Differential protein expression in pancreatic islets after treatment with an imidazoline compound

The effects of an imidazoline compound (BL11282) on protein expression in rat pancreatic islets were investigated with a proteomic approach. The compound increases insulin release selectively at high glucose concentrations and is therefore of interest in type 2 diabetes. Whole cell extracts from isolated drug-treated and native pancreatic rat islets were compared after separation by 2-D gel electrophoresis. Differentially expressed proteins were identified by mass spectrometry; 15 proteins were selectively up-regulated and 7 selectively down-regulated in drug-treated islets. Of special interest among the differentially expressed proteins are those involved in protein folding (Hsp60, protein disulfide isomerase, calreticulin), Ca²⁺ binding (calgizzarin, calcyclin and annexin I) and metabolism or signalling (pyruvate kinase, alpha enolase and protein kinase C inhibitor 1). Received 19 March 2007; received after revision 11 April 2007; accepted 11 April 2007     

利用非线性降维方法预测膜蛋白类型

将氨基酸的组成含量以及它们之间的相关系数作为膜蛋白序列的特征向量,采用有监督的局部线性映射(SLLE)的方法对该向量进行降维,并使用最简单的欧氏距离分类器来预测膜蛋白类型．利用统计学中Self-consistency,Jackknife和Independent dataset 3种典型方法检验SLLE的降维结果,取得了明显的效果,试验结果表明,SLLE算法能够成功地预测膜蛋白数据类型。     

双向电泳技术在蛋白质组学中的应用

双向电泳技术在蛋白质组学研究领域中一直处于核心地位。此文从基本原理、方法、在蛋白质组中的应用以及方法的局限性和相关技术改进等方面做了简要综述,为进一步开发利用该技术提供参考依据。     

一种基于定量驱动策略和18O标记方法的比较蛋白质组学分析平台

定量蛋白质组学技术是一种高通量的蛋白质分析技术, 有望大大推动生物学和医学研究的发展. 最近提出了一种基于定量驱动的定量蛋白质组学分析新策略, 它采用定量和定性分析分开的模式, 先通过液相色谱一级质谱(LC-MS)定量分析确定差异肽段, 然后针对这些差异肽段再做液相色谱串联质谱(LC-MS/MS)定性分析, 最后通过定性和定量数据的匹配来获得差异蛋白结果. 这种策略被证明可以针对性地鉴定差异肽段, 增加差异蛋白的检测个数. 我们基于该策略和18O标记方法建立了一种新的定量蛋白质组学分析平台. 研究证明了该分析平台在定量蛋白质组学研究中的可行性. 本文还根据此研究在理论上提出了一种新的MS/MS分析的数据依赖模式, 即实时定量依赖的MS/MS离子选择模式.     

蛋白质组学及其在肿瘤研究中的应用

蛋白质组学是在细胞的整体蛋白质水平上进行研究、从蛋白质整体活动的角度来认识生命活动规律的一门新学科.由于生命的表现形式最终是由蛋白质决定的,因此,从蛋白质组的角度研究肿瘤的诊断与治疗具有积极的现实意义.     

差异蛋白质组学及其应用

蛋白质组学是后基因组研究中最主要的部分,其研究策略有2种:一种是"完全"蛋白质组学,目的是检测一种细胞类型或一种组织内基因组表达的所有蛋白质; 另一种是"差异"蛋白质组学,主要是筛选和鉴定不同种类或状态下各样本之间蛋白质组的区别与变化.着重介绍了差异蛋白质组学的特点、研究内容和应用前景,简要介绍了适用于差异蛋白质组学研究的相关技术和近期发展概况.     

金钗石斛花芽蛋白质提取及其双向电泳体系优化

通过对蛋白质提取方法、水化方式、等点聚焦程序、IPG胶条选择等方面的优化,建立金钗石斛花芽蛋白质双向电泳体系.结果表明,采用酚抽提法提取蛋白,样品与水化液1∶〖KG-*2/3〗40复溶;被动水化,等点聚焦程序B2;选用24 cm pH 3～10NL 胶条和12% 的凝胶;采用考马斯亮蓝G-250染色,获得了可识别1 422个蛋白质斑点的双向电泳图谱,且重复性好、分辨率高,为进一步开展金钗石斛花芽在蛋白质组学水平上的分析提供了技术支持.     

生物体液差异蛋白质组学研究技术体系的建立

为探讨以2D-DIGE为核心的生物体液差异蛋白质组学技术体系,取2组不同生物学状态下的体液样本进行研究。每组包含一例人类多发性硬化样本和一例对照样本,共设3组平行实验。经冷丙酮沉淀法除盐提取蛋白并精确定量,分别用分CY5和CY2荧光染料按最小标记法对多发性硬化样本和对照组进行标记。另再取混合蛋白内用CY3标记。混合样品后分别在3块2D-gel上进行电泳,通过Typhoon 9400多功能荧光扫描仪及DeCyder 2-D差异分析软件进行DIGE分析。差异蛋白用MALDI-TOF／TOF进行鉴定,将所得结果录入Metarcore计算平台,进行蛋白质相关分析。结果表明,利用该方法研究不同生物学状态下的体液标本,结合网络图谱分析,可得到较多有意义的候选蛋白信息。     

Serum amyloid A: An acute-phase protein involved in tumour pathogenesis

The synthesis of acute-phase protein serum amyloid A (SAA) is largely regulated by inflammation- associated cytokines and a high concentration of circulating SAA may represent an ideal marker for acute and chronic inflammatory diseases. However, SAA is also synthesized in extrahepatic tissues, e.g. human carcinoma metastases and cancer cell lines. An increasing body of in vitro data supports the concept of involvement of SAA in carcinogenesis and neoplastic diseases. Accumulating evidence suggests that SAA might be included in a group of biomarkers to detect a pattern of physiological events that reflect the growth of malignancy and host response. This review is meant to provide a broad overview of the many ways that SAA could contribute to tumour development, and accelerate tumour progression and metastasis, and to gain a better understanding of this acute-phase reactant as a possible link between chronic inflammation and neoplasia. Received 11 June 2008; received after revision 10 July 2008; accepted 28 July 2008