绵甜型白酒酒醅原核微生物群落结构分析

利用高通量测序技术对绵甜型白酒酿造过程酒醅中原核微生物的群落结构进行分析。选取2个窖池,跟踪采集窖内不同空间位置及不同发酵阶段的酒醅,将混匀后的酒醅样品分装于无菌真空塑料袋,进行DNA提取和后续的高通量测序分析。结果表明:从OTU分析中可以看出,1号窖池酒醅和2号窖池酒醅的原核微生物种类相似度较高;同一个窖池中原核微生物种类相似度很高,同时,随着发酵的进行两个窖池酒醅中的细菌种类在不断减少;从样品种类来看,1号窖池酒醅中的原核微生物多样性要高于2号窖池;1号窖池和2号窖池酒醅中的原核微生物菌群种类相似,同时菌群种类变化趋势相同。1号窖池和2号窖池酒醅中的优势菌门为厚壁菌门(Firmicutes)、蓝细菌门(Cyanobacteria)、变形菌门(Proteobacteria)、放线菌门(Actinobacteria)和芽单胞菌门(Gemmatimonadetes)。优势菌门的数量由多到少排列顺序为:Firmicutes、Proteobacteria、Actinobacteria、Cyanobacteria、Gemmatimonadetes。     

烟叶表面微生物类群两种检测方法的比较研究

为研究克隆文库法和高通量测序两种方法对烟叶表面微生物类群的检测效果,确定检测烟叶表面微生物多样性的最优方法,检测了基于细菌16S rDNA和真菌ITS区域的烤烟表面微生物类群的多样性.结果显示,高通量测序得到的序列数量比克隆文库法多,两种方法检测到细菌的OTU数目相近,但高通量检测的真菌OTU数目较多;稀疏曲线显示高通量测序的数据饱和度更高;预计的群落多样性(Chao1指数和Ace指数)克隆文库法均高于高通量测序法,实际的群落多样性(Simpson指数和Shannon指数)表明克隆文库法检测的细菌多样性略高,而高通量测序检测的真菌多样性略高;在检测到的细菌和真菌种类上,高通量测序略多于克隆文库法,两种方法检测的细菌优势类群基本一致,为假单胞菌属、不动杆菌属和鞘氨醇单胞菌属,但真菌类群相差较大,且高通量测序检测到大量新的真菌序列.总体上,高通量测序方法具有通量大、产出数据多的优势,可更全面、更准确地反映烟叶表面微生物群落结构.     

模拟冷链流通中温度波动对养殖金鲳鱼鱼肉品质及微生物多样性的影响

为研究温度波动对冷鲜养殖金鲳鱼鲜度品质的影响,通过模拟冷链流通的温度条件,分析样品流通过程中菌落总数、嗜冷菌数、pH值、挥发性盐基氮值、硫代巴比妥酸值及K值的变化趋势,并采用高通量测序技术研究了流通过程中微生物群落演替规律。结果表明:随着流通时间的延长,鱼肉中的菌落总数和嗜冷菌数呈上升趋势,鲜度指标呈劣变趋势,其中断链组的品质劣变速度显著高于冷链组(P<0.05),鲜度指标与微生物指标之间具有显著相关性(P<0.05),能较好反映冷鲜金鲳鱼在流通过程中的鲜度损失情况。Alpha多样性指数和主成分分析表明,金鲳鱼中的微生物群落多样性与结构受环境温度波动的影响。样品流通过程中的菌相分析表明:在门水平上主要优势菌以变形菌门和厚壁菌门为主,在属水平上以苯基杆菌属为主,其中冷链组的次要优势菌是鞘氨醇单胞菌属、长绳菌属和unclassified_Anaerolineaceae;断链组的次要腐败菌是八叠球菌属、长绳菌属和unclassified_Anaerolineaceae。同时,从微生物代谢水平上发现,冷藏过程中断链组参与新陈代谢的相关基因相对丰度高于同一时间的冷链组。研究结果反映了冷链流通过程中金鲳鱼因温度波动产生潜在的质量安全风险,同时希望为从微生物层面开发针对性的金鲳鱼保鲜技术和冷链物流建设提供参考。     

Ⅱ型糖尿病天然产物库的高通量制备

Ⅱ型糖尿病(ⅡDiabetes Mellitus,ⅡDM)是一种胰岛素抵抗伴胰岛素不足,或胰岛素分泌缺陷伴有或不伴有胰岛素抵抗而导致的慢性高血糖疾病,占糖尿病总数的90％～95％．药物筛选是新药发现的重要步骤,通过药物筛选,就可能使一些天然产物,人工合成化合物等被开发成新药．随着科学的不断发展,Ⅱ型糖尿病药物筛选技术也产生了巨大的进步：     

分娩方式影响婴儿皮肤真菌群落组成

婴儿出生之前生活在无菌的子宫里,出生以后婴儿皮肤第一次暴露在有大量微生物的环境中,形成了初始的皮肤微生物群落.因此分娩方式的选择,决定了婴儿最初接触的微生物源是母亲的阴道还是周围的环境.本研究对6对出生2~4个月的婴儿和他们母亲的皮肤表面6个部位的样品进行3次重复采样(共计189个达标样品)并通过高通量测序来探究不同的分娩方式对婴儿皮肤表面真菌群落组成的影响.研究发现不同分娩方式会造成2~4个月婴儿皮肤真菌群落的显著差异.孕期女性阴道里常见的念珠菌属(Candida)在顺产婴儿皮肤表面的丰度显著高于剖腹产婴儿.而母亲皮肤上最主要的马拉色菌属(Malassezia)在剖腹产婴儿皮肤表面的丰度比顺产婴儿更高.同时还发现剖腹产的母亲与自己孩子的皮肤真菌群落更相似,而顺产的母婴却没有类似的特征.     

力学增强型水凝胶纤维的制备及其生物相容性评价

针对天然水凝胶纤维力学性能及成形性能差的问题,结合微流控和光交联的方法,高通量制备了一种力学增强型海藻酸钠/明胶甲基丙烯酸酯复合水凝胶材料。研究了微流控喷头尺寸、水凝胶单体浓度对水凝胶纤维成形性能、水凝胶力学特性及结构特征的影响。结果表明:制备的水凝胶纤维边缘光滑,直径(390±50μm)较为均一,具有良好的操作性及可控性;随着海藻酸钠和明胶甲基丙烯酸酯单体浓度的增高,水凝胶弹性模量升高,SEM结果显示其片层微结构更为致密。进一步测试了水凝胶纤维的生物相容性,细胞实验结果表明,培养至第5天时,水凝胶中细胞的存活率稳定维持在80%以上,证明所制备的水凝胶具有良好的生物相容性,适宜细胞生长。动物实验结果表明,当凝胶植入动物体内1周后,周围的皮下组织很正常;在第3周时,凝胶周围的炎症反应明显减轻,材料也出现一定程度的降解。研究力学增强型海藻酸钠/明胶甲基丙烯酸酯复合水凝胶,有望于实现三维肌肉微组织模型的高通量构建。     

厌氧氨氧化反应器运行过程微生物群落演替分析

为探究厌氧氨氧化(ANAMMOX)过程中微生物群落结构的演化,采用高通量测序技术对ANAMMOX反应器中微生物群落结构进行分析.结果表明:反应器运行61d后氮去除负荷达到1.04kg·N·m^-3·d^-1,总氮去除率达75%以上.反应器中微生物多样性较为丰富,存在变形菌门、绿曲挠菌门、绿菌门、浮霉菌门等微生物.从启动到稳定过程中微生物群落结构趋于稳定.其中和脱氮相关的变形菌门和浮霉菌门合计占比达40%以上.ANAMMOX菌所在的浮霉菌门比例随运行时间延长而逐渐增加,是反应器脱氮效能提高的主要原因.反应器内占据优势地位的ANAMMOX菌主要为Candidatus Kuenenia属,占比14%左右,同时还有少量Candidatus Brocadia属.     

鄱阳湖南矶湿地苔草植被根际土壤微生物群落结构分析

为探究鄱阳湖南矶湿地苔草植被根际土壤微生物群落结构,该文以鄱阳湖南矶湿地苔草植被根际土壤为研究对象,采取0～15 cm、15～30 cm及30～45 cm深度的土壤,采用Illumina HiSeq高通量测序技术,研究不同深度土壤群落结构及其影响因素.研究结果表明：不同深度土壤样品理化性质和酶活性存在显著差异,随土壤深度的增加呈降低趋势.Pearson相关分析表明鄱阳湖南矶湿地苔草植被根际土壤理化性质与土壤酶活性之间存在不同程度的相关性.高通量测序结果表明不同深度土壤细菌和真菌群落微生物丰富度及多样性未达到在统计学意义上的差异显著水平(P>0.05),土壤古菌群落微生物多样性随土壤深度的增加而增加.在苔草植被根际土壤中共检测到41个细菌门类,其中变形菌门、酸杆菌门、绿弯菌门和硝化螺旋菌门为优势菌门;检测到8个真菌门类,其中子囊菌门、担子菌门和罗兹菌门为优势菌门;检测到10个古菌门类,其中广古菌门、泉古菌门、奇古菌门为优势菌门.冗余分析表明：土壤有机质、全氮、全磷和碱解氮含量是影响细菌群落的主要环境因子;土壤有机质、全氮、有效磷和碱解氮含量是影响真菌群落的主要环境因子;土壤有机质、...     

CIBR处理模拟生活污水的效果及菌群分析

实验采用连续流一体化生物反应器(CIBR)处理模拟生活污水。考察CIBR对污水的处理效果,并采用高通量测序分析取自污水处理厂的接种污泥与驯化完后CIBR中活性污泥的菌群组成结构。结果表明,CIBR能高效处理模拟生活污水,COD、NH_4~+-N、TN和TP的去除率分别达到90.9%、94.9%、83.1%和71.2%;在门级菌群中,接种污泥和CIBR活性污泥中的优势菌种均为Proteobacteria和Bacteroidetes,但在属水平上,两个生物系统中好氧菌、兼性菌、反硝化菌、氨氧化菌、亚硝氮氧化菌和聚磷菌在种类和相对丰度上存在明显差异,这可能与运行工况和进水水质不同有关。     

石化污泥优势菌群的高通量分析及16S rRNA基因鉴定

针对石化污泥中的细菌进行了454高通量分析,共得到11 488条序列.发现在相似度97%的水平上,样品的OTU丰度最高;经测序分析,石化污泥中共有细菌235个属,其中短小盒菌属最多,占到整个细菌菌群的28.39%,芽孢杆菌属占14.43%,属种丰度1.5%～10.0%的有9个属(占28.99%).这11个属被确定为优势菌群.通过对污泥优势菌群的分离培养,依据16S r RNA基因鉴定该11属有22个种,并用16S r RNA基因序列比对建立了优势菌株系统发育树.该优势菌群能分解石化污水污泥中的工业污染物,并以此污染物为营养和能源,进行相对旺盛的生命活动,成为对石化污染水体进行生物修复的宝贵菌种资源.