MC1R天然拮抗剂的高通量初步筛选

为了寻找高效稳定的黑色素皮质激素受体1(melanocortin 1 receptor, MC1R)的拮抗剂,利用作者前期工作中建立的高通量筛选方法对 1 000种中草药提取物进行了筛选,并检测了这些提取物对小鼠B16-F1细胞系黑色素生成量的影响.结果表明,补骨脂等10种粗提物具有拮抗促黑激素（MSH）激活MC1R的作用.其中,补骨脂、破茎松萝、桑根和太白树粗提物能明显降低B16-F1细胞的产黑色素能力,但其机制有所不同,补骨脂主要作用于MSH对C1R的激活过程,而其余3种提取物基本上直接作用于cAMP通路.本实验为利用上述中草药调控皮肤细胞中的黑色素生成提供了初步线索.     

天然药物开发和新药的发现

正虽然化学合成的药物(西药)在药品市场上占相对主导地位,约占70%,但是由天然药物制成的药品在市场上仍然占有30%,年销售额约270亿美元,并以10%年增长的速度在发展,其增长速度高于化学药品,在2000年美国FDA(食品药品管理委员会)批准的35个新药中,来源于天     

肌醇需求酶1(IRE1)激酶抑制剂高通量筛选模型的建立

运用昆虫蛋白表达体系成功表达纯化得到高纯度的内质网单次跨膜蛋白肌醇需求酶1(IRE1)细胞质区域段,并建立基于均相时间分辨荧光(HTRF,Homogeneous Time-resolved Fluorescence)原理的激酶活性检测体系,优化激酶抑制剂的高通量筛选模型.该模型Z’因子等于0.58,CV值等于7.5％,符合高通量筛选要求,表明高通量筛选模型建立成功.本工作为进一步发现IRE1激酶抑制剂及其后续研究工作奠定坚实基础.     

蛋白酪氨酸磷酸酶SHP2抑制剂高通量筛选模型的建立和应用

为了建立体外蛋白酪氨酸磷酸酶SHP2抑制剂的高通量筛选模型,筛选潜在的SHP2抑制剂,通过应用大肠杆菌系统克隆表达GST-SHP2融合蛋白,经过GST-Sepharose亲和层析分离得到纯化的GST-SHP2蛋白,建立384孔板的高通量筛选模型,对48000个有明确结构的小分子化合物进行体外筛选,筛选出75个活性化合物对SHP2的抑制作用大于50%,确定3个化合物具有较高的抑制活性。该筛选模型灵敏、稳定,对SHP2抑制剂药物研发打下了基础。     

上海健康人群夏冬两季皮肤真菌群落组成:基于高通量测序技术的研究

皮肤真菌与人体皮肤的健康状态有着紧密联系.本实验应用高通量测序技术对8名健康白领工作者7处皮肤部位分夏、冬两季采集得到的样品进行真菌群落组成和结构多样性研究.应用高通量测序得到113 759条有效序列,分属真菌2个门的99个属.担子菌门(Basidiomycota)的马拉色菌属(Malassezia)在各样品中丰度最高,达48.2%;在额头、背部和鼻孔等部位丰度高于其他采样部位;夏季马拉色菌在男性样品中丰度高于女性.其次是念珠菌属(Candida),在前臂、手背和指缝等部位丰度较高,背部则含量极少;女性样品中念珠菌丰度夏季远高于冬季,而男性中则随季节变化比较稳定.其他主要皮肤真菌有白粉菌属(Erysiphe)、枝孢霉菌属(Cladosporium)、链格孢霉属(Alternaria)和曲霉属(Aspergillus)等.多样性分析结果显示季节和皮肤部位是影响皮肤真菌群落组成的两个主要因素,性别的影响力相对较低.聚类分析结果表明,受试者自身皮肤真菌群落结构随季节变化的差异比同季节内各受试者之间的差异还要大.     

野生油茶根围土壤的AM真菌多样性调查

为探明野生油茶根围土壤AM真菌的种类组成与多样性。对野生油茶根围土壤AM真菌进行分离与形态学鉴定,同时提取土壤DNA,进行高通量测序,通过形态学鉴定出3属6种AM真菌,分别为台湾硬囊霉、悬钩子硬囊霉、黄孢球囊霉、长孢球囊霉、蜜色无梗囊霉和柯氏无梗囊霉;通过高通量测序鉴定出球囊霉属、原囊霉属、近明囊霉属等6属42种AM真菌,其中有36个VT种; VTX00166和球囊霉属分别为野生油茶根围土壤AM真菌的优势种和优势属;与形态学鉴定相比,高通量测序能检测出更多的AM真菌种类。     

南非斑节对虾肠道组织结构及菌群特征、代谢活性研究

为阐述南非斑节对虾(Penaeus monodon)在工厂化养殖模式中肠道微生物的作用,本研究基于HE染色组织切片、高通量测序、Biolog ECO技术,探讨工厂化养殖模式中南非斑节对虾肠道组织结构形态、菌群特征及肠道微生物代谢活性。结果显示,南非斑节对虾肠道组织结构类似于凡纳滨对虾,肠壁结构薄且清晰,肠上皮细胞紧密连接,微绒毛排列整齐、致密,外层结缔组织厚,可见血窦分布。通过Operational Taxonomy Unit(OTU)数量、Chao 1、Simpson、Shannon指数呈现了南非斑节对虾肠道菌群丰富度和多样性变化,测序数据合理;肠道菌群结构中门类主要包括变形菌门Proteobacteria、浮霉菌门Planctomycetes、放线菌门Actinobacteria、疣微菌门Verrucomicrobia;目水平中含量最高的是红杆菌目Rhodobacterales,其次是浮霉菌目Planctomycetales;属水平上含量表现为unclassified鲁杰氏菌属Ruegeria玫瑰变色菌属Roseovarius等,物种热图分析呈现相同结果。通过平均吸光值(Average Well Color Development,AWCD)显示肠道微生物代谢活性总体变化趋势,24h微生物代谢活性较弱,随时间的延长,代谢活性逐渐增加,直至144h后趋于平稳。本研究分析了南非斑节对虾肠道特征,为后续研究及健康养殖提供理论依据。     

大连低温海域细菌群落结构和功能研究

本研究采用高通量测序技术研究大连低温海域细菌群落组成和功能。实验结果显示：在门的水平上群落中优势菌依次为拟杆菌门(47%)、厚壁菌门(23%)、变形菌门(13%)和螺旋体门(12%)的细菌;在属的水平上群落中优势菌依次为拟杆菌属(17%)、普氏菌属(13%)和密螺旋体属(12%)的细菌;注释到大量的与外源物降解相关的功能基因,如氯烷烃和氯烯烃、氯环己烷与氯苯、多环芳烃、DDT等外源物的降解相关基因。     

肿瘤标志物研究进展

 随着精准医疗的发展,肿瘤标志物越来越得到关注。综述了近期肿瘤标志物的突破性进展：肿瘤标志物研究内容逐步扩展,涉及基于肿瘤基因组和染色体变异、液体活检、表观遗传学和代谢组学等多方面的肿瘤标志物;肿瘤标志物相关检测技术飞速发展,包括液体活检、高通量基因测序、单细胞精准检测及其他新型技术等;并且随着这些新型高科技的不断发展,实现了从单一检测到多因素联合检测的突破;在临床实践中,肿瘤标志物检测已在肿瘤早期筛查和诊断、指导肿瘤治疗并预测疗效、预测肿瘤复发转移和预后方面发挥重要作用,对于提高肿瘤诊治质量、充分实现精准医学具有重要意义。     

人参皂苷 Rb1 干预 DSS 诱导结肠炎模型小鼠转录组高通量测序及分析

摘要:目的 研究人参皂苷 Rb1 干预葡聚糖硫酸钠盐( Dextran Sulfate Sodium Salt,DSS)诱导结肠炎模型小鼠转录组学信息特征。 方法 C57BL / 6 雄性小鼠构建动物模型,将 15 只小鼠分为正常组、模型组和 Rb1 组,每组 5 只。 模型组和 Rb1 组给予 4% DSS 并自由饮水,第 2 天给 Rb1 组 40 mg / kg Rb1 进行干预。 持续 9 d,处死小鼠后,取结肠组织。 利用 Illumina 高通量测序平台分别对三组小鼠结肠组织进行转录组测序。 利用测定的转录组学数据对 Rb1 组和模型组两两比较之后进行重叠分析,筛选差异基因进行 GO 和 KEGG 分析。 结果 Rb1 干预后各项指标均有改善;GO 富集后其有 10 450 个有效差异表达基因得到 GO 注释,其中分子功能占 13. 5% ,生物过程占 68. 73% ,细胞组成占 17. 77% ;富集最显著的前 20 个 KEGG 通路中与 Rb1 干预后密切相关的有钙离子信号通路、神经活动配体-受体相互作用通路以及 cAMP 信号通路。 结论 人参皂苷 Rb1 能够缓解 DSS 诱导结肠炎模型小鼠的症状。 通过构建 Rb1 干预后 DSS 诱导结肠炎模型小鼠结肠组织转录组序列数据库,为以后 Rb1 功能基因的挖掘和参与代谢途径提供数据支撑,为临床应用提供新的思路。