Proteomic analysis of a toxic dinoflagellate Alexandrium catenella under different growth phases and conditions

Alexandrium is a widely spread dinoflagellate genus throughout many regions of the world,which not only causes the harmful algal blooms(HABs) but also results in the paralytic shellfish poisoning(PSP) throughout the world.This study compared protein profiles of A.catenella grown under different growth phases and conditions using a proteomic approach,and identified the differentially expressed proteins.The results showed that the expressions of proteins identified in three different regions of the gels,the groups 1,2 and 3 proteins,varied significantly with the growth phases and conditions.Group 1 proteins and six Group 2 proteins were highly expressed at the initial,exponential and stationary growth phases,eight Group 2 proteins were highly expressed only at the initial phase,and Group 3 proteins were highly expressed at the exponential and/or stationary phases.However,all these proteins were expressed at low levels or were barely visible at the dissipation phase.The expressions of groups 1 and 2 proteins were low or barely visible in various growth conditions except in continuous darkness they were highly expressed.Group 3 proteins,on the other hand,were overexpressed in continuous illumination and expressed at low levels or barely visible in continuous darkness or under nitrate-starvation.The data from MALDI-TOF-TOF mass spectrometry demonstrated that these differentially expressed proteins were associated with macromolecular biosynthesis,photosynthesis,tRNA synthesis and DNA stability,stress response and cell division regulation.Synthetase was the major component of the altered proteins.This is one of the first comprehensive proteomic study of a dinoflagellate,A.catenella,that provides a fundamental understanding of the proteins involved in A.catenella growth and response to environmental stresses,and potential physiological indicator proteins related to growth and environmental stress have been identified.     

新生物技术在现代疫苗研究中的应用

生物信息学、基因芯片技术、蛋白质组学等新生物技术的出现使得现代疫苗学的研究取得了质的飞跃,以前无法获得的疫苗现在成为可能.     

锯缘青蟹对病原菌感染的急性反应功能蛋白质组

为研究锯缘青蟹对常见重要病原菌的急性反应蛋白质组．将锯缘青蟹随机分为四组．分别注射生理盐水、副溶血弧菌、鳗弧菌和嗜水气单胞菌．继而提取肌肉蛋白进行双向电泳．通过比较各组肌肉蛋白的双向电泳图谱获得三个差异表达的蛋白．对这三个差异蛋白进行肽质量指纹图谱及其生物信息分析．鉴定为Calexeitin、无翅蛋白片断、速激肽相关肽．这些结果对研究锯缘青蟹的抗病蛋白及其机理具有重要意义．     

嗜水气单胞菌蛋白质组分子解剖图谱的初步建立

采用蛋白质组学技术,建立了嗜水气单胞菌PPD(134/91)在稳定期的蛋白质组分子解剖图谱.将嗜水气单胞菌接种于LB培养基28℃培养18h,取菌总蛋白进行2 DPAGE.从2 DPAGE图谱中随机选取124个蛋白质点进行肽质量指纹图谱鉴定,检索发现其中10个确定为数据库中收录的嗜水气单胞菌的基因或蛋白,其比例约为1/12.实验结果对嗜水气单胞菌菌株之间的比较研究和功能蛋白质组研究具有重要参考价值.     

蛋白质组学的研究进展

蛋白质组学是近几年出现的生物学者研究的热点和新领域.人类基因组"工作框架图"的完成,标志着后基 因组时代的来临,在后基因组时代,研究的中心将从揭示生命的所有遗传信息转移到在整体水平上对功能的研究,主 要以蛋白质组为中心阐述了一些与其相关的概念、研究内容、技术及其应用方面的研究进展;在这其中,蛋白质组学 的相关概念包括结构基因组学和功能蛋白质组学;而研究技术主要有2-DE技术、生物质谱技术、蛋白质芯片技术以及 生物信息学技术等.     

高丹草及其亲本种子胚差异蛋白质组学分析

 高丹草是综合高粱和苏丹草双亲优良性状的一年生禾本科饲草,其杂种优势特别明显,但杂种优势形成机理还不明确。为了揭示高丹草杂种优势形成机理,本研究以杂种高丹草及其亲本的成熟胚为试材,利用Label free结合质谱技术,采用生物信息学分析方法在蛋白质组学水平进行研究。研究结果鉴定出差异蛋白124个,其中加性积累蛋白48个,占差异蛋白总数的38.71%,加性积累蛋白中上调蛋白19个,下调蛋白29个。鉴定出非加性积累蛋白为76个,占差异蛋白总数的61.29%,非加性积累蛋白的表达模式以超高亲表达所占比例最大（29个）,其次是偏高亲表达模式（18个）,偏低亲表达模式次之（14个）,另外还有超低亲表达模式（10个）,以及不属于该四种表达模式蛋白5个,因此,加性积累蛋白在高丹草成熟胚杂种优势形成上起主导作用。加性与非加性积累蛋白涉及多个功能组,主要是胁迫响应、碳水化合物代谢、转录调控、发育调控、信号转导、蛋白质代谢等功能类别。     

白斑综合征中国对虾肝胰腺蛋白质组学研究的技术探索

建立白斑综合征中国对虾肝胰腺蛋白质组学技术体系,以患白斑综合征中国对虾的肝胰腺为研究对象,健康中国对虾肝胰腺为对照组,探索2种蛋白质组学差异蛋白的分离和鉴定的方法. 采用双向凝胶电泳(4～7固相pH梯度干胶条,10%SDS-PAGE)分离蛋白质组,银染显色,图像分析软件比较分析,识别差异蛋白,胶上扣点,处理后通过基质辅助激光解析电离飞行时间质谱（MOLDI-TOF）得到肽质量指纹图谱,软件分析后应用Mascot数据库搜索软件鉴定蛋白. 分别获得中国对虾患白斑病组及对照组正常肝胰腺蛋白质组表达图谱. 分别识别出203和107个蛋白质点. 筛选并尝试鉴定数个差异蛋白. 对各方法步骤进行了技术探讨,对实验过程提出了一系列建议. 建立了双向电泳及生物质谱方法研究中国对虾白斑病的蛋白质组学技术体系. 该体系拓宽了对虾免疫生理研究的途径,以从蛋白质水平探讨对虾发病机制,寻找有效药物靶点.     

子宫内膜异位症小鼠差异蛋白组学研究

利用所构建的BALB/c小鼠子宫内膜异位症(EMs)模型,通过对正常和EMs小鼠在位子宫内膜样品双向电泳图谱的比较,找到61个差异较明显的蛋白质斑点,结合质谱分析技术和数据库信息检索最终鉴定出23个蛋白,包括11个调控蛋白、4个信号转导相关蛋白、1个代谢相关蛋白、5个膜联蛋白、1个细胞骨架蛋白和1个RNA解旋酶.将蛋白质组学技术应用于EMs的研究,可以从分子水平探索EMs的发病机理,对EMs的诊断及治疗具有重要意义.本研究结果为进一步探索EMs发病机理提供实验基础,同时也为寻找该病早期诊断的标志物和治疗的靶点提供理论依据.     

应用nanoLC/MS/MS对人羊水的蛋白质组学分析

建立应用nano LC/MS/MS技术寻找羊水特异性表达蛋白质的蛋白质组学方法.羊膜穿刺获取两份正常妊娠晚期的羊水,通过Cibacron blue和Protein A吸附去除血清白蛋白和IgGs,样品经变性、还原和烷基化后酶解,nano LC/MS/MS分析,鉴定了62种蛋白质.通过与已有的羊水和血浆蛋白质表达数据库比对,从中新发现22种只在羊水中表达的蛋白质,其中4种已知是子宫或妊娠特异的.本研究建立了nano LC/MS/MS对羊水进行蛋白组学分析的方法并发现了一些可能的羊水特异表达蛋白.     

蛋白质组学在药物及疾病标志物研究中的应用进展

蛋白质组学提供了整体水平研究蛋白质的表达、翻译后修饰,以及蛋白质的功能的思路,由此获得蛋白质水平上的关于疾病发生、细胞代谢等过程的全面认识,逐渐被广泛应用于药物及生物标志物研究中.本文介绍了蛋白质组学的经典技术路线和新策略,并综述了其在药物及疾病标志物研究中应用进展.