Role of Tip60 tumor suppressor in DNA repair pathway

To prevent the damage caused by DNA strand breaks, eukaryotic cells have evolved a series of highly conserved DNA repair mechanisms. The ubiquitously expressed acetyltransferase, Tip60, plays a central role in ATM (ataxia-telangiectasia mutated) activation which is involved in DNA repair. Recent work uncovered a new mechanism of ATM activation mediated by Tip60 and demonstrated that histone methylation, specifically, trimethylation of histone H3, is a key factor in the process. Here, we review the current understanding of how Tip60 is activated and how it activates ATM in response to DNA damage.     

结核分支杆菌Ag85B DNA疫苗构建、免疫原性及其保护效力

构建结核分支杆菌分泌蛋白Ag85B编码基因的DNA疫苗,研究其免疫原性和保护效力.构建该DNA疫苗并经鉴定后,应用Qiagen试剂盒大量纯化无内毒素的质粒DNA.将C57BL/6小鼠随机分为4组,分别3周间隔3次用生理盐水（A）、载体质粒（B）、卡介苗（C）、Ag85B DNA疫苗（D）免疫小鼠,通过ELISA方法检测血清中抗Ag85B抗体及其亚型.第三次免疫后28 d用结核分支杆菌H37Rv攻击,观察小鼠体重变化,攻击4周后检测细胞因子IFN-γ、IL-12,进行肺组织病理检查及菌落计数等.经Ag85B DNA疫苗免疫的小鼠特异性抗体IgG均显著高于对照组,而且IgG2b均高于IgG1和IgG2a.结核分支杆菌攻击后各组小鼠体重变化呈现不同趋势,A、B组小鼠体重从第3周开始下降;C组体重总体呈上升趋势;D组体重第2周开始下降,之后维持不变.MTT法检测脾淋巴细胞增殖实验中D组的刺激指数显著高于其它组;D组小鼠脾淋巴细胞转化率也显著高于A、B组.肺组织菌落计数C组最低,其次是D组.大体病理结果显示C组和D组肺组织病变较A、B组轻.A、B组肺泡腔内有较多渗出液,肺泡壁充血、水肿.C组肉芽肿数目最多.上述结果表明Ag85B DNA疫苗具有较强的免疫原性,呈TH1型细胞介导的免疫应答.Ag85B DNA疫苗的免疫保护效力不如BCG,有待进一步研究其应用价值.     

用AFM观察小白鼠心肌核DNA片段的基因体外转录和垃圾DNA的相互作用

用AFM直接观察、体外转录等实验技术组合,发现小白鼠(Balb/C)心肌体外转录状态的核DNA片段上的各种基因,处于垃圾DNA的特定的“转录平台”上。“转录平台”上的各种核活性基因的两端的调控序列,分别与特定开关蛋白质复合体结合(即可解离的开关蛋白质),中间的编码序列分别以非共价键特异结合可完全解离的转录活性因子等多种蛋白质;这些与核基因转录相关的蛋白质均由垃圾DNA的专一性蛋白质通路分别进行特异性正负反馈调控。     

地图着色问题的粘贴DNA算法

提出多级分离的概念,给出一个多级分离装置的模型,并介绍粘贴模型中的多级分离操作、将地图着色问题转化为可满足性问题、基于粘贴模型的巨大并行性及多级分离的优势,提出解决该问题的粘贴DNA算法。通过一个实例给出实验操作步骤,并对生化反应过程进行模拟,得出具体的着色方案,从而证明了该多级分离装置的有效性以及该算法的可行性。     

包囊游仆虫休眠细胞中大核和线粒体DNA的多态性

为了探索纤毛虫休眠细胞中两套遗传系统的作用特征,对包囊游仆虫（Euplotes encysticus）休眠细胞与营养细胞大核DNA和线粒体DNA进行了RAPD比较.结果显示,在所选用的35条随机引物中,包囊游仆虫大核DNA共扩增出220条片段,其中以休眠细胞大核DNA为模板扩增出18条特有片段,以营养细胞大核DNA为模板扩增出44条特有片段,两者存在28%的差异.在所选用的32条随机引物中,线粒体DNA共扩增出154条片段,其中以休眠细胞线粒体DNA为模板扩增出19条特有片段,以营养细胞线粒体DNA为模板扩增出25条特有片段,两者有29%的差异.这些结果表明,包囊游仆虫休眠细胞与营养细胞的大核DNA结构存着一定的差异;两者的线粒体DNA结构也存在差异.因此,包囊游仆虫在休眠细胞形成过程中,大核DNA、线粒体DNA结构可能都发生了一定的变化,并且这些变化可能与休眠细胞形成过程中的形态结构和代谢活动等剧烈变化以及休眠状态下的生理生化变化密切相关.所得结果为揭示纤毛虫细胞结构的分化与细胞遗传物质的作用关系提供了基础资料.     

最短路问题的闭环DNA算法

提出了不等长闭环DNA分子的概念,由此推广了闭环DNA计算模型。给出了固定端点的最短路问题闭环DNA算法,该算法首先对每条弧进行了三组DNA编码,再用有目的的终止技术合成固定端点的所有链,然后通过接入实验和电泳实验得到最短路,并通过检测实验输出所有最短路径。得出了算法的复杂性,为说明算法的有效性给出了一个算例。最后讨论了最短路问题闭环DNA算法在变权网络、自由终点或固定中间点的最短路问题中的应用,并给出了相应的解决方法。由此说明该算法具有广泛的适应性。     

Improving the thermal stability of lactate oxidase by directed evolution

Lactate oxidase is used in biosensors to measure the concentration of lactate in the blood and other body fluids. Increasing the thermostability of lactate oxidase can significantly prolong the lifetime of these biosensors. We have previously obtained a variant of lactate oxidase from Aerococcus viridans with two mutations (E160G/V198I) that is significantly more thermostable than the wild-type enzyme. Here we have attempted to further improve the thermostability of E160G/V198I lactate oxidase using directed evolution. We made a mutant lactate oxidase gene library by applying error-prone PCR and DNA shuffling, and screened for thermostable mutant lactate oxidase using a plate-based assay. After three rounds of screening we obtained a thermostable mutant lactate oxidase, which has six mutations (E160G/V198I/G36S/T103S/A232S/F277Y). The half-life of this lactate oxidase at 70 °C was about 2 times that of E160G/V198I and about 36 times that of the wild-type enzyme. The amino acid mutation process suggests that the combined neutral mutations are important in protein evolution. Received 15 September 2006; received after revision 21 October 2006; accepted 2 November 2006     

重组大肠杆菌发酵生产核酸疫苗的初步研究

初步摸索大肠杆菌DH 5α生产核酸疫苗的发酵条件。通过均匀试验设计确定,当胰蛋白胨与酵母粉的质量比为1∶1.2,并且磷酸盐的加量较大时菌体的质粒产量较高。在菌体生长刚进入对数生长期时采用指数式流加葡萄糖与采用恒速流加葡萄糖,菌体得率相同,而产物收率前者高于后者。在菌体生长进入平稳期时将温度由37°C升高到42°C,在菌体密度没有改变的情况下,质粒产量得到提高,达到75 m g/L。     

运用交流阻抗技术直接监测DNA杂交

介绍了基于交流阻抗技术构建非标记型脱氧核糖核酸（DNA）杂交传感器的方法.以24个碱基长度的寡聚DNA作为实验对象,将5′端巯基化的单链寡聚DNA（SH-ssDNA）探针与巯基乙酸（RSH）同时自组装到金电极表面,形成杂交识别层,利用交流阻抗技术测量出杂交前后金电极表面电子传递电阻R_et的增量作为杂交信号.实验中对DNA探针的自组装时间、杂交温度、杂交时间和阻抗测量液等实验条件进行了观察和优化;通过选择自组装液中SH-ssDNA探针和RSH的浓度,减少DNA在金电极表面的非特异性吸附,同时保证金电极表面自组装的SH-ssDNA探针有合适的疏密度,提高了杂交效率.在各优化条件下,无需扩增杂交信号,此非标记型DNA杂交传感器的检测下限为3.0×10^-14mol/L;和完全互补序列相比,一个和三个碱基错配序列分别产生55.6%和1.3%的杂交信号.