,总是映着父母的影像。当我们凝视镜中的自己时,我们会想:如果遗传了父母最优秀的基因,我们会是怎样的容貌?每个人的基因就是一部活的家谱,遗传家谱可以帮你找到祖先的印记。人类基因组蕴涵有生、老、     

GAS41基因在斑马鱼胚胎发育中的时空表达谱

为了深入研究GAS41在胚胎发育中的作用机理,应用生物信息学软件分析了斑马鱼GAS41基因的序列特征;采用RT-PCR、整体原位杂交和整体免疫组织化学方法检测其在斑马鱼胚胎发育中的时空表达谱.结果显示斑马鱼GAS41蛋白与人类、小鼠、大鼠同源蛋白都有91.2％的同源性,具有高度的保守性.RT-PCR结果表明GAS41在检测的成体组织中均有表达,表达丰度相当.而GAS41在胚胎受精后一直持续表达,其中受精4h后表达量升高.整体原位杂交和免疫化学结果显示GAS41特异性表达于胚胎头部,尤其是中脑、间脑(眼部)、小脑和后脑表达明显.这些都提示GAS41是一个高度保守基因,在斑马鱼中枢神经系统发育过程中可能起重要作用,同时也为GAS41在胚胎发育调控中的作用机制提供实验基础.     

人的寿命极限是多少?长寿的12个方法

"我们当中的大多数人都无法活到基因‘指定’的年龄,"来自伦敦的罗森医生说,他是世界级的长寿权威人士。"近几十年的研究表明,对大多数人来说,行为和生活方式对你寿命的影响远比基因要大得多。"最近的一些     

偏肿革裥菌漆酶基因克隆及不同染料脱色研究

染料由于具有复杂的化学结构通常难以降解.漆酶粗酶液对终浓度为50 mg/L的不同化学结构的染料的脱色研究,可快速对蒽醌类茜素红进行脱色可达100%;杂环类中性红、偶氮类刚果红和三苯基甲烷类结晶紫的脱色效果低于茜素红,测试的3种染料均可在没有介体存在的条件下被漆酶脱色,显示出偏肿革裥菌(Lenzites gibbosa)漆酶对茜素红染料脱色具有较大的应用潜力,进而对废水处理具有更好的应用前景.利用PCR和RACE技术首次从该菌株中获得编码漆酶基因的cDNA及其基因组全长序列,基因组大小为2 106 bp.通过比较该漆酶基因的cDNA和基因组 DNA的全长序列,发现该基因包含11个外显子和10个内含子.cDNA序列的全长为1 982 bp,其中包含一个完整的ORF,长度为1 563 bp,编码520个氨基酸.     

双函复合迭代下分形数集成形试验

 此前分形数集已经出现了动物形模样和三维自相似形态,那还只是单个函数的运算结果.这里进行的是两个函数复合迭代运算共同确定一个数集的试验.这种双函数集的形体模样既不是两单函数集的集合交并,也不是它们形体的几何合成,更像是与生物现象类似的数集杂交.双函数集的形态会传承其两单函数集的某些特征,又不同其单函数集而有自己的独特性.发现不仅两函数是而且两函数的复合迭代顺序也是双函数集形态的决定因素,表明分形数集存在同函异序双生子.高级双函数集的函数还有配型条件,对称双函数集的产生须要两函数的单函数集是同类对称数集,自相似双函数集的产生须要两函数的单函数集是同类自相似数集.文中提供了5个具有代表性的迭代函数,附图31幅展示了11个数集及自相似子集的三维形象.通过比对发现双函数集成形与动物杂交现象在多方面都有惊人的一致.推测动物基因结合有类似的顺序原理,生物基因信息不仅记录在基因中而且会记录在基因顺序中.     

MicroRNA及其靶基因在糖尿病肾病小鼠肾脏的表达

 验证与糖尿病肾病小鼠肾脏相关的microRNAs的表达并运用实时荧光定量PCR分析靶基因与糖尿病肾病的关系。以db/db小鼠为模型组（DN组）,db/m小鼠为正常组（NC组）,定期测量小鼠的体重、血糖、甘油三酯、总胆固醇及24 h尿蛋白排泄率。留取DN小鼠与NC小鼠肾脏组织,检测肾脏组织形态学染色及实时荧光定量PCR（qRT-PCR）。qRT-PCR验证差异表达的microRNAs及其靶基因的mRNA表达水平。血糖、24 h尿蛋白排泄率结果表明糖尿病肾病动物模型构建成功。与NC小鼠相比,DN小鼠肾脏miR-196a、miR-21、miR-200b表达明显升高,且差异有统计学意义（P<0.05）。miR-196a、miR-200b、miR-21的表达水平与血糖、甘油三酯、总胆固醇、24 h尿蛋白排泄率存在正相关关系（P<0.05）。利用miRNAs数据库预测miR-196a的靶基因有ANX1、HOXB7、PTEN、FOXO1、HOXB8、HOXA5等。与NC组比较,DN组ANX1、FOXO1的mRNA表达水平降低,且差异有统计学意义（P<0.05）。同时ANX1、FOXO1与24 h尿蛋白排泄率存在正相关（P<0.05）。MiR-196a可能通过调节ANX1、FOXO1的表达水平来参与糖尿病肾病的发生发展。