环境细菌遗传多样性分析的基因标签串测序法

把研究真核细胞表达基因种类和水平的基因标签串测序法引入环境细菌遗传多样性分析,选择细菌６Ｓ核糖体ＲＮＡ基因（ｒＤＮＡ）内０２６碱基对高变异区段为该基因变异类型的标签,连接成标答中并测序,用标签类型、频率和２多样性指数等参数在分子水平上分析环境细菌遗传多样性,建立了环境细菌遗传多样性分析的基因标签串测序法,该方法在分析环境隐含遗传多样性、提示污染生物学效应和评价环境质量等方面有的应用价值。因使用共同     

新疆达坂城盐湖中度嗜盐菌的16SrDNA序列研究

中度嗜盐菌作为一类微生物资源,已经在很多方面应用。从新疆达坂城盐湖样品中分离得到17株中度嗜盐菌。其中11株为革兰氏阳性,6株为革兰氏阴性,并完成表型和16SrDNA序列的测定．其表塑特征和16SrDNA序列分析结果表明这些菌分别属于Halomonas、Bacillus、Salinicoccus、Halobacillus、Marinococcus、Thalassobacillus、Nesterenkonia属,其中大部分属于Halomonas属。     

鞘氨醇单胞菌N1菌株的16SrDNA序列分析和溴氨酸降解的动力学

对降解蒽醌染料中间体溴氨酸的N1菌株进行了16S rDNA序列分析和溴氨酸生物降解的动力学研究．N1菌株经过16S rDNA序列测定和同源性分析,被鉴定为鞘氨醇单胞菌（Sphingomonas sp．,以前曾称为Pseudomonas sp．）．在高浓度溴氨酸时N1菌株的降解过程存在底物抑制现象,其行为符合Andrews提出的描述微生物菌体生长的非竞争性底物抑制模型．本文对此方程进行了非线性回归,确定了模型参数,实验数据对该动力学方程能很好拟合．此外,从模型中得出,溴氨酸浓度为520～580mg／L时,μ与q均达到较高值,这一实验结果为溴氨酸废水的生物处理工艺提供了重要参考条件。     

A new species of Kurixalus (Anura: Rhacophoridae) from northern Vietnam with comments on the biogeography of the genus

ABSTRACT

We describe a new species of rhacophorid frogs from Nghe An Province in northern Vietnam based on morphological and molecular evidences. Morphologically, Kurixalus gracilloides sp. nov. is distinguished from its congeners by a combination of the following diagnostic characters: body size small (snout–vent length 27.9–31.2 mm in males); head width subequal to head length; snout rounded with no dermal projection; canthus rostralis distinct, curved; vomerine teeth present; single internal vocal sac; iris golden-brown; small nuptial pad in finger I; dorsal surfaces golden-brown with a saddle-shaped dark marking; large dark spots on ventral surfaces absent; dermal fringes along outer edge of limbs; conical dermal appendage at the heel; skin on dorsum rough; skin on throat and chest granular; finger webbing rudimentary and toe webbing moderately developed, webbing formula I 2–2½ II 1½–3 III 1¾–3½ IV 3–1½ V. The new species is separated from all other congeners by uncorrected genetic distances ranging from 5.4% to 12.7% based on mitochondrial 16S rRNA gene. Phylogenetic analyses of mtDNA suggest that the new species is nested within a clade of Taiwanese and Yunnan Kurixalus with strong support values. The new species is currently known only from secondary bamboo forest in Pu Mat National Park, northern Vietnam, at elevations of 150 m asl. We suggest the new species should be considered as Near Threatened (NT) following the IUCN’s Red List categories.

http://www.zoobank.org/urn:lsid:zoobank.org:pub:C1BF843F-2F31-4CED-B1F9-13A9035C77C9     

一株产纤维素酶细菌的分离鉴定及其酶学特性研究

 采用CMC平板筛选和刚果红染色等方法,从湖南科技大学校园腐烂木芙蓉根部土壤中分离1株产纤维素酶菌株CXB001,经生理生化测试、16S rDNA分子进化树分析,鉴定菌株为Bacillus velezensis。对该菌株的生物特性研究表明,其最适生长温度为37 ℃,在10~50 ℃,pH 5.0 ~11.0中能生长,在pH 6.0~9.0,34~40 ℃,1.5% ~3.5% NaCl 的培养条件下,最适产酶。CXB001所产纤维素酶最适反应温度为50 ℃,最适反应pH为5.0;在20 ℃、pH 5.0~ 7.0具有较好的稳定性。Co ²⁺对纤维素酶具有激活作用,Mg²⁺,Fe²⁺对纤维素酶具有抑制作用。     

黄颡鱼败血症病原菌的分离鉴定与病理组织学观察

该研究对重庆市璧山县大路渔场大规模发生败血症的患病黄颡鱼的病原菌进行分离鉴定及组织病理学观察.首先把从患病黄颡鱼脾脏中分离获得的优势菌(命名为YC-1)人工感染健康黄颡鱼,该鱼患病症状表现与自然发病症状一致.再从人工感染鱼脾脏中分离病原菌,再次感染健康黄颡鱼,其症状仍然与自然发病症状一致.因此确认分离菌株YC-1为黄颡鱼"败血症"的致病菌.根据菌株形态学特点、生理生化指标和16SrDNA基因序列鉴定其为嗜水气单胞菌Aeromonas hydrophila.组织病理切片显示患病黄颡鱼肝组织严重坏死,肝细胞排列紊乱;脾脏细胞间界限不清,细胞核膨大;肾小管上皮细胞肿胀,肾小囊腔间隙增大.     

软腐白菜根系土壤中短稳杆菌的分离和鉴定

采用选择性培养基,从软腐白菜根系土壤中分离出产生香气的细菌,通过对菌株进行形态学观察、生理生化试验以及16S rRNA基因序列测定、比对分析和系统发育树构建,对该类群菌株进行初步分类鉴定.结果表明,12株产生烘焙香气细菌的形态学特征及生理生化特性与短稳杆菌(Empedobacter brevis)LMG 4011T(AM177497)一致,16S rRNA基因序列与短稳杆菌基因序列同源性达99.86%,初步鉴定该类菌为短稳杆菌.     

3种色型仿刺参线粒体和核糖体序列片段遗传结构比较研究

仿刺参作为我国重要的海水养殖物种,良种选育是目前研究的重点,其中体色是重要的考虑因素之一。为了比较3种不同体色仿刺参的遗传结构,采用PCR扩增与测序技术对我国3种体色(青色、白色和紫色)仿刺参线粒体16S rRNA和COⅠ与核糖体18S rRNA-ITS-28S rRNA序列片段进行分析,揭示其遗传结构差异及系统发育关系。结果表明, 16S rRNA、COⅠ和18S rRNA-ITS-28S rRNA序列长度分别为812~830 bp、877~915 bp、1 536~1 572 bp。16S rRNA、COⅠ和18S rRNA-ITS-28S rRNA序列在青色、紫色和白色仿刺参中分别检测到单倍型个数分别为4/5/5、5/3/4和4/4/3, COⅠ序列多态性位点数目所比例最大, 16S rRNA序列最小。3种色型仿刺参16S rRNA、COⅠ和18S rRNA-ITS-28S rRNA序列遗传距离数值均比较小,范围分别为0~0.014 7、0~0.021 2和0~0.010 3,没有达到种的分化水平。以紫海胆为外群,基于COⅠ序列构建系统发育树,结果表明白刺参单独聚为一支,但是紫色和青色仿刺参不同个体间相互交叉聚集,无法通过发育树区分。     

十六世纪以来皇甫川流域的水沙变化复原

本文通过对皇甫川流域一组树木年轮资料的分析,重建了皇甫川流域自十六世纪以来的降水变化过程;在此基础上,根据皇甫川流域的现代水沙变化的相关关系,进一步反推出近500年来皇甫川入黄泥沙的变化过程。